-
1
计
算
流
程
上面的
图应该是从
L301
说起的，即图中的“基组”，
L301
的作用是产生基组信息。（在这之前还有
L
1
：处理计算执行路径，
创建执行链接的列表，并初始化
scratch
文件；
L101
：读取标题和分子说明部分；
L103
：
berny
优化到最小值；
L202
：重新定位坐
标，计算对称性，检查变量）“基组”之后是“分子结构”即<
/p>
L401
，形成初始的分子轨道初猜。第一个框中有“分子轨道”
和“能
量”两项，我想这应该指的是
L502
< br>即迭代求解
SCF
方程。下面红线圈的框中则是迭代求解
的具体过程。每次迭代完毕都得到一个
能量。即（
SCF
Done: E(RHF) = - A.U. after xx
cycles
）
然后是
L103
判断力和位移是否满足收敛条件
。如果满足（即四个
yes
），则进行布居分析等，并完成计算
。如果不满足，则
继续调整分子结构（
L401
），再次进行迭代求解，反复这个过程，直到满足力和位移收敛条件为止。如果不是
HF
方法而是多体微
扰，
CI
等后
-scf
方法的话，在每次迭代（
L502
）完成后还要多一步相关能的计算，以
MP2
为例，迭代完成后多出
:L801(
双电子积
分变换的初始化
),L906(
半直接的
MP2)
和
L10
02(
迭代求解
CPHF
方程
)
等计算。
对于楼
主的图，我觉得力和位移判断为
NO
以后，箭头应该指向最头上
的“基组”，因为实际过程中，每次构型调整都会重新
定位坐标和产生基组信息。
常见问题分析
1
．
检查是否有初始文件错误
在命令行中加入
%kJob L301 or %kJob
L302
如果通过则一般初始文件
ok
。
常见初级错误：
a.
自旋多重度错误
; b.
变量赋值为整数
; c.
变量没有赋值或多重赋值
; d.
键
角小于等于
0
度，大于等于
180
度
e.
分子描述后面没有空行
;
f.
二面角判断错误，造成两个原子距离过近
;
g.
分子描述一行内两次参考同一原子
,
或参考原子共线
2
．
SCF(
自洽场
)
不收敛
则一般是
L502
错误
,
省却情况做
64
个
cycle
迭代
(G03
缺省
128 cycles)
a.
修改坐标，使之合理
;
b.
改变初始猜
Guess=Huckel
< br>或其他的，看
Guess
关键词
;
c.
增加叠代次数
SCFCYC=N
（对小分子作
1
计算时最好不要增加，很可能结构不合理）
; d. iop<
/p>
（
5/13=1
）这样忽略不收敛，继续
往下做。
3
．
分子对称性改变
a.
修改坐标，强制高对称性或放松对称性
;
b.
给出精确的、对称性确定的角度和二面角。
< br>如
CH4
的角度
给到
109.47122; c.
放松对称性判据
Symm=loose; d.
不做对称性检查
iop(
2/16=1),
最好加这个选项）
,iop(2/16=2)
则保持
新的对称性来计算
4
．
Opt
时收敛的问题
a.
修改坐标，使之合理
; b.
增加叠代次数
optcyc=N
5
．
优化过
渡态，若势能面太平缓，则不好找到。
iop(1/8=10)
默认
30
（下一个结构和该结构的差别
0.3?），可改成
10
。如果每
一
步都要用到小的步长，应该加
opt(notrustupdate)
6
．
在
CI
（组态）方法中
< br>如
QCISD(T),CCSD(T),CID
方法中，
省却最大循环
50
，若出错（
L913
错误）
,
解决方法：
< br>
#P QCISD(maxcyc=N)
注：
N
≤
512
7
．
优化过渡态
opt=TS
(
给出过渡态
);opt=qst2
(
给出反应物和产物
); opt=qst3
(
给出反应物和产物和过渡态
)
a.
用
G03
时的出错
opt=ts
必须加
FC (force
constant)
写法：
opt=(TS, calcFc)
or opt=(TS,calchffc)
计算
HF
力常数，对
QCISD
，
CCSD
等方法用；
or
opt=(TS,modRedundant)
(
最好写这个
)
b.
如果计算采用
QCISD
计算（不好计算
FC
）则写为
QCISD opt=(TS,
calcHFFC) (
用
HF
计算<
/p>
FC)
8.
无法写大的
Scratch
文件
RWF a.
劈裂
RWF
文件
%r
wf=loc1,size1,loc2,size2,
??
.
.,locN,-1
b.
改变计算方法
MP2=Direct
可以少占硬盘空间
c.
限制最大硬盘
maxdisk=N GB
，
****MB,
< br>有些系统写
2GB
会出错，可以写
2000MB
9.
FOPT
出错
原因是变量数与分子自由度数不相等。
可用
POPT
或直接用
OPT
10.
优化过渡态只能做一个
STEP
原因是负本征数目不对
添加
iop
（
1/11
）
=1
或者
noeigentest
一些容易忽略的地方
1
。低频率振动模式时，力常数很小，必须使用
opt
＝
tight
以确保适当的收敛和随后任务步骤中频率计算的可
靠度。我曾经算过一个
体系，第一个频率振动的力常数只有
10
～
20
，很不放心，加入
tight
后，优出来的结构却与前面大相径庭，而且还出现了一个虚频。<
/p>
2
。做
IRC
计算的时候，如果步长很小，必须要用
verytight
。就曾有人步长设为
1
，而不加
verytight
，算出来的反应路径是
v
字形倒
海鸥状的。
3
。使用
int
指定用于数值积分的
积分网格来用于消虚频的时候，必须注意，在比较能量的时候，对所有的计算要使用相同的积分网
格。低频振动模式就是力常数比较小，至于有多大算低频振动模式，我并不太清楚。
不过根据我的经验，
>50
的时
候不用加
tight
，
<20
的时候就要小心了。这也跟你的体系有关，我做的是易变的自由基体系，这方面要多留个心眼了。
不知你算的是什么分子？我
在优化构型经常遇到需消虚频
.
请指教
不过象我上次提出的有关中间体的
虚频问题，虚频是只有
10-20
啊，可是就是消不掉啊。不过
它是一个整体晃动的情况。我也是用
了
opt
< br>＝
tight
试过的
Gaussian
计算出错和对应的
解决方法
supi
指出：“
G98
的出错讯息都在用户手册中的‘
Gaus
sian 98
的链接’一节中就给出了，常见错误有：
1
。输入有误，这没话说了。一般都是
L1
，
L101
出错
2
。基组有误。特别是刚开始用自定义基组的，或者不知道
基组适合范围的，这是
L301
出错
3
。无法收敛、优化和频率计算出错，这就很多了，比如
L502
，
L716
，
L9999
。这就只好具体问题具体分析了。
也就是说，当计算非正常退出时，首先查看文件结束处的说明，比如类似的句
子：
Error termination via
Lnk1e in /para/soft/g03/ at Mon Mar 29 16:31:18
2004.
