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TCGA
肿瘤数据做生存分析，竟然发了
cel
l
主刊
癌症基
因组图谱（
TCGA
）计划收集了临床病理学注释
数据以及跨越
33
种不同癌症类型的
11,000
多种人类肿瘤的
多平台分子谱。
TCGA
临床数据包含代表数据收集过程民主
化
特征的关键特征。为确保正确使用与基因组特征相关的大
型临床数据集，我们开发了一个
名为
TCGA Pan-Cancer
临
床数据资源（
TCGA-CDR
）的标准化数据集，其中包括
四个
主要的临床结果终点。据我们所知，目前还没有系统地尝试
分析
TCGA
临床数据，并在涉及
11
,160
名患者的所有
33
种
TCGA
癌症类型中推导出可接受的结果终点，
或者评估每
个生存终点测试的临床随访间隔的充分性。在这里，我们提
< br>出策划和过滤的临床和生存结果数据作为整个科学界的新
集成资源，描述分析这些
数据时遇到的问题是如何解决的，
以及研究人员在将这些数据用于未来相关性和存活研究
时
应该注意哪些缺陷。基于我们全面的临床评估，我们还提供
评
分建议，以便将来适当使用和肿瘤特异性终点选择。由此
产生的精选数据汇编现在作为<
/p>
TCGA
泛癌症临床数据资源
（
TCGA-
CDR
）提供，供公众查阅和未来的转化癌症研究。
图
1
。
临床数据分析<
/p>
（
B
）
，
PFI
（
C
）
，
DFI
（
D
）
和
DSS
（
E
）
的癌症类型（
A
-E
）流程图（
A
）和
KM
图。当少于
10
名患
者处于危险中时，每条
KM
曲线的尾部被截
断。有关端点推
导的更多详细信息，请参见图
S1OS
，
PFI
，
DFI
和
DSS
的
临床结
局终点肿瘤研究中使用的临床结果有许多定义。在分
析了用于本研究的所有
TCGA
临床数据之后，
我们得出结论，
使用可用数据可以相对准确地推导
OS
和
PFI
。我们也合理
准确地推导了
DFI
，
但是在大多数情况下，
DSS
只能被估算。
图
1B
显示
33
种不同癌症类型的所有病例的
OS
Kaplan-Meier
（
KM
）图。尽管
TCGA
并未将生存分析作为
主要计划目标，但大多数癌症类型的结果生存图与前瞻性设
计的前瞻性独立研究类似，以评估这些相同的生存终点。这
可能是
GBM
，
OV
（<
/p>
Cancer Genome Atlas Research
Network
，
< br>2008
，
2011
）的
TCGA
结果最好的例证）和低
级别胶质瘤（
LGG
）
（
C
ancer Genome Atlas Research
Network
等，
2015
）
。
KM
地块为
PFI
，
DFI
和
DSS
示于图
1
的
C-1E
（也参见图
S1
）
。
我们根据每种癌症类型的这四个终点的观察时间（表
2
表
S1
，
标签
TCGA-CDR
）
计算了中位随访时间以及事件或审
查的中位时间。
所有肿瘤的总体中位随访时间为
22.1
个月，
但这些时间在不同癌症类型中差异很大
; GBM
和急
性髓细胞
性白血病
（
LAML
）
最短
（约
12
个月）
，
而肾嫌色细胞
（
KICH
）
最长（约
48
个月）
。推荐使用临床结局终点为特定研究选择
临床结果终点取决于研究目标，事件数量，队列大小和结果
数据
质量。方法可用于评估生存结果数据的质量我们将这些
方法和我们开发的其他方法作为测
试
1-3
和补充检查应用于
这些单个疾
病的数据集。我们提供了有关如何在每种疾病类
型中使用每种结果的终点的建议，并在意
见中提出了合理的
担忧（表
3
）
）
。通过至少一项主要测试以及补充检查的每种
癌症类型的生存终点被认为可以接受使用。总体而言，我们
建议在
33
种癌症类型中的
13
种不加保
留地使用全部四种端
点：膀胱尿路上皮癌（
BLCA
）
，宫颈鳞状细胞癌（
CESC
< br>）
，
结肠腺癌（
COAD
）
，食管癌（
ESCA
）
，头颈部鳞状细胞癌
细胞癌
（
HNSC
）
，
肾肾
乳头状细胞癌
（
KIRP
）
，
肺腺癌
（
LUAD
）
，
LUSC
，<
/p>
OV
，
胰腺癌
（
PAAD
）
，
肉瘤
（
SARC
）
，
胃腺癌
（
STAD
）
和子宫体子宫内膜癌（
UCEC
< br>）
。相反，在
TCGA
嗜铬细
胞瘤和副神经节瘤（
PCPG
）病例中，
4
个结局终点均未推
荐使用。对于淋巴肿瘤弥漫性大
B
细胞淋巴瘤
（
DLBC
）
，
LAML
和胸腺瘤（
THYM
）<
/p>
，建议仅使用一个终点
;
对于所有
其他癌症类型，可以推荐两个或三个端点，其中一些特别有
所保留。
一般而言，在所有四种终点（
PFI
）中最可靠的可
以推荐在
33
种癌症类型中的所有
4
种中毫无保留地使用，
4
种
例外是
LAML
（无数据）
，
DLBC
和
KICH
（
谨慎使用）以
及
PCPG
（不建议）
。
因此，
尽管许多人认为
TCGA
随访时
间对于有意义的终点分析来说太短，
事实上，它们对于更多
侵入性肿瘤类型中的许多终点确定以及用于确定大多数肿
瘤类型的
PFI
而言足够长，其中疾病进展事件
发生在死亡事
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