钟杨-生物信息学

2021年2月27日发(作者：spain怎么读)

各种

blast

的定义：

1

）

、

B LAST

P

是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条 已知序列

将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

< /p>

2

）

、

BLAS T

X

是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋 白

序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白）

，再对每一 条作一对一的蛋白

序列比对。

3< /p>

）

、

BLAST

N

是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列

都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4

）

、

T

BLAST

N

是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与

BLA STX

相反，它是将

库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查 序列作蛋白与蛋白的比对。

5

）< /p>

、

T

BLAST

X

是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序

列和所查的核酸序列都翻译成蛋白

（每条核酸序列会产生

6

条可能的蛋白序列）

，

这样每次比对会产生

36

种比对阵列。

双向

BLAST:

< br>用物种

A

的基因序列搜索

(BL AST)

物种

B

的基因序列，

搜到的最高

相似的序列反过来再

BLAST

物种

A

的基因组

(

阈值

E

小于

1 e

一

20)

。如果两条

序列在这两个

BLAST

中均是最相似的，称为“双向

BLAST

最高相似蛋白”

，则

认为是直系同源关系。

双向

BLAST (

基因组

)

获得直系同源序列

Gene B

E. coli

O157

Blast, E value cutoff=1e-20

E. coli

K12

Gene A

A. B

为候选

直系同源基因

Mega-Blast

：

< p>
可用于搜索近似完全的匹配

,

可以处理一批核苷 酸查询，比标准

BLAST

查询速度快，

NCBI

进行

基因组

BLAST

查询时的默认程序。

PSI-BLAST

：位置特定的迭代

BLAST(Position Specific Iterated BLAST)

，

搜

索数据库以找出与查询序列同一蛋白质家族的成员，

揭示亲缘关系较远的蛋白质

间的关系。

两个序列间的查询

?

?

?

?

比较两个序列的相似性，不需要传统

BLAST

的数据库查询

BLAST2

局部对位排列，获得结构域或序列内重复信息

建议不超过

150 kb

Blast

流程

Blast--- Basic Local Alignment Search Tool

在浏览器中 输入

NCBI

网址即可进入

BLAST

的主页，根据目的选用相应的

blast

类别进行搜索。进入搜索页面后，把查询序列粘贴到“

search

< br>”编辑框中。在

database

选择项中，

< p>
有若干数据库可以选择，

BLAST

的缺省数据库 是

nr

数据库，

如果有特别需要可以选 别的数据库。点击

BLAST

之后，程序就会把序列提交给

BLAST

服务器，服务器会返回给用户一个

requestID

，用于搜索

BLAST

结果。

输入

ID

，点击相应按 钮，浏览器就会弹出新的窗口显示

BLAST

结果。

< p>

BLAST

结果通常包括三个部分：

1

、序列在数据库中搜索得到的

Hit s

分布图，把用户序列在数据库中能找到的匹

配序列从高到底用 不同颜色的线条图形表示出来。

2

、 在数据库中检索到的匹配序列的从高到低的排序，

BLAST

显 示所有

E

值小于

设定的

E

值的匹配序列。这个部分包括三个数据：

------

第一列：序列的名称

--- ---

第二列：

Score

（分值）< /p>

，用户序列和数据库序列中命中序列比对之后的

相似性打分，打分 越高则序列相似性越高。

------

第三列：

E

值，是随机产生一个比所得分值高的对位排列的概 率。是衡

量分值可靠性的测度，

E

值越 小

,

所得相似序列的可靠性越高。

如果用户有大量的数据，则需要将

BLAST

< br>程序下载到用户本地的计算机中，进

行本地化分析。

< /p>

BLAST

系列程序选择流程

查询序列< /p>

蛋白质序列？

是

蛋白质数据库？

否

否

蛋白质数据库？

否

是

数据库翻译？

是

否

是

blastp

tblastn

blastx

tblastx

blas tn

举例：

恐龙蛋化石中的

18s rDNA

对从恐龙蛋提取出来的

18S

rDN A

进行

BLAST

，得出多个分值较高 同时

E

值很

小的结果，根据此值做出与 恐龙蛋基因的遗传树

发现

DA18s1

类似于真菌

DA18s7

类似于被子植物

DA18s1

、

DA18s7

与鸭、人、鳄鱼和其他动物的序列差异很大

鸟类与爬行类是恐龙现存的最近的物种

; DA18s1/7

都不是真正的恐龙

DNA

麻黄碱类化合物的起源假说

背景介绍：

Dopamine

能神经元与学习 ，记忆，运动及药物成瘾有关

麻黄碱与人体内肾上腺素受体< /p>

(AD)

及多巴胺转运蛋白（

DAT

）结合

解释：

?

麻黄碱是麻黄的一种防御物质，其作用之一是抵抗镰孢菌的侵染

?

麻黄碱对镰孢菌的防御与麻黄碱和 镰孢菌中的

FG07634

蛋白结合有关

?

FG07634

蛋白与人体神经系统中主管奖励机制的一种蛋白

----Dopamine

transporter (DAT)

具有同源性

(

由于这种同 源性，使麻黄碱类化合物能

够干扰人体

“奖励系统”的正常运转，从而发生毒品效应

)

。

< p>

推测：

?

推测

FG 07634

蛋白的功能，因同源同功，推测其为“转运蛋白”

?

推测被

F G07634

蛋白转运的物质

---

与

Dopamine

、

Serotonin

、

Adrenaline

、

GABA

、

Prol ine

等神经介

质的功能及结构相似

---

可能与镰孢菌对植物的侵害有关

进一步得出：

Fusaric Acid

—可能被

FG07634

转运的物质

?

Fusaric Acid

与

Dopamine

的相似性

?

Fusaric

Acid

能抑制

Dopamine

I

型受体活性

(

中国抗生素杂志，

2001)

?

Fusaric

Acid

能抑制植物

Dopamine

代谢途径中的

Tyrosine Hydroxylase

，人

Dopamine

代谢途径中的

Dop amine

?

-Hydroxylase

?

Fusaric

Acid

是镰孢 菌分泌的一种非特异性的毒素，在对植物侵染过程中

与其他毒素有协同作用；同时在镰孢 菌的不同生长时期也有不同的生理作用

植物

Dopamine

代谢途径

:

Tyrosine

Decarboxylase

Tyramine

Hydroxylase

Dopamine

Tyrosine

人类

Dopamine

代谢途径

:

Tyrosine

Tyrosine

Hydroxylase

N oradrenaline

L-Dopa

Decarboxyl ase

?

-Hydroxylase

D opamine