这说明是
L502
错误，
可以在
g98 help
中的
Link
s
，具体看看
L502
是干吗的，对错
误有个初步了解，再查找相应的关键字。
出错：我在用
OPT
的一个参数
STEPSIZE
的时候，从来没有成功过，不知道是为什么？
# UHF/6-31 OPT(Stepsize=30)
---------------------------
QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED
IN THE INPUT LINE.
# UHF/6-31
OPT(STEPSIZE=30)
2
Last
state=
TCursr= 9023 LCursr= 15
Error termination via Lnk1e in D:.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0
minutes 0.0 seconds.
File lengths
(MBytes): RWF= 6 Int= 0 D2E= 0 Chk= 5
Scr= 1
解决：
STEPSIZE=30
是
g98
的一个
b
ug
。可以用
iop(1/8=30)
来实现。
出错信息：输入：
B3LYP/gen( SDD for U and 6-311+G(3df)
for O )
opt
输出：
The
electronic state of the initial guess is 3-SGG.
of initial guess= 2.0000
Requested convergence on RMS density
matrix=1.00D-04 within 200 cycles.
Requested convergence on MAX density
matrix=1.00D-02.
Requested convergence
on
energy=1.00D-02.
No special
actions if energy rises.
Defaulting to
unpruned grid for atomic number
92.
Spurious integrated density or basis
function:
NE=
48 NElCor=
0
El error=2.25D-04 rel=4.68D-06 Tolerance=1.00D-03
Shell
25
absolute
error=1.91D-02
Tolerance=1.20D-02
Shell
12
signed
error=9.34D-05
Tolerance=1.00D-01
Inaccurate quadrature in CalDSu.
Error termination via Lnk1e in
/para/soft/g03/ at Mon Mar 29 16:31:18 2004.
Job cpu time:
0 days
0 hours
1 minutes
6.2 seconds.
File lengths
(MBytes):
RWF=
24 Int=
0 D2E=
0 Chk=
1 Scr=
1
解决：猜想是增加积分网格。
出错：
Problem
detected with inexpensive integrals.
Switching to full accuracy and
repeating last cycle.
Cycle 2 Pass 1
IDiag 1:
Warning! Spurious integrated
density:
NE= 188 NElCor= 0
Integral= -76.06821 Tolerance=1.00D-03
Consistency failure #2 in CalDSu.
Error termination via Lnk1e in
/home/gaussian/g98/.
Job cpu time: 1
days 3 hours 21 minutes 30.2 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 118 Int=
0 D2E= 0 Chk= 17 Scr= 1
解决：
(from ccl)
As
far as I know it's a dft-related error. Gaussian
checks the charge resulting from the integration
of the density
to the number of
electrons, and in case of a large difference
prints this error message. Try a denser grid with
the
我是对
Rh
，
P
，
Cl
用
lanl2dz+P
，
C
，
H, O
用<
/p>
6
－
31G**,
这是计算频率时出错的
(Enter
/home/mqx/g98/linda-exe/)
Minotr:
Closed-shell wavefunction.
3
Direct CPHF
calculation.
Solving linear
equations simultaneously.
Requested convergence is 1.0D-08 RMS, and 1.0D-07
maximum.
Secondary convergence
is 1.0D-12 RMS, and 1.0D-12 maximum.
Differentiating once with respect to electric
field.
with respect to
dipole field.
Differentiating
once with respect to nuclear coordinates.
NewPWx=T KeepS1=F KeepF1=F
KeepIn=F MapXYZ=F.
MDV=
26214400
Using IRadAn= 2.
Integrals replicated using symmetry in
FoFDir.
MinBra= 0 MaxBra= 3 Meth= 1.
IRaf= 0 NMat= 57 IRICut= 57
DoRegI=T DoRafI=T ISym2E= 2 JSym2E=2.
Raff turned off since only 62.75% of
shell-pairs survive.
Defaulting to
unpruned grid for atomic number 45.
Defaulting to unpruned grid for atomic
number 45.
There are 114
degrees of freedom in the 1st order CPHF.
114 vectors were produced by pass 0.
AX will form 57 AO Fock derivatives at
one time.
114 vectors were produced by
pass 1.
114 vectors were produced by
pass 2.
111 vectors were produced by
pass 3.
111 vectors were produced by
pass 4.
94 vectors were produced by
pass 5.
Tuple checksum error for
IPart= 1 tuple: Prism -- DenA L= 12973128 Ck=
89DC7555 CkI= 89DC75DF.
Error
termination in TplChk.
Error
termination via Lnk1e.
我现在明白我上面贴的
Gaussian
的问题是由
linda
引起的，我在不使用
linda
时不会错，还有我
将
linda
重新装一下也可以算。
END TIME: Fri Mar 26 20:49:43 EST 2004
大家帮忙看看这个错误信息应该怎么修改！！输入文件为：
%chk=ta
%mem=200mb
# rb3lyp/gen
opt=(ts,calcfc,noeigentest) freq scf=(maxcyc=500)
pseudo=read
dd
0 1
W
-0.1010.233-0.265
C
-0.3910.1311.601
C
1.7330.283-0.672
C
-1.5091.491-1.251
C
-0.657-1.786-0.652
H-0.019-0.3852.347
4
H-0.6840.6602.148
H2.569-0.0900.215
H2.1430.730-1.590
H
-1.2352.548-0.937
H-2.5781.265-1.309
H-1.4111.403-2.116
H
-0.250-1.849-1.692
H
-1.640-2.053-0.851
H
-0.001-2.534-0.193
O-2.822-0.4480.330
O-2.527-0.2721.427
C H O 0
6-31+G(d)
****
W
0
lanl2dz
****
W
0
lanl2dz
错误信息为：
Bad length for file.
