转录组组装

目录

Next-generation transcriptome assembly

应用第二代测序技术的转录组组装

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第一部分：总体介绍挑战与机遇

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第 二部分：实验提取与数据分析

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组装前：

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组装策略：

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选择策略

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选择组装软件

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评价组装的质量

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总结和未来的展望

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全文完

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Next-generation

transcriptome

assembly

应用第二代测

序技术的转录组组装

第一部分：总体介绍挑战与机遇

1.

现有的转录组组装技术主要有三 大方向：基于参考序列的组装，从头组装，两

者结合的组装方法

2.

第二代测序与

< br>Sanger

测序在转录组中的优势：高灵敏度，高精度，高深度，检

3.

第二代测序与其他高通量技术如 基因芯片技术相比在转录本中的优势：能达到

单碱基水平的分辨率，能反应表达水平的动 态变化，能进行从头基因注释

4.

第二代测序在组装中的挑战：测序片段

(reads)

短，质量值偏低，数据量大，要

求大内存或者多核计算机。现在已经有一 些软件能解决这些问题如：

Velvet

，

ABYSS

，

ALLPATH

等< /p>

5.

转录本 组装与基因组组装的差别：

1.

测序深度问题：

各个转录本的深度不一致

2.

链特异性，组装软件需要考虑正义链和反义链之间的

overlap 3.

转录本变异：例

如可变剪切

第二部分：实验提取与数据分析

组装前

：

1.

文库构建：

A.

为了多的构建转录本，核糖体

RNA (rRNA)