-
怎么使用
NCBI[1]
怎么使用
NCBI (National Center
for Biotechnology Information),
美国国家生物技术信息中心
[url][/url]
NCBI
是
NIH
的国立医学图书馆（
NLM
）的一个分支。
NCBI
提供检索的服务包括：
1
．
Gen
Bank
（
NIH
遗传序列数据库）<
/p>
：
一个可以公开获得所有的
DNA
序列的注释过的收集。
GenBank
是由<
/p>
NCBI
受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室
递交的序列和
同国际核酸序列数据库（
EMBL
和
DDBJ
）交换数据建立起数据库的。它同日本和欧
洲分子
生物学实验室的
DNA
数据库共
同构成了国际核酸序列数据库合作。
这三个组织每天交换数
据。
其中的数据以指数形式增长，
最近的数据为它已经有来自
47000
个物种的
30
亿个碱基。
2
．
Molecular
Databases
（分子数据库）
：
Nucleotide Sequence
< br>（核酸序列库）
：从
NCBI
其
他如
Genbank
数据库中收集整理核酸序列，
提供直接的检索。
Protein Sequence
（蛋白质序列库）
：
与核酸类似，
也是从
NCBI
多个不同资源中编译整理的，
方便研究者的直接查询
。
Structure
（结构）
-
——
关于
NCBI
结构小组的一般信息和他们的研
究计划，另外也可以访
问三维蛋白质结构的分子模型数据库
（<
/p>
MMDB
）
和用来搜索和显示结构的相关
工具。
MMDB
：
分子模型数据库
—
一个关于三
维生物分子结构的数据库，结构来自于
X-ray
晶体衍射和<
/p>
NMR
色谱分析。
Taxonomy
（分类学）——<
/p>
NCBI
的分类数据库，包括大于
7
万余个物种的名字和种系，这些
物种都至少在遗传数据库中有一条核
酸或蛋白序列。
其目的是为序列数据库建立一个一致的
种系发生
分类学。
3
．
Literature
Databases
（文献数据库）
（
1
）
Pub
Med
是
NLM
提供的一项服务，能够
对
MEDLINE
上超过
1200
万条的上世纪六十
年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进
行访问，
并可以连接到参与的出版商网络
站点的全文文章和其他
相关资源。
（
2
）
PMC/PubMed Center
：
也是
NLM
的生命科学期刊
文献的数字化存储数据库，
用户可以
免费获取
< br>PMC
的文章全文，除了部分期刊要求对近期的文章付费。
（
3
）
OMIM
（孟德尔人类遗传）
：
有关人类基因和无序基因的目录数据库由
Victor ck
和他的同事共同创造和编辑的，由
NCBI
网站
负责开发，其中也包括对
MEDINE
众多资源
和
Entrez
系统的序列记录，以及
NCBI
中其他有关资源的链接。
1
/
11
怎么使用
NCBI[1]
（
4
）
Books
：
NCBI
的书库不断收集生物医学方
面的书籍，
提供这些书籍的出版信息、
摘要、
< br>目录和全文的连接，用户可以直接在检索文本框内输入一个观念就可以查询。
4
．
NCB
I
提供的附加的软件工具有：
开放阅读框寻觅器（
ORF
Find
er
）
，电子
PCR
< br>，和序列提交工具
Sequin
和
BankIt
。所有的
NCBI
数据
库和软件工具可以从来获得。
NCBI
还有
服务器，提供用文本搜索或序列
相似搜索访问
数据库一种可选方法。
NCBI
网站
上还提供了一些诸如研究热点问题、研究
小组情况、教育培训、联系方式等信息，还提供
了到
NIH
、
NLM
< br>等的链接。
使用方法
:
用户可以免费登陆
NCBI
的网站，
NCBI
为使用者提供了方便的检索系统和检索方法：
1
．
Ent
rez
是
NCBI
为用户提供整合所有
数据库的访问序列，定位，分类，和结构数据的搜
索和检索工具系统，
< br>同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。
用户进入系统或者进入任意
一个数据库，都会看到简单检索的界面，选择数据库输入关键词即可进行查询。
Entrez
也提
供条件限制和高级检索、布尔逻辑查询。
使用新的
Linkout
服务，外部资源可以被链接到
Entrez
记录。
2
．
BLAST
是一个
NCBI
开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因
和遗传特点的手段。
BLAST
能够在小于
15
秒的时间内对整个
DNA
数据
库执行序列搜索。
NCBI
Education
[url][/url]
网址详情
:
这是
NCBI
在线教育资源的索引页，
从这里出发你会找到
NCBI
提供的教学资源，
这些教程
不仅囊括了
NCBI
网站提供的最常用的工具和数据库（
BLAST
，
Entrez
，
PubMed
，
NCBI
News
，
Resource
publications
，
Map Viewer
exercises
，
Structure
，
NCBI Handbook
）的使
用
方法和信息
,
还有一些相关的分子生
物学的基础入门知识
(NCBI science
primer...)