FileIO:
IOper= 1 IFilNo(1)= -582 Len= 0 IPos=
0 Q= 66388072
dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =
28 SizExt = 524288 WInBlk = 512
defal = T LstWrd =
1581568 FType=2 FMxFil=10000
Number
0 501 502 503 511
512 551 552
Base
1057792 143360 149504 201216
259584 376320 374784 373760
End 1581568 144360
171554 201328 272305 1056320 374809
373776
End1 1581568 144384
172032 201728 272384 1056768 375296
374272
Wr Pntr 375808 143360
169504 201216 259584 1056320 374784
373760
Rd Pntr 375808 143407
169754 201216 259584 376320 374809
373760
Number 559 562
575 579 583 598 665
670
Base 1056768 272384
201728 374272 1057280 172032 199168
375808
End 1056769 373741
259348 374281 1057289 172034 200206
375810
End1 1057280 373760
259584 374784 1057792 172544 200704
376320
Wr Pntr 1056769 272384
201728 374272 1057289 172032 199168
375810
Rd Pntr 1056768 373741
201728 374272 1057280 172032 199168
375808
Number 674 698
989 991 992 993 994
995
Base 200704 375296
144384 147456 146944 142848 20480
142336
5
End
200778 375347 146884 149097 146949
142948 20510 142346
End1
201216 375808 146944 149504 147456
143360 20992 142848
Wr Pntr
200704 375296 144384 147456 146944
142848 20480 142336
Rd Pntr
200704 375296 144384 149097 146949
142948 20510 142346
Number
996 997 998 999
Base 21504 22016
20992 172544
End 21554
142020 21042 198796
End1
22016 142336 21504 199168
Wr Pntr 21504 22016
20992 172544
Rd Pntr 21554
142020 21042 172545
dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =
1 SizExt = 0 WInBlk = 512
defal = F LstWrd =
66048 FType=2 FMxFil=10000
Number
0
Base 20480
End
66048
End1 66048
Wr
Pntr 20480
Rd Pntr 20480
dumping /fiocom/, unit = 3
NFiles = 1 SizExt = 524288 WInBlk =
512
defal = T LstWrd
= 66048 FType=2 FMxFil=10000
Number 0
Base
20480
End 66048
End1 66048
Wr Pntr
20480
Rd Pntr 20480
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
楼上这个我试过可以算的啊。你仔细检查一下。前两步的收敛能量为：
SCF Done:
E(RB+HF-LYP) =
-376.201721187
A.U. after
26 cycles
SCF Done:
E(RB+HF-LYP) =
-376.313640949
A.U. after
19
cycles
出错信息：
**** Warning!!: The largest alpha MO
coefficient is 0.11885488D+02
****
Fatal Problem: The smallest alpha delta epsilon is
-0.20400891D-01
6
Error termination via Lnk1e in
/para/soft/g03/
怎么解决？
输入文件如下：
%chk=1
#BLYP/6-311+G* TD=(singlets) test
SCF=(QC) geom=check guess=read
TDDFT
excited states
0 1
注：单点计算可以。
求助：我用
G98W
计算下面这个任务
%chk=1_13_opt
#T
B3LYP/6-31G* Opt Freq
CORE_01_13
GENERATED BY SYBYL
(TRIPOS, INC.) 11-JUN-03
-1 1
优化正常结束，但是频率计算到
7
、
8
个小时后出错。
.out
文件末尾显示：
Integrals replicated using symmetry in
FoFDir.
MinBra= 0 MaxBra= 2 Meth= 1.
IRaf= 0 NMat= 27 IRICut= 27
DoRegI=T DoRafI=T ISym2E= 2 JSym2E=2.
Raff turned off since only 58.50% of
shell-pairs survive.
Not enough memory
in AlgDDF.
Error termination via Lnk1e
in d:.
Job cpu time: 0 days 7 hours
25 minutes 55.0 seconds.
File lengths
(MBytes): RWF= 642 Int= 0 D2E= 0 Chk= 13
Scr= 1
好像是说内存不够，但是我是
512M
的微机。而在
中设定的是
-M- 32MW
（
25
6M
）
-#-
MaxDisk=10GB
没有理由内存不够啊？而且我关掉微机上一些没用的任务再
从新算了一遍频率计算
%chk=1_13_opt
#T B3LYP/6-31G* Geom=checkpoint
Guess=Read Freq
1_13_opt_freq
-1 1
但是结果还是
如此。另外我先前一个很类似的任务
(
就是起始构象不同而已）
一点问题都没有
.
各位帮帮忙啊！每试一次就是
7
、
8
个小时，痛苦啊！<
/p>
7
to
斑竹：是这样的，我不是每次都去重新优化，我的目的是寻找一个化合物的最低能量构象
，我采用的方法是先用模拟退火，从
其结果中挑选出几个代表性的构象来做从头计算。我
遇到的问题是：用这个起始构象进行从头计算是没问题的，但是换另一个起始
构象就不行
了。上面我贴的那个问题经过我将内存设定从
256M
改为
192M
后频率计算正常结束了。可是我又遇到新问题了，就是我<
/p>
寻找一个原来那个分子的类似物
(
其中的
一个
Br
原子换为
H)
的最低能量构象，我就是将原来的最低能量构象中的原子改变了一下，
然后用同
样的基组进行优化和频率计算，结果又出现了优化正常结束而频率计算出错的情况。请指教！
输入文件是：
%chk=2_11_opt
#T
B3LYP/6-31G* Opt Freq
CORE_01_11
GENERATED BY SYBYL
(TRIPOS, INC.) 11-JUN-03
-1 1
C
H,1,R2
C,1,R3,2,A3
H,3,R4,1,A4,2,D4,0
C,3,R5,1,A5,4,D5,0
H,5,R6,3,A6,1,D6,0
C,5,R7,3,A7,6,D7,0
H,7,R8,5,A8,3,D8,0
C,7,R9,5,A9,8,D9,0
C,9,R10,7,A10,5,D10,0
H,10,R11,9,A11,7,D11,0
C,10,R12,9,A12,11,D12,0
S,12,R13,10,A13,9,D13,0
C,13,R14,12,A14,10,D14,0
S,14,R15,13,A15,12,D15,0
N,14,R16,13,A16,15,D16,0
C,16,R17,14,A17,13,D17,0
H,17,R18,16,A18,14,D18,0
C,17,R19,16,A19,18,D19,0
O,19,R20,17,A20,16,D20,0
O,19,R21,17,A21,20,D21,0
C,17,R22,16,A22,18,D22,0
H,22,R23,17,A23,16,D23,0
C,22,R24,17,A24,23,D24,0
H,24,R25,22,A25,17,D25,0
H,24,R26,22,A26,25,D26,0
H,24,R27,22,A27,25,D27,0
C,22,R28,17,A28,23,D28,0
H,28,R29,22,A29,17,D29,0
H,28,R30,22,A30,29,D30,0
8
H,28,R31,22,A31,29,D31,0
C,12,R32,10,A32,13,D32,0
O,32,R33,12,A33,10,D33,0
C,1,R34,2,A34,3,D34,0
H,34,R35,1,A35,2,D35,0
Variables:
R2=1.08454414
R3=1.39451282
R4=1.08314034
R5=1.39303482
R6=1.08540914
R7=1.39207076
R8=1.08431361
R9=1.41020601
R10=1.45561293
R11=1.08894261
R12=1.3527254
R13=1.74908062
R14=1.79870759
R15=1.64691864
R16=1.36439804
R17=1.44970273
R18=1.09403565
R19=1.61613985
R20=1.24865087
R21=1.24710264
R22=1.54617399
R23=1.09447522
R24=1.53784882
R25=1.09127907
R26=1.10084104
R27=1.09970451
R28=1.53699382
R29=1.09507762
R30=1.09850489
R31=1.09869422
R32=1.49714161
R33=1.21910459
R34=1.39054845
R35=1.08650909
A3=120.36597106
A4=119.48763673
A5=120.91991243
A6=120.15907708
9
A7=119.52188933
A8=118.18046386
A9=121.39140321
A10=124.89156349
A11=115.64738515
A12=131.1309696
A13=131.46728363
A14=92.37846683
A15=119.19515008
A16=110.67807918
A17=123.48542348
A18=102.5135449
A19=107.62711574
A20=114.18330412
A21=114.06391476
A22=114.80296344
A23=108.29174623
A24=108.97793046
A25=109.08438001
A26=110.79887044
A27=110.48736041
A28=112.96292153
A29=112.15602527
A30=110.26514222
A31=111.13089183
A32=119.33073138
A33=123.94619694
A34=120.70276229
A35=119.14364236
D4=-0.03300499
D5=179.95105923
D6=-179.75210073
D7=179.90442931
D8=-179.75431971
D9=179.73252039
D10=179.85792138
D11=179.02716681
D12=-179.84286727
D13=-0.47579873
D14=-179.72771874
D15=178.92819834
D16=-177.40113691
D17=-163.05968968
D18=173.79817237
10
D19=-111.54855725
D20=-163.81739212
D21=-177.01784202
D22=116.24854025
D23=84.73759842
D24=117.02628819
D25=-54.44419854
D26=120.14740904
D27=-120.73901029
D28=-120.36008831
D29=64.32343577
D30=119.79274556
D31=-121.08069298
D32=-179.41915959
D33=0.20082332
D34=-179.92188311
D35=-0.19458212
优化正常结束，频率计算时出错
.
