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Argumentation
Arlequin3.1
的使用说明
Arlequin
功能的概述
Molecular
diversity
—分子多态性
Mismatch
distribution
—错配分布
Haplotype frequency
estimation
—单倍型频率估计
Linkage disequilibrium
—连锁不平衡
：检测不同位点上等位基因的非随机关联
Hardy-Weinberg
equilibrium
—哈温—伯格平衡
Tajima
’
s
neutrality test
—
Tajima
中性检测
Fu
’ s neutrality
test
—
Fu
中性检测
Ewens-watterson neutrality
test
—
Ewens-
watterson
中性检测
以上三个中性检测都是基于无限位点模型，适用于
DNA se
quence
和
RFLP
单倍型。
Chakraboety
’
s
amalgamation test
—
Chakraboet
y
’
s
融合检测，
检测人群的均一性和同质性，
和中性选择等。
Minimu Spanning Network(MSN
，
最小扩张树或称之为最小支撑树，给予分子差异。
AMOVA
—分子差异度分析，用以评测人群的遗传结构
Parwise genetic
distances
—遗传距离的估计
Exact test of population differentiatio
n
—检测随机交配群体单倍型的非随机分布
Assignment test of genotype
—
通过估计等位基因平率将单个基因型分被盗特定的人群中。
Arlequin3.1
分析的数据
文件的格式必须是以
*arq
为扩增名
方法：
用
Clustalx
比对后保存一个
PHY
格式的文件，
在
DNAsp
中打开该文件，
点击
Generate
中的
Hapl
otype
页脚内容
1
Argumentation
date file
，设置
cons
idered
，其余的参数不变，在其中的
Generate<
/p>
中选其中的
Arlequin Haplotype List
即可
保存下用
Arlequin3.1
分析的文件的格式（在
import date
中可以进行文件格式的转换，
Arlequin
的数据
转
化为
Arlequin
、
Genepop
、
Biosys
< br>、
phylip
、
Mega
、
WinAmova
）
首先打开
Arlequin3.1<
/p>
的界面如下：
点击
open
project
，出现如下的界面：
页脚内容
2
Argumentation
选择你要分析数据的文件，一般扩增名为
*arp
< br>
下面以例子中的文件加以说明
:
页脚内容
3
Argumentation
点击打开，
页脚内容
4
Argumentation
Project title
所分析数据的名称
Genotypic date
输入数据是单倍型还是双倍性
Gametic
phase
：确定输入数据中配子片段是否已知
Recessive
date
：确定输入数据是否为阴性
Date type
：输入数据的类型
Missing
date
：缺失数据用什么字符表示
页脚内容
5
Argumentation
对上面的例子进行数据设置
点击
Setting
出现如下的界面
点击
General
setting
情况如下：
页脚内容
6
Argumentation
点击
Haplotype inference
（单倍型频率）
，出现如下界面
页脚内容
7
Argumentation
选中右侧的设置情况，如果输入的数据的形式属于配子片段已知的单倍型数据或基因型数据，
则操作
界面如下
页脚内容
8
Argumentation
继续设置，点击
Molecular diversity
indices
（在分子水平上计算遗传分歧度的几个参数）
页脚内容
9
Argumentation
设置后，出现如下图的结果
页脚内容
10
Argumentation
Standard diversity indices:
计
算几种常见的分歧度参数，如等位基因的数目、分离位点的数目、杂合的水
平等
.
Molecular diversity
indices:
隔离位点的数目
(s)
、单倍型的数目（
nh
）
、单倍型的
多样性（
Hd
）
Compute minmum spanning network among h
aplotype:
利用每个居群的单倍型数据计算最小支撑树和最小支
撑扩张网络图。
Molecular distan
ce
：选择遗传距离，包括配对差异距离和核苷酸差异数的百分比。
Theata
（
Hom
）
:
通过估计观测到的纯质性
< br>H
而得到一个参数
Theat
a
（
s
）
:
通过估计观测到的隔离位点
S
的个数而
得到的一个参数
Theata
（
k
）
:
通过估计
观测到的等位基因
K
的个数
Theata
（π）通过平均配对差异数而得到的一个参数。
页脚内容
11
Argumentation
点击
Arlequin configuration
出现如下的结果
点击
Browse
,
选择要分析的数据，如下图
页脚内容
12
Argumentation
点击打开如下图
页脚内容
13
Argumentation
点击
project wizard
进行设置，这里面数据的设置，可以通过
view
project
打开的文本格式来作为参考，
进行设置
页脚内容
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Argumentation
点击
view project
出现的文本格式中包含了所要设置的数据的情况
页脚内容
15
Argumentation
设置后，出现如下的数据：
点击
Start ,
就会进行分析，将
会得到一系列的结果。出现的结果在一个与原来的文件名相同的文件夹，
运行的结果是<
/p>
Html
文件。
AMOVA,
是指对分子差异性的分析。它通过对所研究居群进行不同层次的归类和划分，可界定不同的遗
传结构并进行统计学检验，从而估计出群体间、群体内以及个体间不同层次所表现出的差异占总变异
的多少，这种方法可以讨论不同海拔高度、不同语系、以及地理群体间是否存在相应的遗传变
异。
Locus by locus AMOVA
每个基因单独进行分子差异性的分析
Include in individual level for
genotypic data
包括个体间金银分歧度协方差组成和相关的固定指数。
它计
页脚内容
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Argumentation
算出的是观察到的基因间的差异。
Number of permutations
用来检测方
差组成和固定指数的置换数的值，
如果数值是
0
则不会有任何检测结
果。
Compute minimum spanning network among
haplotype
利用分子差异计算并绘制单倍型之间的系统树。
Genetic
strcture
中的
population
comparision
选项，会出现如下的界面
Population
comparation
计算人群之间不相似指数（遗传距离）的大小，如
Fst
< br>（短片段的基因的遗传距
离）和
Nei
< br>’
s
（人群之间和人群内部的平均背对差异）
。
Computation of Fst
：计算所有配对人群的
Fst
值。
Renyolds
’
s distan
ce
：计算
Renyolds
’
s
等线性化的
Fst
，这适合于分歧时间较短的样本。
Slatkin
’
s distanc
e
：计算源于配对间的
Fst
的
Slatkin
’
s
遗传距离。
Pairwise difference
：计算
Nei
’
人群
内部和人群之间的平均配对差异数。
Compute
relative populations
：
计算所有背对人
群之间的相对人群大小，
也可以计算人群之间的分析时间。
出现的几个界面的设置
页脚内容
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Argumentation
Configuration
Project wizard
页脚内容
18
Argumentation
页脚内容
19
Argumentation
Import
—
export
Structure
editor
页脚内容
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Argumentation
Arlequin setting
页脚内容
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