。
教程大多不仅有文字图片还有动画，
直观易懂，
目的就是一个让大家尽可能快而有效的掌握
好
NCBI
的使用，在这个聚宝盆里淘到真金。
当然您如果想对所有
NCBI
的数据库和工具
有更透彻深入的了解，请绝对不要错过共
24
章
的
NCBI
手册
(NCBI
Handbook)
[url][/url]
小何
2007-9-7 09:20
2
/
11
怎么使用
NCBI[1]
GenBank
数据库简介
[color=green][i]
不错的内容，我来补充下
[/i][/color][color=red]GenBa
nk
数据库简介
[/color]
[b]
基本信息
：
[/b]
1.
GenBank
属于一个序列数
据库的国际合作组织，包括
EMBL
和
DDBJ
。是
NIH
遗传序列
数据库，一个所有可以公开获得的
DNA
序列的
注释过的收集。
GenBank
同日本和欧洲分子
生物学实验室的
DNA
数据库共同构成了国际核酸序
列数据库合作。
唯一人类基因序列集合
（
UniGene
）
，人类基因组基因图谱，分类学浏览器，同
国立癌症研究所合作的癌症基因组
剖析计划（
CGAP
）等数据库。
GenBank
以指数形式增长，
核酸碱基数目大概每
14
个月就
翻一个
倍。
2.
纪录样本
-
关于
GenBank
的各个字段的详细描述，以及同
Entrez
搜索字段的交叉索引。
3.
访问
GenBank -
通过
Entrez
Nucleotides
来查询。用
accession nu
mber
，作者姓名，物种，
基因
/<
/p>
蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。关于
Entrez<
/p>
更多的信息请看下文。用
BLAST
来在
GenBank
和其他数据库中进行序列相似搜索。
用
E-mail
来访问
E
ntrez
和
BLAST
可以通过
Query
和
BLAST
< br>服务器。另外一种选择是可以用
FTP
下载整个的
GenBank
和更
新数据。
4.
增长统计
-
参见公布通知的
2.2.6
（每个分类的统计）
，
2.2.7
（每个物种的统计）
< br>，
2.2.8
（
GenBank
增长）小节。
5.
公布通知，最新
-
最近和即将有的变化，
GenBa
nk
的分类，数据增长统计，
GenBank
< br>的
引用。
6.
公布通知，旧
-
同上相同，是过去公布的统计。
7.
遗传密码
- 15
< br>个遗传密码的概要。用来确保
GenBank
中纪录的编
码序列被正确的翻译。
[b]
向
GenBank
提交数据
：
[/b]
1.
关于提交序列数据，收到
accession
number
，和对纪录作更新的一般信息。
2.
BankIt
-
用于一条或者少数条提交的基于
W
WW
的提交工具软件。
（请在提交前用
VecScreen
去除载体）
3. Sequin -
提交软件程序，用于一条或者很多条
的提交，长序列，完整基因组，
alignments
，
人群
/
种系
/
突变研究的提交。可以独立使用，或者用基于
TCP/IP
的“
network aware
”模式，
可以链接到其他
NCBI
的资源和软件比如<
/p>
Entrez
和
PowerBLAST<
/p>
。
（请在提交前用
VecScreen<
/p>
去除载体）
3
/
11
怎么使用
NCBI[1]
4.
ESTs
-
表达序列标签，短的、
单次（测序）阅读的
cDNA
序列。也包括来自于差异显示
和
RACE
实验的
cDNA
序列。
5. GSSs -
基因组调查序列，短的、单次（测序）阅
读的
cDNA
序列，
exon tra
p
获得的序列，
cosmid/BAC/YAC
末端，及其他。
6.
HTGs
-
来自于大规模测序中心
的高通量基因组序列，未完成的（阶段
0
，
1
，
2
）和完成
< br>的（阶段
3
）序列。
（注意：完
成的人类的
HTG
序列可以同时在
Ge
nBank
和
Human Genome
Sequencing
页面上访问。
）
7. STSs -
序列标
签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。
8.