.out
文件末尾显示：
Error #1 in AlGdDF.
Error
termination via Lnk1e in d:.
Job cpu
time: 0 days 2 hours 34 minutes 4.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 129 Int=
0 D2E= 0 Chk= 13 Scr= 1
1
。上面我贴的那个问题经过我将内存设定从
256M
改为
192M
后频率计算正常结束了。为什么你会想到把内存
变小？
2
。你试试不设定内存看看。
我觉得你的分子较大，算频率需要内存应该很多，所以不如不设。
输入文件：
%chk=t_d
%mem=250mb
# rb3lyp/gen
opt=(calcfc,ts,noeigentest) freq scf=maxcyc=500
pseudo=read
C60O C2v
Epoxide PM3 Optimization
0,1
74
0 0.248370 0.014156 0.033227
6 0
0.403673 -0.936350 1.733392
6 0 2.200917 0.171752
-0.336405
6 0
-0.270860 2.061381 -0.203209
6 0 -0.180546 -1.298567
-1.594701
1 0
0.913675 -1.906338 1.762663
1 0 -0.056469 -0.642812
2.681098
1 0
2.947154 -0.605352 -0.128354
1 0 2.704061 1.060569
-0.742512
11
1 0 -0.333335 2.571891
0.768423
1 0
-1.257830 2.123101 -0.686918
1 0 0.480105 2.561522
-0.830148
1 0
0.004133 -0.784037 -2.549068
1 0 -1.248033 -1.562489
-1.535515
1 0
0.435959 -2.206120 -1.587137
8 0 -2.716252 -0.092883
-0.267346
8 0
-1.769735 -0.112964 0.616623
C H
O 0
6-31+G(d)
****
W 0
sddall
****
W 0
sddall
--Link1--
%NoSave
%Chk=t_d
%mem=250mb
#T b3lyp/gen irc=(rcfc,stepsize=20)
geom=check guess=read pseudo=read
C60O Cs Open Isomer PM3 Optimization
0,1
C H O 0
6-31+G(d,p]
****
W 0
sddall
****
W 0
sddall
错误信息：过
渡态已经找到，在计算
IRC
中，
Rotational constants (GHZ):
2.3655799 1.4105816 1.3561379
Isotopes: W-184,C-12,C-12,C-12,C-12,H-1
,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,O-16,O-16
QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED
IN THE INPUT LINE.
6-31+G(d,p]
12
Last
state=
TCursr= 1032 LCursr= 10
Error reading general basis
specification.
Error termination via
Lnk1e in F:.
Job cpu time: 0 days 0
hours 0 minutes 4.0 seconds.
File
lengths (MBytes): RWF= 16 Int= 0 D2E= 0
Chk= 12 Scr= 1
请帮忙！！
基组错误：
6-31+G(d,p]
，改成
6-31+G(d,p)
个人感觉，做计算还是
linux
下比较好。
windows
下的计算我只做小的
test
，所以没有大体系的经
验。不过看别人的帖子，好像主要
是内存和硬盘文件分割的问题，你要是能试出解决办法
就好了，这样也为大家总结了经验。
输入文件为：
%chk=qwq
%mem=200mb
# b3lyp/sto-3g
opt scf(maxcyc=200)
calculate
0 2
Cu 0-0.6710.9510.000
O
-1-0.6712.7810.000
O
-1-0.671-1.0090.000
O
-1-0.6711.1391.951
O
-1-0.6710.763-1.951
C 01.2690.9510.000
C 02.039-0.3810.064
C
01.269-1.7130.128
H 01.2691.0021.069
H 01.8041.876-0.044
H
01.2690.899-1.069
H 02.671-0.3400.926
H 02.671-0.423-0.798
H
02.302-1.9900.141
H 00.270-2.0970.146
H 01.325-2.7810.179
O
-1-2.6710.9510.000
输出文件为：
Standard orientation:
---------------------------------------
------------------------------
Center
Atomic Atomic Coordinates
(Angstroms)
Number Number Type
X Y Z
-------------
--------------------------------------------------
------
1 29 0
0.589550 -0.004850 0.014248
2
8 0 1.785028 1.345274
0.325533
3 8 0
-0.690853 -1.450884 -0.319149
4
8 0 0.702649 0.580333
-1.852973
13
5 8 0 0.476451
-0.590033 1.881469
6 6
0 -0.879246 1.227196 0.311403
7 6 0
-2.332692 0.748137 0.140471
8
6 0 -2.620186 -0.708937
-0.266347
9 1 0
-0.851253 1.509461 -0.720539
10
1 0 -0.679810 2.239331
0.593525
11 1 0
-0.907893 0.944194 1.343175
12
1 0 -2.788695 1.377020
-0.594863
13 1 0
-2.834331 0.921252 1.069246
14
1 0 -3.583302 -0.254293
-0.167892
15 1 0
-2.114776 -1.622563 -0.502207
16
1 0 -3.360528 -1.449643
-0.489082
17 8 0
2.103773 -1.275000 -0.292097
------
--------------------------------------------------
-------------
Rotational constants
(GHZ): 1.8760398 1.0372847
0.9889064
Isotopes: Cu-63,O-16,O-16,O-1
6,O-16,C-12,C-12,C-12,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,H-1,
H
-1,O-16
Standard basis:
STO-3G (5D, 7F)
There are 66
symmetry adapted basis functions of A symmetry.
Crude estimate of integral set
expansion from redundant integrals=1.000.
Integral buffers will be 262144
words long.
Raffenetti 2 integral
format.
Two-electron integral symmetry
is turned on.
66 basis functions
201 primitive gaussians
48 alpha
electrons 47 beta electrons
nuclear repulsion energy 822.6634918295
Hartrees.
One-electron integrals
computed using PRISM.
NBasis= 66
RedAO= T NBF= 66
NBsUse= 66
1.00D-04 NBFU= 66
Projected Huckel
Guess.
of initial guess= 0.7500
Requested convergence on RMS density
matrix=1.00D-08 within 200 cycles.
Requested convergence on MAX density
matrix=1.00D-06.
Virtual orbitals will
be shifted by 0.200 hartree.
Keep R1
and R2 integrals in memory in canonical form,
NReq= 5677382.
