在UCSC查找可能的启动子

在

UCSC

查找可能的启动子

< br>

1

、进入网站

/

。

2

、点击

T ables

菜单，在

position

后面的搜索框内写入待查的基因名称，点击

getoutput

。

3< /p>

、出现一系列候选序列。当搜索用词不特异的时候会出来太多的结果，只显示

500

条。

4

、点击自己目的基因的结果链接， 会出现该基因在染色体上的位置

(

有时候会

< br>直接跳到选择

genome

，

p rotein

，

mRNA

那一页面，< /p>

可能是在搜索词比较特异的情

况写

)

，继续

getoutput

。

5

、选择

genome

这一项。

6

、

promoter/up

stream

前面的框中打勾，一般的启动子长度大约为

2kb

左右，这个数字可以

修改。为便于观察，可继续 修改下面的几个选项。这里选择

CDS

大写

。

7

、

点击

get

sequence

即可得到结果。

UTR

和

< br>upstream

是分开的，

CDS

是大写的，

可以看到起始码。

copyATG

以前的序列进行启动子分析。

pcr

以

genome

为模板。