生物信息学实验报告

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生物信息学

实验报告

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日期：

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实验一

核酸和蛋白质序列数据的使用

实验目的

了解常用的序列数据库，掌握基本的序列数据信息的查询方法。

教学基本要求

了解和熟悉

NCBI

核酸和蛋白质序 列数据库，

可以使用

BLAST

进行序 列搜索，

解读

BLAST

搜索结果，

可以利用

PHI- BLAST

等工具进行蛋白质序列的结构域搜索，

解

读蛋白质序列信息，可以在蛋白质三维数据库中查询相关结构信息并进行显示。

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实验内容提要

在序列数据库 中查找某条基因序列

（

BRCA1

）< /p>

，

通过相关一系列数据库的搜索、

比

对与结果解释，回答以下问题：

1.

该基因的基本功能？

2.

编码的蛋白质序列是怎样的？

3.

该蛋白质有没有保守的功能结构域

(NCBI CD- search)

？

4.

该蛋白质的功能是怎样的？

5. < /p>

该蛋白质的三级结构是什么？如果没有的话，和它最相似的同源物的结

构是什么样子的？给出示意图。

实验结果及结论

1.

该基因的基本功能？

This

gene

encodes

a

nuclear

phosphoprotein

that

plays

a

role

in

maintaining genomic stability, and it also acts as a tumor suppressor.

The encoded protein combines with other tumor suppressors, DNA damage

sensors, and signal transducers to form a large multi-subunit protein

complex

known

as

the

BRCA1-associated

genome

surveillance

complex

(BASC).

This gene product associates with RNA polymerase II, and through the

C-terminal domain, also interacts with histone deacetylase complexes.

This

protein

thus

plays

a

role

in

transcription,

DNA

repair

of

double-stranded breaks, and recombination. Mutations in this gene are

responsible for approximately 40% of inherited breast cancers and more

than 80% of inherited breast and ovarian cancers. Alternative splicing

plays

a

role

in

modulating

the

subcellular

localization

and

physiological

function of this gene. Many alternatively spliced transcript variants,

some of which are disease-associated mutations, have been described for

this

gene,

but

the

full-length

natures

of

only

some

of

these

variants

has

been

described.

A

related

pseudogene,

which

is

also

located

on

chromosome

17, has been identified. [provided by RefSeq, May 2009]

2.

编码的蛋白质序列是怎样的？

[Homo sapiens]

1 mdlsalrvee vqnvinamqk ilecpiclel ikepvstkcd hifckfcmlk llnqkkgpsq

61 cplcknditk rslqestrfs qlveellkii cafqldtgle yansynfakk ennspehlkd

121 evsiiqsmgy rnrakrllqs epenpslqet slsvqlsnlg tvrtlrtkqr iqpqktsvyi

181 elgsdssedt vnkatycsvg dqellqitpq gtrdeislds akkaacefse tdvtntehhq

.

.

241 psnndlntte kraaerhpek yqgssvsnlh vepcgtntha sslqhenssl lltkdrmnve

301 kaefcnkskq pglarsqhnr wagsketcnd rrtpstekkv dlnadplcer kewnkqklpc

361 senprdtedv pwitlnssiq kvnewfsrsd ellgsddshd gesesnakva dvldvlnevd

421 eysgssekid llasdpheal ickservhsk svesniedki fgktyrkkas lpnlshvten

481 liigafvtep qiiqerpltn klkrkrrpts glhpedfikk adlavqktpe minqgtnqte

541 qngqvmnitn sghenktkgd siqneknpnp ieslekesaf ktkaepisss isnmelelni

601 hnskapkknr lrrksstrhi halelvvsrn lsppnctelq idscssseei kkkkynqmpv

661 rhsrnlqlme gkepatgakk snkpneqtsk rhdsdtfpel kltnapgsft kcsntselke

721 fvnpslpree keekletvkv snnaedpkdl mlsgervlqt ersvesssis lvpgtdygtq

781 esisllevst lgkaktepnk cvsqcaafen pkglihgcsk dnrndtegfk yplghevnhs

841 retsiemees eldaqylqnt fkvskrqsfa pfsnpgnaee ecatfsahsg slkkqspkvt

901 feceqkeenq gknesnikpv qtvnitagfp vvgqkdkpvd nakcsikggs rfclssqfrg

961 netglitpnk hgllqnpyri pplfpiksfv ktkckknlle enfeehsmsp eremgnenip

1021 stvstisrnn irenvfkeas ssninevgss tnevgssine igssdeniqa elgrnrgpkl

1081 namlrlgvlq pevykqslpg snckhpeikk qeyeevvqtv ntdfspylis dnleqpmgss

1141 hasqvcsetp ddllddgeik edtsfaendi kessavfsks vqkgelsrsp spfththlaq

1201 gyrrgakkle sseenlssed eelpcfqhll fgkvnnipsq strhstvate clsknteenl

1261 lslknslndc snqvilakas qehhlseetk csaslfssqc seledltant ntqdpfligs

1321 skqmrhqses qgvglsdkel vsddeergtg leennqeeqs mdsnlgeaas gcesetsvse

1381 dcsglssqsd ilttqqrdtm qhnliklqqe maeleavleq hgsqpsnsyp siisdssale

1441 dlrnpeqsts ekavltsqks seypisqnpe glsadkfevs adsstsknke pgversspsk

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1561 tpylesgisl fsddpesdps edrapesarv gnipsstsal kvpqlkvaes aqspaaahtt

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1741 vngrnhqgpk raresqdrki frgleiccyg pftnmptdql ewmvqlcgas vvkelssftl

1801 gtgvhpivvv qpdawtedng fhaigqmcea pvvtrewvld svalyqcqel dtylipqiph

1861 shy

3.

该蛋白质有没有保守的功能结构域

(NCBI CD- search)

？

有保守的供能结构域。

Mov34/MPN/PAD-1 family: BRCC36, a subunit of BRCA1-A complex

.

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4.

该蛋白质的功能是怎样的？

同第一题答案。

5.

该蛋白质的三级结构是什么？如果没有的话，和它最相似的同源物的结

构是什么样子的？给出示意图。

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实验二

双序列比对

实验目的

练习使用动态规划算法进行 双序列比对；

理解打分矩阵和参数对双序列比对结果

的影响；理 解动态规划算法的原理。

教学基本要求

动态规划算法是序列比 对最基本的算法，

可以确保找到最优比对。

分为全局比对

（

Needleman-Wunch

algorithm

）