Restarting
incremental Fock formation.
Restarting
incremental Fock formation.
Restarting
incremental Fock formation.
Restarting
incremental Fock formation.
Restarting
incremental Fock formation.
Restarting
incremental Fock formation.
Restarting
incremental Fock formation.
Restarting
incremental Fock formation.
Restarting
incremental Fock formation.
14
Restarting incremental
Fock formation.
>>>>>>>>>> Convergence
criterion not met.
SCF Done: E(UB+HF-
LYP) = -2003.48215555 A.U. after 201 cycles
Convg = 0.1927D+00
-V/T = 1.9356
S**2 =
0.7500
Annihilation of the first spin
contaminant:
S**2 before annihilation
0.7500, after 0.7500
Convergence
failure -- run terminated.
Error
termination via Lnk1e in F:.
Job cpu
time: 0 days 0 hours 25 minutes 31.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 6 Int=
0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
请问是拿出错了？是不是初始构行不好？
有时自旋多重度的设定也会影响收
敛，你是不是换换多重度的数值试试
输入文件为：
%chk=qwq
%mem=200mb
# b3lyp/sto-3g
opt scf(maxcyc=200)
...
先试试
scf=qc
看看
我
< br>认为你可以尝试把
SCF
的收敛标准降低，比如
5
，然后在此结果的基础上，恢复
SCF
的默认收敛标准，继续计算。
下面引用由
zjx1103
在
2004/04/27 09:48am
发表的内容：
输入文件为：
%chk=qwq
%mem=200mb
# b3lyp/sto-3g
opt scf(maxcyc=200)
...
对
Cu
用<
/p>
sto
－
3g
？
可行吗？可信吗？
下面引用由
helpme
在
2004/05/08
09:01am
发表的内容：
<
/p>
先试试
scf=qc
看看
初始构型太差的缘故，建议调整构型。
我的输入
%chk=al
#hf/6-31++g(3df)
opt=(qst3,bimolecular) Guess=Alter freq test
输出
Rotational
constants (GHZ):
1.5082594
0.6204235
0.5203045
我的输入应该怎样改阿？还望各位高手们不吝赐教
GAUSSIAN
输出文件中出错信
息大汇集
G98
的出错讯息都在用户
手册中的‘
Gaussian 98
的链接’一节中就给出了，
以前版面上也曾有人贴出来过，你仔细看看。
计算千差万别，
出错的原因也各有不同，一时是总结不了的。但大部分都是：
1
。输入有误，这没话说了。一般都是
L1
，
L101
出错
2
。基组有误。特别是刚开始用自定义基组的，或者不知道基组适合范围的，这
是
L301
出错
15
3
。
无法收敛、优化和频率计算出错，这就很多了，比如
L502
，
L716
，
L9999
。这就只好具体问题具体分析了。
R
ange of M.O.s used for
correlation: 20 167
NBasis= 167
NAE= 57 NBE= 57 NFC= 19 NFV= 0
NROrb= 148 NOA= 38 NOB= 38
NVA= 110 NVB= 110
Semi-Direct
transformation.
ModeAB= 4
MOrb= 38 LenV= 38809382
LASXX= 49931981 LTotXX= 49931981
LenRXX= 101093547
LTotAB= 51161566
MaxLAS= 65294640 LenRXY= 0
NonZer= 151025528 LenScr= 265347674
LnRSAI= 65294640
LnScr1= 136751342
MaxDsk= -1 Total= 568487203
SrtSym= T ITran= 4
File extend in NtrExt1 failed; probably
out of disk space.
*************************
呵呵，老大，
LINK
DIE
容易找
但是，比如我上面的出错信息是什么意思啊？
硬盘空间不够了，哥们。
不过你说的对，像
NtrExt1
之类的，我的
确看不懂：（
我在用
OPT
的一个参数
STEPSIZE
的时候，从来没有成功过，不知道是为什么？
#
UHF/6-31 OPT(Stepsize=30)
---------------------------
QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT
LINE.
# UHF/6-31 OPT(STEPSIZE=30)
'
Last state=
TCursr= 9023
LCursr=
15
Error
termination via Lnk1e in D:.
Job cpu
time:
0 days
0 hours
0 minutes
0.0 seconds.
File lengths (MBytes):
RWF=
6 Int=
0 D2E=
0 Chk=
5 Scr=
1
这个贴子最后由
helpme<
/p>
在
2004/03/29
04:58pm
第
1
次编辑
]
我试了一下，
OPT(STEPSIZE=30)
确实不可以用。
（网上有人说过）可
以用
IOp(1/8)
来实现。默认的
IOP(1/8=30)
IOp(1/8)
L103, L109, L112:
MAXIMUM STEP SIZE ALLOWED DURING
OPT.
0 DXMAXT = 0.1 BOHR OR RADIAN (L103,
Estm or UnitFC).
= 0.3 Bohr or
Radian (L103, Read or CalcFC).
= 0.2 Bohr or Radian (L105).
= 0.3 Bohr or Radian (L113, L114).
N DXMAXT = 0.01 * N
Davidson Disk Diagonalization:
ConvIn= 1.00D-03 SkipCon=T Conv=
1.00D-03.
Max sub-space:
200 roots to seek:
100 dimension of matrix: ******
Iteration
1 Dimension
100
NMult
100
PrmDim-Cnvrt allocation failure:
iend,mxcore= 249095914 104856200
16
Error
termination via Lnk1e in /usr/local/g03/ at Fri
Feb 27 12:07:12 2004.
这个错误提示
是什么意思，我是在
SGI
工作站上算的，应该没有硬盘问题，
我给的内存是
1G
，
NBasis
是：
1600
。哪位大侠能说一
下，我用的是
zindo
来算的。
半经验的方法不一定是内存越大越好
2
，你用
ZINDO
算什
么体系啊，很大吗？我也在用，是用来
SCAN PES
的，
没有任何经验，如果您有什么感想，我们分享吧，呵呵
O
ptimization stopped.
-- Wrong number of Negative
eigenvalues: Desired= 1 Actual= 0
-- Flag reset to prevent archiving.
负本
征值数目不对，我做过渡态优化时也常遇到。我加上了
noeigen
< br>，就解决了这个问题，结果也还可以。可
是不知道根据是什么，请各位大虾指点<
/p>
Gaussian98
高级注释
G
aussian98
高级注释
Mark A.
Zottola
，
David C.
Young
（阿拉巴马超级计算中心）
******************
目录
******************
计算电子激发态
;
收敛问题的调整
;
自旋污染
;
使用赝势
;
耦合簇
; Gaussian
和
CBS
理论
;
精度
和
CPU
时间比较
;
练习
计算电子激发态
有很多方法可以计算
电子激发态，
其中有些就在
Gaussian
< br>中，
虽然它并不是完成这项任务最好的程序。
它们在精<
/p>
度、易用性和计算资源需求方面各不相同。全部考虑，有下面这些：
1.
