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高等真核生物中重叠基因研究进展

作者:高考题库网
来源:https://www.bjmy2z.cn/gaokao
2021-02-27 21:47
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2021年2月27日发(作者:ecr)


拼起来的课程论文



主干部分忘了是哪个高人写的了


- -


高等真核生物中重叠基因研究进展




〔摘要〕



基因重叠是高等真核生物中 一种普遍存在的基因组排现象.综述了高等真核生物中的


重叠基因的分类、数量、互补或 自然反义转录本(NATs)可能的生物特性和功能及重叠基因与人


类疾病的关系.



〔关键词〕



真 核生物;重叠基因;反义转录本;双链RNA(dsRNA);基因调控



真核生物的细胞内含有成形的细胞核,因此以真核来命名这一类细胞。许多真核细胞中还含有其


它细胞器,如线粒体、叶绿体、高尔基体等,是所有单细胞或多细胞的、其细胞具有细胞核的生 物的


总称,它包括所有动物、植物、真菌和其他具有由膜包裹着的复杂亚细胞结构的生物 。[1]



重叠基因是指两个或两个以上的基因共有一段DNA 序列,或指一段DNA序列为两个或两个以


上基因的组成部分.


1976年在噬菌体


Φ


Χ


174中第一 次发现重叠基因



2




这种单链噬菌体中,


相同的DNA序列通过不同的阅 读框被识别,产生不同的多肽.随后的几年中,在病毒和原核生物基


因组中又发现了几对 具有不同互补编排的重叠基因.在


Φ


Χ


174中发现基因重叠10年后,真核生


物(果蝇和小鼠)中也发现了转录引起的重叠单 位,植物中也鉴定出一些重叠基因.由于新基因对是


在研究特殊位点时偶然发现的,重叠 基因对的增长相对稳定而缓慢.同时,仅有能够产生自然反义转


录本(NATs,Nat ural



Antisense



Transcripts)的少数基因对


被进一步研究并确定其特性 .



由于数据库和查找标准不同,真核生物重叠基因出现的频率 约为:人类基因组中4%~9%,鼠


类基因组中1.7%~14%,蝇类基因组中达到2 2%,重叠长度从20到3



400bp,平均


为372bp.重叠基因在真核生物中普遍存在并已有很多报道,但直到最近它的重要性才被认识


到.笔者从高等真核生物重叠基因在分类、数量、NATs可能的生物特性和功能,以及这些基 因与


人类疾病等几方面进行阐述.





重叠基因的种类和数量



重叠基因(


everlapping gene


):指两个或两个以上的结构基因共同一段


DNA


顺序 的现象重叠基


因原核生物和一些病毒或噬菌体的基因组比较小,核苷酸对是极其有限的, 那么怎样有效地利用这些


有限碱基来编码更多的遗传信息呢?在生物中存在着一种十分巧 妙的机制——重叠基因



(overlapping gene )


。重叠基因中不仅有编码序列也有调控序列,说明基因的重叠不仅是为了节约碱


基,能经济和有效地利用


DNA


遗传信息量, 更重要的可能是参与对基因的调控


.



23


]划分重叠基因


可以有不同的标准,包括基因方向(如尾 对尾、头对头)、重叠区域(5′UTR,3′UTR,编


码区,内含子)和重叠程度( 全部或部分).根据基因相互的组织编排方式,庞大的重叠基因家族可


被分成3种主要类 型(图1):第一,反向排列,即反方向的基因转录而来.它们可以是会聚的(两


条链的 3′端交汇),也可以是分离的(两条链的5′端交汇);第二,同向排列,由同一条DNA

链上的基因编码而来;第三,嵌套排列,即一基因完全位于同向或是反向的另一基因的内含子之中

< p>
.


从果蝇(Drosophila)常染色质基因组的资料来看,反向重 叠基因是最具代表性的类


型,大约15%(2



054)的基因含有反向重叠的mRNAs,7.5%(1


< /p>


038)是嵌套


模式,同向重叠基因较少.



1.1



反向排列



已知的重叠基因大部分都是 相反方向两条链的反向重叠基因.一般地,重叠位点位于5′或3′


端非编码基因序列,


例如UTRs,


内含子和启动子元件的末端区域,


同时重叠区域也包括编码区.



