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名称
简介
参考
备
文献
注
一个产生出版质量比对的“所见即所得”
ALINE
蛋白质
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序列比对编辑器
用于自动微阵列数据分析的一个
R
包
访问本体论和注释数据
基因组注释绘图库，基因组特征可视化
代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的
生物学网络描述为图示
下一代测序数据片段的最佳延长及准确提
取和可视化
将
ArrayExpress
数据集导入到
R/Bioconductor
中
用于
RNA-
seq
数据处理和质量评估的一
个流程
双色
cDNA
微阵列质控和预处理
用图形分析和统计分析检查微阵列数据质
量的软件
生物化学算法库
用于分子建模研究和教育的一个工具
AMDA
AmiGO
AnnotationSketch
Arcadia
ArchTEx
ArrayExpress
ArrayExpressHTS
arrayMagic
arrayQCplot
BALL
BALLView
BamTools
分析和管理
BAM
文件的一个
C++
应用程
序接口和工具包
批量
Blast
提取器：一个自动的
blastx
剖
析器应用程序
Batch Blast
Extractor
BayesPeak
分析
ChIP-seq
数据的一个
R
包，峰识别
比较基因组特征的一套灵活的实用程序，
BEDTools
支持
BED
，
BAM
，
GFF
格式文件
结合位点评估工具套件，整合了
4
种普
遍
使用的
motif
发现程序
一个下一代测序数据质量评估程序包
一个评估基因本体论类别在生物网络中过
代表的
Cytoscape
插件
用于序列
分析、系统发生学、分子进化和
群体遗传学的一套
C++
库
一种标准化及自动化生物学实验方案的编
程语言
BEST
BIGpre
BiNGO
Bio++
BioCoder
BioJava
Java
语言编写的
一个生物信息学开源框架
生物学数
据库（
Ensembl
）和微阵列数据
biomaRt
分析
（
bi
oconductor
）间的强力连接
Biopython
适用于计算分子生物学和生物信息学的可
免费获得的
python
工具
BioRuby
BioWarehouse
适用于
Ruby
编程语言的生物信息学软件
一个生物信息学数据仓库整合工具包
为生物信息学和分子动力学创建即时计算
集群，自启动
linu
x
发行版
python
编写的一个结构生物信息学软件
平台（库）
一个新的基因网络构建、可视化和分析工
具，
cytoscape
插件
birgHPC
Biskit
BisoGenet
BlastR
非编码
RNAs
的快速且准确地数据库搜索
比对短
DNA
序列片段到大型基因组上的
Bowtie
一个超快、
内存高效的程序
Bpipe
BRAT
一个运行和管理生物信息学流程的工具
重亚硫酸盐处理的片段分析工具
重亚
硫酸盐处理的片段的高效且准确地比
对
一个
Python
编写的脉冲神经网络模拟器
全基因组重亚硫酸盐测序比对程序
BRAT-BW
Brian
BSMAP
BugView
用于比较基因组的
一个浏览器，
Java
编写
在基因组环境中查看比较基因组杂交微阵
Caryoscope
列数据的一个
开源
< br>Java
应用程序
顺式调控元件注释系统，对
ChIP-
chip
，
ChIP-
seq
的峰进行注释
网络中心性的综合分析和探索
一个使
用亚细胞定位注释进行生物网络布
局和交互的
Cytoscap
e
插件
一个化合物挖掘（结构相似性
搜索和小分
子聚类）
R
框架
从
ChIP-
seq
数据中进行差异组蛋白修饰
CEAS
CentiLib
Cerebral
ChemmineR
ChIPDiff
位点的全基因组识别
的一种
HMM
方法
ChIP-Seq
数据中结合
moti
f
的深度和广
度挖掘
一个注释
ChIP-
seq
和
ChIP-chip
数据
（峰）的
Bioconductor
包
核小体定位和组蛋白修饰
ChIP-
seq
实验
分析
用于微阵列和其他高通量数据的用户友好
ChIPMunk
ChIPpeakAnno
ChIPseqR
Chipster
的分析软件
一个分析
ChIP-
chip
和
ChIP-
Seq
的整合
软件系统
聚类树可视化与解释
一个生物本体论编辑器
一个网络浏览
和可视化
Java
小程序
使用经验贝叶斯方法调整微阵列表达数据
中的批次影响
一个识别
ChIP-seq
数据
中转录因子和共
调控
motif
的混合
框架
评估下一代测序数据中人类样品的交叉污