通过改变多重度，计算不同于基态自旋的第一激发态。
2. CIS
计算，使用
C
IS
关键字。不用选择，自动包含
Density
关键字，所以布居数分析将反映激发态。对于闭壳层基态，你
可以定义计算单
重激发态还是三重激发态或是都计算
(CIS=Singlets,
CIS=Triplets, CIS=50-50)
。使用
C
IS=(Root=N)
定义哪一
个激发态用于几何优化，其中
N
为
1
是第
一激发态。
3.
对角
区域哈密顿量允许定义每个对称性有多少电子态。但不能用于
Gaussian
。
4.
关键字
ZINDO
定义了
ZINDO
-1
半经验方法。它的选项和上面
CIS
列出的相同。在
Gaussian
98
中，
ZINDO
不能用于几何优
化
。
5.
多重行列式计
算中更高的根。在
Gaussian
中用于
CASSCF
，使用关键字
CASSCF(NRoot=N
)
。
Opt=Conical
与
CASSCF
结合，
寻找避免交叉或圆锥交叉
点。关键字
StateAverage
可以给出更精确的激发能
。关键字
Spin
在计算中包含两个态之间近似的自旋
-
轨道耦合。
6.
含时计算考虑两个态间的谐振，因而给出了得到激发态信息的方法。关键字
TD
使用和上面
CIS
相
同的选项。它可以用于
HF
和
DFT<
/p>
计算。
7.
选择初始猜测。使用
SCF=NoDIIS
选项。
17
在
Gaussian
中，激发态优化不
再利用冗余内坐标。因此，激发态优化对
Z-
矩阵结构非常敏感
。
研究分子激发态的计算通常要多步处理，分别为
1.
寻找存在哪些激发态，以及要研究哪些。
2.
几何优化，如果需要的话。
3.
进行频率计算，以校验结构。
4.
特性的计算。
参见：
J.
B.
Foresman,
?.
Frisch,
Chemistry
with
Electronic
Structure
Methods
Second
Edition
Gaussian,
Pittsburgh
(1996).
Adv. Chem. Phys. J. W. McGowan, Ed.
vol. 45 (1981).
S. D. Peyerimhoff, R.
J. Buenker, Adv. Quantum Chem. 9, 69 (1975).
收敛问题的调整
< br>如果
SCF
计算收敛失败，你首先会采取哪些技巧呢？这
里是我们强烈推荐的首选方法。
1.
在
Guess
关键字中使用
Core
，
Huckel
或
Mix
选项，试验不同的初始猜测。
2.
对开壳层体系，
尝试
收敛到同一分子的闭壳层离子，
接下来用作开壳层计算的初始猜测。
添加电子可以给出更合理的虚轨
道，但是作为普遍的经验规则，阳离子比阴离子更容
易收敛。选项
Guess=Read
定义初始猜测从
Gaussian
计算生成的
checkpoin
t
文件中读取。
3.
另一个初始猜测方法是首先用小基组进行计算，由前一个波函得到用于大基组计算的初始
猜测
(Guess=Read
自动进行
)
。
4.
尝试能级移动
(SCF=Vshift)
。
5.
如果接近
SCF
但未达到，
收敛标准就会放松或者忽略收敛标
准。
这通常用于不是在初始猜测而是在平衡结构收敛的几何优
化
。
SCF=Sleazy
放松收敛标准，
Conver
选项给出更多的控制。
6.
一些程序通过减小积分精度加速
SCF
。对于使用弥散函数，长程作用或者低能量激发态的体系，必须使用高
积分精度：
SCF=NoVarAcc
。
7.
尝试改变结构。首先略微减小键长，接
下来略微增加键长，接下来再对结构作一点改变。
8.
考虑使用不同的基组。
9.
考虑使用不同理论级别的计算。
这并不总是实用的，
但除此之外，
增加迭代数量总是使得计算时间和使用更高理论级别差
18
不多。
10.
关闭
DIIS
外推
(SCF=NoDIIS)
。同时进行更多的迭
代
( SCF=(MaxCycle=N)
)
。
11.
< br>更多的
SCF
迭代
( SCF(
MaxCycle=N)
，其中
N
是迭
代数
)
。这很少有帮助，但值得一试。
12.
使用强制的收敛方法。
SC
F=QC
通常最佳，但在极少数情况下
SCF=DM
更快。不要忘记给计算额外增加一千个左右的迭代。应
当测试这个方法获
得的波函，保证它最小，并且正好不是稳定点
(
使用
Stable
关键字
)
。
13.
试着改用
DIIS
之外其它方法
(SCF=SD
或
SCF=SSD)
。
自旋污染
自旋污染是在非限制从头
计算中的误差，
通常在总能量中轻微出现。
这是由于基态波函和
更高能态发生混合。
高的自旋
污染会影响结构和布居数分析，并
极大地影响自旋密度。它还会影响收敛，特别是
MPn
任务。<
/p>
可以通过比较总自旋
S
的预期值和
计算值验证自旋污染。
S
< br>应当等于
s(s+1)
。对于有机分子，偏差不超过正确
值
10%
的计算通常是可接受的。
未成对电子数
s
预期
S
值
0
0
0
1
0.5
0.75
2
1.0
2.00
3
1.5
3.75
4
2.0
6.00
5
2.5
8.75
自旋污染经常在非限制
Hartree-Fock
(UHF)
计算以及非限制
M?ller
-Plesset
(UMP2,
UMP3,
UMP4)
计算中遇到。而在
DFT<
/p>
，
CI
或
CC
计算中几乎见不到任何显著的自旋污染。在包含金属原子的体系中和在过渡结构中，出现
高自旋污染是很平常的。非限制计算
19
< br>经常与自旋猝灭步骤结合，它能从某些点计算的波函中删除相当比例的自旋污染。这使得自旋污染最小，但 不能彻底防止。在
Gaussian
中，选项
< br>
通知程序使用猝灭波函产生布居数分析。
可以进行自旋限制开壳层计算
(ROHF,
< br>ROMP2)
。它的优
势是没有自旋污染。缺点是需要额
外的
CPU
时间，用于正确控制单占据轨道和双占据轨道以及它
们的相互作用。
这个数学方法的
结果
是，
ROHF
计算给出很好的总能量和波函，但是单占据轨道能
量不严格服从
Koopman
理论。前缀
RO
可以用在
HF
，所有的
DFT
方法，
AM1
，
MINDO3
，
MNDO
，
和
MP2
波函中。
ROMP2
方法尚不支持分析梯度。
另一个方法是运行非限制计算，
在获得波函
(
即
Gaussian
输出文件中打印
的
PUHF
和
PMP2
值
)
之后，接着投影除去自旋污染。这给出的是对能
量而不是对波函的修正。自旋投影结果不会给
出使用限制开壳层计算得到的能量。这是因
为优化的非限制轨道描述污染态而不是自旋投影态。
半经验程
序经常对原子团计算使
用半电子方法。半电子方法是一种数学技巧，用于处理
RHF
计算中的单占据轨道。这个结果依靠近似波函和轨道能量，与总能量
一
致。由于使用了单重行列式计算，所以没有自旋污染。总能量的一致使得它可以对单重
态用
RHF
，对三重态用半电子计算单重
-
三
重裂距。半电子计算不服从
Ko
opman
定理。同样，也不能得到自旋密度。而
Mullik
en
布居数分析通常还算是合理的。
如果自选污
染小，
对自旋猝灭波函和自旋投影能量更适宜使用非
限制方法。
不要对
DFT
使用自旋投影
。
其中自旋污染的总和对使用限制开壳层
方法更加重要。
参见：
J. Baker, A. Scheiner, J. Andzelm,
Chem. Phys. Lett. 216, 380 (1993).