注：
SNPs -
人类的和其他物种
的遗传变异数据可以提交到
NCBI
数据库的单核苷酸多态
性库中（
dbSNP
）
。
[b]
国际核苷酸序列数据库合作组织
：
[/b]
1. GenBank
，
DDBJ
，
EMBL -
合作计划的概述，
并链接到相应的主页。
GenBank
，
DDBJ
（
DNA
Data Bank of
Japan
）
，
and EMBL
（
European Molecular Biology
Laboratory
）数据库共享的数
据是每天都交换的，因
此他们是相等的。数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样，但是
accession
number
，
序列数据和注解都是一模一样的。
即，
你可以用
accession number
U12345
在
GenBank
，
DDBJ
或
EMBL
中查找相应纪录，得到的结果是完全一样的序列数据，参考
内容等等
< br>
2.
DDBJ/EMBJ
/GenBank
特性表
—
特性表格式和标准被合作数据库用
在序列记录的注释
上，使得数据共享成为可能，包括详细的描述生物特性和特性限定语的
附录，以及
IUPAC
规定的核苷酸和氨基酸的代号。
[b] and Daily
Updates
：
[/b]
1. GenBank
普通文件格式
—
参见
Ge
nBank
记录样本和在
GenBank
公布通知中的详细描述，
下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。<
/p>
2.
ASN.1
格式
—
摘要句法记号
1
，国际标准组织（
ISO
）数据
表示格式，下载大多数最近
的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
< br>
3.
FASTA
格式
—
定义行号后只跟随序列数据（示例
）
，参见描述数据库的
readme
文
件，
包括
nt.Z
（每天更新的非冗余
BLAST
核酸数据库，
包括
GenBank+EMBL+DDBJ+PDB
序列，
< br>但是不包括
EST, STS, GSS, or HTGS
序列）
，
nr.Z
（每日更新的非
冗余蛋白质）
，
est.Z, gss.Z,
htg.Z,
sts.Z,
和其它文件。
[b]
分子数据库：
[/b]
1.
核酸序列
4
/
11
怎么使用
NCBI[1]
1
、
Entrez
核酸：
用
accession
number
,
作者姓名，物种，基因
/
蛋白名字，
以及很多其它的
文本术语来搜索核酸序列记录（在
GenBan
k + PDB
中）
。
更多的关于
Entrez
的信息见下。
如
果要检索大量数据，也可使用
Batch Entrez
（批量
Entrez
）
。
2
、
RefSeq
：
< br>NCBI
数据库的参考序列。校正的，非冗余集合，包括基因组
< br>DNA contigs
，
已知基因的
< br>mRNAs
和蛋白，在将来，整个的染色体。
Acces
sion
numbers
用
NT_x
xxxxx,
NM_xxxxxx, NP_xxxxxx,
和
NC_xxxxxx
的形式来表示。
3
、
dbEST
：表达序列标签数据库，短的、单次（测序）阅读
的
cDNA
序列。也包括来自
于差异显
示和
RACE
实验的
cDNA
序列。
4
、
dbGSS
：基因组调查序列的数据库，短的、单次（测序）
阅读的
cDNA
序列，
exon tr
ap
获得的序列，
cosmid/BAC/YAC
末端，及其他。
5
、
dbSTS
：序列标签位点的数据库，短的在基因组上可以被
唯一操作的序列，用于产生
作图位点。
6.
、
dbSNP
：单核苷酸多态性数据库，包括
< br>SNPs
，小范围的插入
/
缺失
，多态重复单元，
和微卫星变异。
2.
完整的基因组
：
1
、
参见下
面
Genome
和
Maps
部分，包括各种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，
疟原虫，细菌，
病毒，
viroids
，质粒。
2
、
发
UniGene
：
被整理成簇的
EST
和全长
mRNA
序列，每一
个代表一种特定已知的或
假设的人类基因，
有定位图和表达信息
以及同其它资源的交叉参考。
序列数据可以以
cluster<
/p>
形式在
Unigene
网页下载，完整的
数据可以从
FTP
站点
reposit
ory/UniGene
目录下下载。
1)
人类：
UniGene
2)
小鼠：
UniGene
3)
大鼠：
UniGene
4)
斑马鱼：
UniGene
3
、
BLAST
：将你的序列同核酸库中的的序列比较，检索相似
的序列。
（更详细的信息见
下面
Too
ls/Sequence
相似搜索部分）
[b]
蛋白序列
：
[/b]
1
、
Entrez
蛋白
：用
accession
numbe
r,
作者姓名，物种，基因
/
蛋白名字
，以及很多其它的
5
/
11
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