染
RasMol
到
PyMOL
的脚本转换器
CisGenome
ClutrFree
COBrA
Cobweb
ComBat
coMOTIF
ContEst
Conscript
CoXpress
基因表达数据中的差异共表达分析
（
R
包）
使用逻辑操作符和通配符在多属性领域搜
Cytoscape
ESP
索复杂生物
网络的
Cytoscape
插件
Cytoscape Web
一个交互式基于网络的网络浏览器
一
个定量分析组学数据（蛋白质组、微阵
列）的统计工具
DAnTE
DBChIP
Dendroscope
用
ChIP-
seq
检测转录因子的差异结合
一个交互式大型系统发生树查看器
基于一套混合模型的差异
ChIP-seq
结合
位点识别
R
包
一个系统发生计算
Python
库
一个在生物网络中可视化和分析小分子药
物的
Cytoscape
插件
FASTQ
格式中
DNA
序列片段的压缩
一个适用于下一代测序技术的
基因组装配
查看器
在基因列表中识别
生物学主题，用于基因
列表的快速生物学解释
基因组比较可视化，创建多个基因组位点
的线性比较图形
欧洲分子生物学序列分析开放软件套件
DIME
DendroPy
DrugViz
dsrc
EagleView
EASE
Easyfig
EMBOSS
EnzymeTracker
一个开源的样品跟踪实验室信息管理系统
一个促进高通量测序分析的基于云计算的
框架
用于生物大分子结构和几何分析的高效
PDB
剖析器和数据结构
Eoulsan
ESBTL
一个整合的基因表达数据分析软件平台，
Expander
支持微阵列数据
分析的所有阶段
一个分析
RNA-Seq
和微阵列基因
表达数
据的基于网络的框架
用标签和
按钮简化
PyMOL
中分子查看
扫描一个给定
motif
的出现
图示的基因型可视化
一个可视化流式细胞仪数据的
Bioconductor
包
使用
Java
3D
进行快速蛋白质可视化
一个探索转录相互作用的整合工具
一个云端
RNA-
Seq
分析工具
协作的数据分析
编辑数十亿的片段序列装配
一个高速
的
GenBank
平面文件解析器库
一个保存网络收集的数据到一个
MySQL
数据库中的多功能
PHP
脚本
<
/p>
第一个允许用户收集和管理有关基因
/ESTs
< br>的多媒体生物
ExpressionPlot
EZ-Viz
FIMO
Flapjack
flowViz
FPV
FunNet
FX
GaggleBridge
Gap5
GBParsy
Generic HTML
Form Processor
GeneNotes
信息的应用程序
GeneTrack
GeneTUKit
GeneXplorer
一个基因组数据处理和可视化框架
一个文档水平基因标准化软件
微阵列数据的可视化和分析
使用动态
导航和语义缩放动态地浏览高容
量的比对短片段数据
可视化微生物基因组
基因组可视化和分析
一个高度用户友
好、易于操作的
SAM/BAM
查看器和比对器工具
一个多用途基因组分析器和浏览器，识别
各种微
阵列和测序数据格式
基因表达综合数据库（
< br>GEO
）和
BioConductor
间的一个桥梁
一个跨平台的处理数字图像的免费、开源
软件
基于对照数据的随机采样计算一个倍数变
GLITR
化以从
ChIP-Seq
数据中提取转录因子靶点
访问基因本
体论信息并找到与一列基因相
关的显著富集的基因本体论术语
GenomeView
GenomeViz
Genomorama
GenoViewer
GenPlay
GEOquery
GIMP
GO::TermFinder
GoBean
一个
GO
术语富集可视化探索
Java
GUI
应用程序
一个
GO
图形展示和分析
Python
库
一个带有基于本体论的布局和着色的
< br>Cytoscape
网络可视化插件
< br>使得能够在
R
中进行
GPU
计算的一个包
GOGrapher
GOlorize
gputools
graph2tab
GReEn
一个转换实验流程图为表格格式的程序库
一个基因组重测序数据高效压缩工具
一个模拟原核生物中转录因子结合的计算
工具
< br>
基因集合富集分析：一种解释全基因表达
谱的基于知识
的方法
用希尔伯特曲线来可视化基因组数据
一个浏览器扩展，增强了生命科学文献的
GRiP
GSEA
HilbertVis
i-cite
导航，及链接术语到
相应的非文本数据
整合基因组浏览器
：用于基因组规模数据
集的发布、探索、可视化
一个蛋白质序列预处理
R
程序包
一个访问
HapMap
计划数据
集的
Python
API
IGB
Interpol
interPopula
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