-
现在的
TargetScan
程序可以主要分三
部分组成：
1.
主要思想是说在
multiple
alignment file
上寻找保守的
seed
match
序列可以找到
functional
miRNA target.
参考文献：
Conserved Seed Pairing,
Often Flanked by Adenosines, Indicates that
Thousands of Human Genes are MicroRNA
Targets
seed match: reverse
complimentary to miRNA Seed region, 2-7nt in miRNA
5' end, TargetScan
用
multiple
alignment file
作为
input,
寻找保守的
seed match
序列
,
主要考虑三种
seed match
的
类型：
7mer-1a
（
match seed,
而且
UTR
上与
miRNA 1nt match
的位置是
A
）
,7mer-m8
（
match
miRNA
2-8nt
）
, 8mer(match miRNA
2-8,
而且
UTR
上与
miRNA 1nt match
的位置是
A).
2.
很多
1.
找到的
target
不一定会有功能，
而且有很多不保守的
seed match
区域找到了一些有<
/p>
功能的
miRNA target
Scan
根据这个想法，提出
seed
match
周围的序列会对
miRNA
target
的
功
能
产
生
影
响
，
所
以
引
入
了
context
score
这
个
概
念
，
主
要
包
括
site
type
c
ontribution(8mer>7mer-m8>7mer-1a),3'paring
contribution
(
有文献报道除了与
miRNA
seed
区域配对，与
miRNA1
2-16nt
的配对也有可能对
miRNA
< br>target
的功能产生影响
),local
AU
contribution(AU
rich
的区域更有可能有功能
)<
/p>
，
position
contribu
tion(
他们认为
miRNA
target
的位置需要和
stop
coden
至少有
15nt
的距离，而
且有功能的
site
更有可能位于
UT
R
的两端
而不是中间，
可能是因为较长
UTR
的中间区域有可能会形成较复杂的二级结
构，
影响
target
site
accessibility,
< br>从而影响其功能
).
具体
cut
off
参考：
MicroRNA
Targeting
Specificity
in
Mammals:
Determinants
beyond
Seed
Pairing
，考虑
context
以后，对于很多不保守的
s
eed
match
region,
同样可以计算相应的
context
score,
对保守和不保守的位点分别进行
context
的
排序，排名靠前的
(
比如
context
score
percentile
>
90)<
/p>
是他们认为比较有可能具有功能的
miRNA
靶点
值的引入，参考文献：
Most
Mammalian mRNAs Are Conserved Targets of
MicroRNAs
。
主要是细化了保守型的计算，对不同的
UTR
分别计算其保守性
undefined,
content,
loaded,
function, multiple
miRNA
预测原则和软件介绍
通过实验方法确定
miRNAs
的作用靶标
非常耗时，尚无高通量的靶标鉴定方法。因此，虽然
靶基因鉴定存在上述多种困难，
通过理论方法预测
miRNAs
的作用靶标
依旧是当前筛选和识
别
miRNAs
靶
标的较为理想的途径。
一般情况下，
用于
miRNA
靶基因预测的软件遵循如下几
个原理：
1
序列互补性：位于
miRNA 5
’端所谓种子序列
(
第
2
-7nt)
与靶基因
3
’
UTR
可形成
Watson-Crick
配对是所有
miRNA
靶基因预测的最重要因素。
配对包括如下几种形式：
多数情
况下为
7nt
匹配：
第
2-7nt
与靶基因呈互补配对，
外加在靶基因对应
miRNA
第一位核苷酸处
为
< br>A(7mer-1A site)
，
或是
miRNA
第
2-8nt
与靶
基因完全配对
(7mer-m8 site)
；
而对于
miRNA
第
2-8n
t
与靶基因完全配对，
且外加靶基因对应
miRNA
第一位核苷酸处为
A(8mer site)
这种类型，
其特异性更高；对于仅
miRN
A
第
2-7
核苷酸与靶基因完全配对<
/p>
(6mer site)
这种方式，其用于
搜索靶基因的敏感性更高，
特异性相应下降。
另外，
还有种子序列外的
3
’
supplementary site
和
3
’
complementary
site
两种形式。
2
序列保守性及
其它因素：除了序列互补性外，靶基
因预测较关注的还包括序列保守性、热动力学因素、
位点的可结合性
(accessibility)
和
UTR
碱
基分布等多个因素。
序列保守性：
miRNA
结合位点在多个物种之间如果具有
保守性，
则该位
点更可能为
miRNA
的靶位点。热动力学因素：
miRNA:target
对形成的自由能，自由能越低，
其可能性越大。位点的可结合性
(accessibility)
：
mRNA<
/p>
的二级结构影响与
miRNA
的结合形成
双链结构的能力。
UTR
碱基分布：<
/p>
miRNA
结合位点在
UTR
区的位置和相应位置的碱基分布
同样影响
miRN
A
与靶基因位点的结合和
RISC
的效
率。
另外，
诸如
miRNA
的分布与靶基因组