LncRNA介绍及相关数据库及预测软件汇总 20150723

2021年2月27日发(作者：英语成语故事)

目录

一

. LncRNA

简介

................... .................................................. .................................................. ........

2

二、长链非编 码

RNA

（

lncRNA

）靶标数据库及预测软件汇总

.................... ...............................

2

1. ChIPBase

.

.............................. .................................................. ...............................................

2

2. LNCipedia .. .................................................. .................................................. ........................

2

3. lncRNABase ......................... .................................................. ................................................

2

4. lncRNAdb

.

.............................. .................................................. ..............................................

3

5. LncRNADisease

.

............. .................................................. .................................................. ....

3

6. NONCODE

.

........................... .................................................. ................................................

3

7. NRED ....... .................................................. .................................................. ..........................

3

8. Arraystar

.

... .................................................. .................................................. ........................

3

三

.

LncRNA

调控网络

数据库

........................ .................................................. ...............................

3

1. starBase

平台（

..... .................................................. .................................................. ...........

3

2. starScan

软件工具

............... .................................................. ...............................................

4

3. DIANA- LncBase

数据库

.

< p>
............................................ .................................................. ..........

4

4. miRcode

数据库

.

< p>
............................................ .................................................. .....................

4

5. linc2GO

数据库

.

.............................. .................................................. ....................................

4

四

.ln cRNA

研究思路

.

.............................................. .................................................. ........................

4

五

. LncRNA

研究策略

................. .................................................. .................................................. ..

7

一

. LncRNA

简介

LncRNA (long non-coding RNA)

是一类转录本长度大于

< br>200nt

的非编码

RNA

，最

初被认为是基因组转录的“噪音”

，通常伴随着

mRNA

协同转录，而转录水平往

往低于

mRNA

，

被当成是

RNA

聚合酶

II

转录的副产物。

< p>
（

lncRNA

的平均长度比

mRNA

的

3

‘

< br>UTR

长，而

CLIP-Seq

支持的

lncRNA

上的靶点却比

3< /p>

’

UTR

上的

少 了非常之多）

。

然而，

近年来的研究表 明，

lncRNA

能够通过多种方式发挥调控

< br>作用，参与了转录调控、组蛋白修饰、入核转运、染色体失活等过程，其转录和

功 能失调可能导致多种疾病的发生。

它代表了基因组存在人类知之甚少的

< br>“暗物

质”

。鉴于其功能的重要性和多样性，越来越多的 科研人员参与到对其的研究中

来，

引用

BioTechnicques 2013

最新通讯上的话：

are everywhere these days

，各种高端杂志上发表了大量的综述性和研究性文章。

目前，对

lncRNA

功能的发掘

1%

都不到，而且发现新

lncRNA

的数量还在急剧

增长，各种

lncRNA< /p>

的数据库诸如

noncode

，

LncRNA Disease

等对

lncRN A

种类

和功能进行收录和更新，

而一些 新的机制，

比如

ceRNA

也在围绕< /p>

lncRNA

展开，

可以看到，在这个领 域的研究呈现出一幅如火如荼的场景。

二、长链非编码

RNA

（

lncRNA

）靶标数据库及预测软件汇总

1. ChIPBase

提供长链非编码

RNA

的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量

的

< br>RNA-seq

鉴定的

lncRNA

及其表达图谱和

ChIP-Seq

实验技术鉴定的转录因< /p>

子结合位点。网站：

/chipbase/

更新：

2012

年

11

月

2. LNCipedia

对人类的长链非编码

RNA

的序列和结构全面的注释。网站：

更新：

2012

年

7

月

3. lncRNABase

提供

miRNA

调控长非编码

RNA(lncRNA)

、假基因

< p>
(pseudogene)

和环状

RNA(cir cRNA)

的互作信息和

ceRNA

调 控网络。这些调控互作网络信息是基于

高通量的

CLIP- Seq

实验数据。网站：

/

更新：

2013

年

11

月

4. lncRNAdb

提供有生物 学功能的长链非编码

RNA

的全面注释。这是长链非编码

RNA

研究

领域的大牛

John mattick

实验室构建的网站。

网站：

/

更

新：

2011

年

7

月

5. LncRNADisease

提供了文献报道的疾病相关的长链非编码

RNA

的注释。

网站：

/lncrnadisease

更新：

2012

年

7

月

6. NONCODE

提供对长链非编码

RNA

< p>
的全面注释，

包括表达和该团队开发的

ncFAN s

计算机

软件预测的

lncRNA

功能。这是非编码

RNA

研究的知名数据库 ，已经更新到第

三版。网站：

更新：

20 12

年

1

月

7. NRED

提供人和小鼠的长链 非编码

RNA

在芯片数据的表达信息。这也是

< br>John mattick

实验室构建的网站。

网站：< /p>

/nred/

更新：

2009

年

8. Arraystar

三

.

LncRNA

调控网络

数据库

当前很多通过研究

< p>
miRNA

与

lncRNA,

< br>protein(RNA

结合蛋白

)

与

lncRNA

的调控

关系来揭示 非编码

RNA

的功能，热门研究之一是通过竞争性内源

RNA(ceRNA)

调控网络研究

lncRN A

的功能。相关的

miRNA-lncRNA, protein-lncRNA, ceRNA

调控网络资源包括

1. starBase

平台（

/

）

：

构建了最全面的

CLIP-Seq

实验 支持的

miRNA

和

lncRNA, Protein(RNA

结合蛋白

)

和

lncRNA

(

包括了

lncRNA

，

pseudogene

，

circRNA)

的调 控关系网络

,

构建了

ceRNA

调控网络和提供了长非编码

RNA

功能预测工 具。此外，

starBase

还构建

了 最全面的包含了

14

癌症类型（

>60 00

个样本）

Pan-Cancer

（ 泛癌）表达图谱和

互作网络。

[Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42:D92-7.]

2. starScan

软件工具

（

/starscan/

）

：

基于降 解组测序数据预测动植物的各类小

RNA(miRNA

，

piRNA

和内源的

siRNA)

< p>
靶向的

lncRNA

，

c ircRNA

，

pseudogene

和

mRNA

的软件服务平台。目前已经整

合了

20

个动植物的物种的降解组测序数据

< br>

[Nucleic Acids Res. 2015;43:W480-6.]

。

3. DIANA-LncBase

数据库

（

/LncBase

）

：

构建了基于单个

CLIP-Seq

数据 和计算机预测的

miRNA

和

lncR NA

调控关系。

[Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41:D239-45.]

4. miRcode

数据库

（

/mircode/

）

：

瑞典哥德堡大学的研究人员开发 的一种可以搜索的界面软件来预测

miRNA

的靶

点，

当前的版本覆盖了完整的

GENECODE

注释的转录组，

包括

10419

< p>
条已经注

册的

lncRNA

。

5. linc2GO

数据库< /p>

（

/~liuke/Linc2GO/

）

：

清华大学整合的

< br>lncRNA

功能注释数据库，

以竞争性內源

< p>
RNA(ceRNA)

假说为基

础的人的

lincRNA

功能注释。

< br>四

.lncRNA

研究思路

1. lncRNA

筛选：

（

1

）

通过

< p>
lncRNA

芯片或

RNA

测序等方法对多对疾病模型和对照样本组织进行

lncRNA

表达谱分析；

（

2

< br>）通过生物信息学的方法筛选出具有表达差异的

lncRNA

，构建共表达网络，

预测

lncRNA

的靶基因；

（

3

）通过

PCR

或

Northe rn Blot

技术对候选

lncRNA

验证，确定其表达差异。

2. lncRNA

确定：