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转录组分析
研究背景:
RNA-Seq
是通过结合实验和计算方法来鉴定生物样品中
RNA
序列的种类和丰度的一种技术。
通过
RNA-seq
,我们就能够确定单链
RNA
分子中
ATCG
的顺序。整个过程主要包括:从细胞
或
组织中提取
RNA
分子、文库的构建以及后继的生物信息学数据
分析。
RNA-Seq
技术具有
许多早
期研究方法(如:微阵列)所不具备的优点,如:
RNA-Seq
平台的高通量、新技术所
带来的高灵敏度、发现新转录本、新基因模型以及非编码
p>
RNA
的能力等。
RNA-Seq
技术的到来,使人们
认识到,无论是单细胞模式生物还是人类,我们对其转录组的
认知异常匮乏。
而
RNA-Seq
产生的新的数据,
则可以帮助我们发现基因结构上的巨大差异、
鉴定出新的转录本以及能够对<
/p>
small
non-coding
R
NA
和
lncRNAs
有着更好的了解
。而且随着
测序花费的降低,
RNA-
Seq
的优势体现的更加明显。
服务流程:
样品选取
利用
Oligo-
dT
富集
mRNA
mRNA
片段化
cDNA
合成
末端修复、加
polyA
、加接头,
PCR
扩增
数据分析
测序方案:
内容:
TotalRNA
检测,普通转录组文库构建及测序及
信息分析。
测序方式:
HiseqP
E125
。
项目周期:有参
45
天,无参
50
天。
分析内容:
无参考基因组:
1.1
质量控制
1.11
评估碱基质量
1.12
过滤低质量
reads
1.13
去掉低质量碱基和接头序列
1.14
统计
N
比例和
reads
长度
1.15
p>
统计
GC
含量和
r
eads
重复度
1.2
Reads
的从头比对组装
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