因反向排列可能会形 成反义RNA,通过形成双链RNA,反向重叠基因参与各种生物学过程,包括


转录、R NA编辑、mRNA剪接、稳定性和翻译[


3


].



1.1.1



会聚型



各种生物信息学分析结果均表 明,会聚型反向重叠模式


(即头对头)是最普遍的一种[


4


].人类


基因AB-HD1和Sec12在3′端重叠,这段42b p的保守序列为它们均提供多聚腺苷化信



< br>5




在MKRN2/RAF1 、


Nab2/Stat6和MARS/DDIT3汇聚型基因对中



6




3 ′UTRs重叠形成的RNA-RNA双链,


通过掩蔽富含AU的元件,


可调节转录本的稳


定性.3′端重叠还可以干扰基因的剪接,在蟾蜍、小鸡和人 类中有一对保守的重叠基因,FGF2


和NUDT6,它们是会聚型重叠基因参与转录后 调控的一个典型例子.FGF2mRNAs具有多


聚A



位点,产生的转录本在3′UTR长度上有所不同,它可翻译产生5种不同生物特性的蛋白亚< /p>


基.


FGF2较长的3′UTR



和NUDT6mRNAs的相互作用会干扰FGF2的翻译,


从而调< /p>


控不同蛋白亚基的产生[


7


].



1.1.2



分离型



10%以上的人类基因属于分 离


型重叠基因(即尾对尾),它们与其反


方向DNA链的5′端 重叠,重叠区域


小于1kb.其中,较多的基因对共用


双向启动 子和其他调控元件,少数情况


下转录单位也出现重叠.分离型反向重

叠基因的生物功能目前还不清楚.然


而,共用5′端的基因可能会利用这种


编排,通过公共的启动子元件来使他们


协同表达.共用双向启动子的基因 具有


相同的表达模式,在一些情况下,他们


的结构或功能也相互 关联.PPAT和


PAICS是具有相似生物功能但结


构不相关 的重叠基因.这两个基因编码


脊椎动物中嘌呤核苷酸从头合成途径


中的两个酶,共用一个含有可使其协同


表达的顺式作用元件的双向启动子



8


].5′端重叠结构相关的基因包


括CAPN2/CAPN8和NPY


1R/NPY5R[

9


].钙蛋白酶超


家族(calpain

< br>


superf


amily)中的成员CAPN2和C< /p>


APN8,是人类分离型反向重叠基


因,共用第一个外显子,分别 对应的是CAPN8的非编码区,CAPN2的非编码区和编码区.



1.1.3



其他



一些其他反向重叠基因不能被划 分为会聚型或分离型,他们的特征是较短的基因完全位于另一较


长的基因中,且共用内含 子和外显子序列.例如,Msx1,是颅面骨骼发育中编码mammali


an



factor的基因,其重叠基因是反义非编码RNA基因(Msx- AS),长度横跨Ms


x1内含子1和外显子2.


Msx-AS



RNA



表 达与Msx1蛋白的合成呈负相关.


此外,


正义


和反义转录本合成水平的平衡在体内可以调节Msx1蛋白的合成,这是因为互补RNAs的互相作


用可以保护Msx1防止剪接[


10


].< /p>



1.




同向排列同向排列的重叠基因指位于同一条DNA链上,


方向相同而 且相互重叠的基因,


已被报道数量并不多,仅有上百个.尽管通过生物信息学基因组筛选 可以查找出更多的同向排列重叠


基因,但这种类型可能是最少的一种.这也与在果蝇基因 组中观察到的比例一致.同向排列,往往是


在其终止区重叠或者一个基因完全嵌于另一基 因(包括外显子和内含子)之中.



人类基因对RABGGTA /TGM1是平行排列但不在转录水平表现的重叠基因.重叠区域包


括TGM1的启动子 和包括3′UTR,


部分CDS的3′端RABGGTA


[1< /p>


1




此外,< /p>


MYO


1A/PPT-B和CAPN3/GANC是包括转录单位 的3′-5′重叠基因.一些情况下,两


个基因的编码序列均参与重叠,并由不同的阅读 框来识别.



