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NCBI
中
Blast
可以用来进行序列比对、检验引物特异性
Blast
导航主页面主体包括
三部分
BLAST Assembled Genomes
选择你要对
比的物种，点击物种之后即可进入
对比页面
Basic
BLAST
包含
5
个常用的
Blast
，每一个都附有简单介绍
Specialized
BLAST
是一些特殊目的的
Blast
，如
Primer-
BLAST
、
IgBLAST
根据需
要做出选择本
学期学习了最基本的核苷酸序列的比对点击
Bas
ic
BLAST
部分的
nucleo
tide
链接到
一个新的页面，打开后的页面特征：大体上包括
三个部分
Enter
Query
Sequence
部分可以让我们输入序列，其中的
Job
Title
部分可以为本次工作命一个名
字
Choose
Search <
/p>
Set
部分可以选择要与目的序列比对的物种或序列种类。其中的
Entrez
Query
可以对比对
结果进行适当的限制。
Program
Selection
部分可以选择
本
次
对
比
的
精
确
度
，
种
内
种
间
等
等
。
其
次
Blast
按
钮
下
面
有
一
个
“Algorithm
parameters”
算
法参数，可设置参数。点击
Blast
后，出现的页面大体上包
括四个部
分一．所询问和比对序列的简单信息
1
．询问序列的简单信息
——
名称、描述、分
子
类
型
、
序
列长
度
< br>
2
．
所
比
对
数
据库
的
名称
、
描
述
和
所用
程
序二
．
Graphic
Summary<
/p>
——
blast
结果图形显示相似度颜色
图（黑、蓝、绿、粉红、红，相似度由
低到高）
三．
Descriptions
——
blast
结果描述区
1
．<
/p>
到其他数据库的链接
2
．
描述以
表格的形式呈现
（以
匹配分值从大到小排序）
(1)Accession
下程序比对的序列名称，
点击相应的可以进入更为详细的
map
viewer
(2)Descriptio
ns
下是对所比对序列的
简单描述接下来是
5
个结果数值：
(3)Max
score
匹配分值，
点击可进入第四部分相
< br>应序列的
blast
的详细比对结果
(4)Total
score
总体分值
(5)Query
coverage
覆盖率
(6)E
value
——
E
（
< br>Expect
）值，表示随机匹配的可能性。
E
值越大，随机匹配的可
能性也越大。
E
值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了
。
(7)Max ident
——<
/p>
匹
配一致性，即匹配上的碱基数占总序列长的百分数。
(8)Links
——
到其他数据库的
链接。
四．
各序列
blast
的详细比对结果数据库中不同序列比对的详细结果，
每一个
结果大体上包括
3
< br>部分
1.
所比对序列的名称、
简单描述、长度。到其他数据库的链
接。
2.
比对结果的
5
个数值：
(1)score
打分矩阵计算出来的值，
由搜索算法决定
的，值越大说明询问序列跟目标序列匹配程度越大
(2)Expect
是输入序列被随机搜
< br>索出来的概率，该值越小越好。
(3)Identit
ies
是相似程度，即输入序列和搜索到序
列
< br>的
匹
配
率
(4)Gaps
就
是
空
白
,
即
< br>比
对
序
列
只
有
一
条
链
上
有
碱
基
(5)strand=plus/minus
即询问序列和数据库里面序列的互补链匹配
3
．输入序列和
库中对比到的序列每个碱基的详细对比
NCBI
中
Blast
可以用来进行
序列比对、
检验
引物特异性
Blast
导航主页面主体包括三部分
BLAST Assembled Genomes
选择你要对
比的物种，
点击物种之后即可进入对比页面
Basic BLAST
包含
5
个常用的
Blast
，每一个都附有简单介绍
Specialized BLAST
是一些特殊目的的
Blast
，如
P
rimer-BLAST
、
IgBLAST
根据需要做出选择
本学期学习了最基本的核苷酸序列的比对
点击
Basic BLAST
部分的<
/p>
nucleotide
链接到一个新的页面，打开后的页面特征：
大体上包括三个部分
Enter Query
Sequence
部分可以让我们输入序列，其中的
Job T
itle
部分可以为本次
工作命一个名字
Choose Search
Set
部分可以选择要与目的序列比对的物种或序列种类。
其中的
Entrez
Query
可以对比对结果进行适当的限制。
Program Selection
部分可以选择本次对比的
精确度，种内种间等等。