M.
W. Wong, L. Radom, J. Phys. Chem. 99, 8582 (1995).
H. B. Schlegel,
使用赝势
从头计算不能仅仅忽略
核电子，
但它们可以被哈密顿量中的势能项代替。
这称为核势，
有效核势
(ECP)
或相对论有效核<
/p>
势
(RECP)
。
核势必须连同相应的价电子基组一起使用。
这不仅减少了计算时间，
< br>核势还可以包含相对论质量亏损和对重原子近核区
非常重要的自旋耦合项的影响。
这对
Rb
和更高的重元素是首选。
有些使用赝势的计算结果不同于全电子计算的结果，
输出的总能
量是价电子能量。这个能量的大小依赖于核势模拟多少个电子壳层
，其中电子明确描述为价电子和价电子
-1
壳层，计算一般更准
确。同样，维里定理的检查是没有意义的。
Gaussian
中的
ECP<
/p>
基组有
CEP-4G
，
< br>CEP-31G
，
CEP-121G
，
LanL2MB
，
LanL2D
Z
，
LP-31G
，
< br>SDD
。关键字
Pseudo
用
于输入程序之外
的
ECP
基。
参见
M.
Krauss, W. J. Stevens, Annu. Rev. Phys. Chem. 35,
357 (1984).
K. Balasubramanian,
基于网络获得基组
:2080/forms/
/pseudopotentiale/
耦合簇
耦合簇计算类似于组态
相关计算，波函是多个行列式的线性组合。然而，耦合簇计算选择行列式的方法比
CI<
/p>
选择行列
式的方法更加复杂。进行耦合簇计算的优点在于它是大尺
寸方法。耦合簇的结果经常比同等尺寸的组态相关计算结果更准确一些。
执行耦合簇计算
可以使用关键字
CCD
，
CCSD
，和
CCSD(T)
来选择方法的类型。<
/p>
二次
CI
方法也是一种耦合簇计算类型
(QCISD
，
QCISD(T)
，
QCISD(TQ)
)
。
Brueckner Doubles
(BD)
也类似。
Gaussia
n
和
CBS
理论
Gaussian 1
(G1)
和
Gaussian 2 (G2, G2MP2)<
/p>
方法是类型独特的计算。这些方法是通过观察某些从头方法
系统误
差的趋势产生的，用于预测有机份子基态的能量。它建立修正方程，使用了从几个不同的从头计算得到的能量，用
来外推非
20
常高精度的结果。<
/p>
外推的所有计算都是从头计算方法。
然而外推方程本身却是一套测
试分子结果产生的尽可能精确的参数化经验方
程。因此，这些方法具有和半经验方法相同
的优点和缺点。对于类似的有机分子基态参数化体系，精度相当高。而对其它体系，例
如
过渡结构，团簇或
CFC
，这些方法的精度比一些计算较不精密
的从头算法结果还要差。
Gaussian-3
方法现
在已经公布。在
Gaussian
程序中还没有使用它的自动方
法，但可以用它做所有单独计算，接下来手动进行数学修正。
Gaussian-3
的说明见
L.A.
Curtiss,
K. Raghavachari, P.C. Redfern, ov, J. A. Pople, J.
Chem. Phys. 109, 7764
(1998)
。
类似于
Gaussian
理论的是完全基组方法<
/p>
(CBS)
。
这也是由几个计算和外推方
程组成。
不像
Gaussian
理论的
半经验方法，
这些方
法使用的基组来源于当基组尺寸增加，
得到的能量就逐渐接近精确能量这样的数学关系。
使用不同基组进行
几个计算，
接下来把结
果插入所服从的外推方程。
Gaussian 98
可用的
CBS
方法有
CBS-4
，
CBS
-Lq
，
CBS-Q
，
CBS-QB3
，
CBS-APNO
< br>。这些关键字用来代替方
法和基组。
精度和
CPU
时间比较
执行方法的列表可以从下面找到：
M. Head-Gordon, J. Phys. Chem. 100,
13213 (1996).
J. B. Foresman, ?.
Frisch,
gh (1996).
W. J.
Hehre,
W. J. Hehre, L. Radom, P. v.R.
Schleyer, J. A. Pople,
(1986).
T. Clark,
J. G. Csizmadia,
R. Daudel,
Journal of Molecular Stru
cture
杂志每年有一期包含一张表格，涉及上一年发表的所有理论计算。类似的信息
还有：
·
–
Bibliography of Ab Initio
Calculations for 1978-1980
K. Morokuma,
Eds., Elsevier, Amsterdam (1982).