1.3



嵌套排列



嵌套排列表示基因序列完全 位于另一较长基因的内含子之中.由于重叠区域对于其中一个基因仅


限于内含子,


因此将不会出现重叠的mRNAs.


在果蝇中,


这种类型占7.


5%.


其中有大约85%

的基因可以编码蛋白质.此外,大多数的嵌套基因相对于寄主基因是反向排列.





反义转录本的生物功能



生物基因组中 不在同一位点的基因,


其mRNA有互补重叠的现象称为互补或自然反义转录本.



nouye和Delihas


[1


2



已报道原核生物中的互补转录本的存在有很 多作用.


虽然真核生


物反义RNAs相对正义RNAs的作用还 未明确确定,但研究已表明,它们可能在基因表达的多个


水平发挥作用,例如转录、mR NA加工、剪接、稳定性、运输和翻译.互补转录本一般不会编码蛋


白质,而是与被调控 基因杂交从而调控其表达.目前,3种可能的机理可用于解释这些转录本如何调


控基因的 表达,分别是:转录水平的干扰、RNA



masking和双链RNA依赖的机理.



2.1



转录水平的干扰RNA聚合酶 Ⅱ催化的转录需要双链DNA的解螺旋和大分子蛋白复合


物的参与互相重叠的转录单位, 不论是否共用外显子,都不大可能同时开始转录.通过对酿酒酵母中


GAL10和GAL 7基因重排的研究


[1


3


< p>


发现当两基因排列方向相向,


且不重叠时,


二者转录


均为正常水平;但若二者发生重叠,则转录减弱.此外,编 码人类eIF2alpha蛋白的基因与


一反义RNA相关,


且 正义和反义RNA的转录过程也是负相关的


[1


4




这些资料表明顺式自然反


义转录本(cis-NAT)的表达受到竞争性转录水平干扰的调控.然而,在其他一些位点,正义

< p>
和反义转录也不是总是互相排斥制约的.例如,组氨酰-tRNA合成酶基因与其反义基因HO3,


目前虽然还不清楚转录水平的干扰是否存在,但它们却在不同的器官中表达.P5cr和 Prp18


是果蝇中3′端重叠两个基因[1


5


],它们都具有“持家”(housekeeping)功能,



明转录本虽然互补但并没有表现出干扰.



2.2



RNA



masking



正义和反义RNA形 成的双链体可能会掩蔽一些作用于RNA的调控信号,并且阻止反式作用因


子的结合.甲 状腺激素受体基因c-erbAlpha(THRA)以尾对尾的方式与RevErb


( NR1D1)重叠.c-erbAlpha基因有2个亚型,alpha2亚型的表达会受到互补


的RevErb



mRNA



反义干扰的负调控[1


6


].这说明由 于阻止了顺式调控元件的结合,反


义RNA特异性抑制了mRNA



的可变剪接


.


2.3



dsRNA依赖(dsRNA-depend


en t)的机理和RNA干扰(RNA



interference )研究表明,重叠基因的相互作


用可以通过dsRNA依赖的途径来影响基因表达,


包括RNA编辑或依赖RNA干扰的基因沉默.


< br>义和反义RNA



可能形成dsRNA,较长的双链区域可能通过RNA



编辑被修饰.Kimelm


an和Kirschner


[1


7



描述了编码非洲蟾蜍


(Xenopus)


生长因子bFGF基因与

< br>其反义链形成尾对尾的互补转录本.这个反义基因NUDT6也编码一个蛋白,但同时直接影响正义


RNA,可将部分腺嘌呤残基转换为次黄嘌呤核苷,从而改变正义RNA的信息,导致RNAs 的快


速降解.此外,dsRNAs可能会通过RNA干扰机理被消化成21-23bp的 小片段(sma


ll



interfering



RNAs, siRNAs).siRNAs可以识别mRNA长链


上的同源区域,并将其特异性降解 .对于果蝇Stellate家族(一种酪蛋白激酶Ⅱ)重复基因


的研究可以说明正义反 义RNA可以通过RNAi依赖机理导致基因沉默.脊椎动物内源NATs是

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本文更新与2021-02-27 21:47,由作者提供,不代表本网站立场,转载请注明出处:https://www.bjmy2z.cn/gaokao/676283.html

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