·
/
·
:2080/proj/crdb/
理论著作的评论有：
·
Reviews in
Computational Chemistry
·
Annual Review of Physical Chemistry
·
Advances in
Quantum Chemistry
21
·
Advances in
Chemical Physics
理论著作评论有时也可以在
Chemical
Reviews
和
Chemical Society
Reviews
找到。
练习
找到
G
aussian
实例文件
G
aussian
带有一套测试任务。它们也可以作为输入的例子。
Windows
版：
测试任务目录列表
G98Wtestsgjf
测试输入文件目录
Unix/Linux
版：
/g98/tests/
测试任务目录列表
/g98/tests/com
测试输入文件目录
/usr/local/apps/g98/tests/cray1
测试输出文件目录
手动输入基组
关键字
gen
用于代替基组说明，
允许用户手动输入基
组或对不同原子使用不同的基组。
基组说明必须包含在几何
结构
说明之后的输入文件中。手动输入说明的格式为：
center1 center2 ... 0
basis
set
*****
center1 center2
... 0
basis set
*****
其中
center
是元素缩写，
例如
C
表示基
组用于所有的碳原子。
或者是一个数字，
例如
< br>3
表示基组应用到结构定义部分第三个原
子。
基组可以是已经存在的基组名，例如
6-31G
，也可以是以下格式的
Gaussian
指数和系数列表。
symmetry
num_primitives scale
exponent1
coefficient1
exponent2 coefficient2
22
:
:
repeat for next
contraction
其中表示对称性的
symmetry
可以是
S, P, D,
SP,
等。对于
SP
壳层，接下来的
行有一个指数和两个因子。如果比例因子设定
为
1.0
，程序将考虑归一化。
关键字
5d
和
6d
可以用来
定义是否使用
5
个实
d
函数或
6
个笛卡尔
d
函数。
6d
等于
5d<
/p>
加上一个
附加的
s
函数。
5
个实
d
函数有时被称作纯
d
函数。
测试任务
6,
21,22,
55,
87,
121,
122,
180,
186,187,
194,
234,
235,
305,
325, 356,
357
给出了这样的例子。
手动输入
ECP Gaussian
程序中包含许多核势基组，有
CEP-4G
，
CEP-31G
，
CEP-121G
，
LanL2MB, LanL2DZ, LP-31G, SDD
。它们
可以像其它基组一样被指定。核势可以手动输入，使用关键字
pseudo=read
。因为必须输入价电子基组，所以需要与
gen
关键字结
合使用。输入包含后面接一
空行的几何结构定义，接着是
gen
输入，之后是
ecp
输入。
Ecp
输入格
式是：
element 0
ECP_name max_angular_momentum
num_electrons_replaced
comment
number_of_primitives
power_of_r exponent coefficient
:
:
comment
number_of_primitives
power_of_r exponent coefficient
:
:
见测试任务
11, 56, 57, 180, 356,
357, 433
。
ZINDO
Gaussian 98
的
ZINDO
关键字定义使用
ZINDO-1
半经验哈密顿量的计算。
ZINDO
用于预测电子光谱，特别是包含过渡金
属的化合物。
在
Gaussian 98
< br>中，
ZINDO
不能进行几何优化。
参见测试任务
437
。
CIS
参见测试任务
143-150, 153, 155-158,
165, 228, 229, 279, 280, 319, 320,
359
。
23
TD
TD
在
Gaussian
以前版本中
等价于
RPA
关键字。
RPA
关键字在
Gaussian
98
中仍可用，但已经不在手册中列出。
见测试任
务
399, 400,
438
。
CASSCF C
ASSCF
要求两个参量，像
CASSCF(2,2)
，分别为相关电子数和产生激发的轨道电子数。默认情况下，使用最高占据轨道
< br>和最低空轨道。然而，虚轨道的顺序并不总是非常稳定，所以这并不总是最好的相关轨道的选择。
活性空间可以达到
12
个轨
道。一旦超过，用户应当考虑
G2
，
CI
，
CC
，和
CBS
计算。
CASS
CF
的
Nroot
选项不同于
CIS
或
TD
，其中
的
1
代表基态，
2
代表第一
激发态，等等。
关键字
StateAverage
和<
/p>
Spin
通过包含态平均和自旋轨道耦合，给出更准确的结果。然
而，这些都是更困难的计算。
参见测
试任务
43,
160-162, 164, 288-291, 300, 301, 304, 355,
373-380, 390
。
（
Zork
译）
“
计算，使
用
CIS
关键字。不用选择，自动包含
Density
关键字，所以布居数分析将反映激发态。
”该句
我觉得有错，
cis
并未
包含
density
，布局数分析是关于基态的。
“研究分子激发态的计算通常要多步处理，分别为
1.
寻找存在哪些激发态，以及要研究哪些。
2.
几何优化，如果需要的话。
3.
进行频率计算，以校验结构。
4.
特性的计算。
”
激发态的
freq
会出现虚频吗？关于频率计算的讨论有必要吗？
就金
属簇合物而言
,
存在着一系列的
因此存
在着许多构型
,
计算优化结果一般都会得到一个激发态
,
同样也必须进行频率
分析
.
这个跟平常的非金属的激发态稍稍有些不同
.
A Brief Introduction
to Gaussian
有关
Gaussian
98
的补充
发信人
: zork
(
夏利斯基
),
信区
: Chemistry
标
题
:
有关
Gaussian
98
的补充
发信站
:
我爱南开站
(Wed Mar 28 07:59:05
2001),
转信
1.
谐振强度
f
谐振强度
f
出现在计算激发态的结果中，如：
Excited State 3: Singlet-?Sym 5.0236 eV
246.80 nm f=0.3428
5 -> 7 0.68918
在
Gaussian 98
早期版本中
，
TD
方法计算激发态的谐振强度
f<
/p>
是错误的（
CIS
没有这个问题）。从<
/p>
A7
版开始做了修正。
ftp
服务
器
28.2
上那个<
/p>
Linux
版
G98
就是
A7
的，而一般用的
G98W
都是
A3
版的，这点要注意。
谐振强度能干什么呢？可以预测电子态跃
迁的
寿命。用公式
t=1.499/(f*E^2)
这里
的
E
是电子态之间的能量间隔，单位是波数，
< br>f
是电子态谐振强度，
t
是电子
态寿命，单位是秒。默认的下能级是基态。如果
计算各激发态之间的
f
，在
Route Section
中加入关键字
AllTransitionDensities
，就得到各电子态之间的偶极矩
m(x)
，
< br>m(y)
，
m(z)
。求解
f
用公式：
2
f=
——————————————
3*E*[m(x)^2+m(y)^2+m(z)^2]
因为
Gaussian
给出的
m(x)
，
m(y)
，
m(z)
是
au
单位，所以激发态之间
的能量间隔
E
要换算
成
au
单位，才能代入上面的公式。
< br>
2.
用
TDDFT
做几何结构优化
< br>一般认为，
因为
TDDFT
不能
计算激发态的波函，
所以不能用来研究激发态的平衡构型和分子属性。
< br>所以用
Gaussian 98
提供的
< br>TDDFt
方法做研究激发态的研究工作，只能得到垂直激发能，对于计算平衡键
长
Re
、键角和振动频率
ω
e
无能为力。
不过，最
近的报道说，
TDDFT
做激发态几何优化在理论上证明可行。
已经有消息说，
Gaussian
公司准备在新版本
的
Gaussian
中加入
TDDFT
几何优化了。可以参考文献：
Van
Caillie
C,
Amos
R.
D.,
Geometric
derivatives
of
density
functional
theory
excitation
energies
using
gradient-correct
24
functionals,
Chem. Phys. Lett., 317(1-2), 2000, p.159-164
和
Hsu, Hirata, Head-Gorden,
J. Phys. Chem., A105, 2001, 451-458
关于线
性多烯烃的
TDDFT
激发能和谐振强度。
3.
自定义赝势（模型势，有效核势）
Gaussian
给出的
Pseudo
示例如下：
# Becke3LYP/Gen Pseudo=Read Opt
Test
HF/6-31G(*) Opt of Cr(CO)6
0 1
Cr 0.0 0.0 0.0
molecule specification continues ...
C O 0
C O 0
6-31G(d)
****
Cr 0
LANL2DZ
****
Cr 0
LANL2DZ
这里，
Cr
原子的基组
LanL2DZ
输入了两次。这两
个
LanL2DZ
是不同的。第一个描述的是价电子，或者核势
之外的电子；第二个描
述赝势。如果自定义
ECP
基组，也这么输入。
当然还有其他输入方法。
这是在
CIS
计算中自定义
In
< br>原子的基组，
In
的
ECP
使用程序内部定义的
SDD
赝势，
Cl
原子使用
Route Section
中的
LanL2DZ
。
# CIS(NStates=3,50-50)/LanL2DZ
ExtraBasis pseudo=read
InCl Excited
States
0,1
In
Cl In r
Cl In r
r=2.401
IN 0
S
3 1.00
1.53256200 0.261774000
0.944269000 -0.625406000
0.176733000 0.651304000
S 1
1.00
25
-
-
-
-
-
-
-
-
-
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