Cn3D 4.1中文使用手册

还包括一条已知序列和其他序列或是其他结构进行比较的

算法。你可以新 建一个

比对结果或是评价一个已有的结果。

Cn3D

可以被用来作为比较

CDD

project

内容

的基本的辅助工具。（保守

结构域数据库）

下载和安装

Cn3D

Cn3D

可以应用于

Windows

，

Macintosh

，

和各种

UNIX

平台。

这几页将说

明如何下载和安装

Cn3D

，

并且如何配置网络浏览器来使

用

Cn3D

。

文档约定

Cn3D

的屏幕界面和序列窗体提供各种形式的示例；他们以 极小的图片链接到

大图

。注意最大的图像是以

PNG

格式存 储的

—

这依靠

所使用的浏览器，浏览这

种格式的文件需要一个支持

PNG

的辅助程序。

Cn3D

的

Windows

版可以用来创

建这类图像，但是除了 平

台的用户界面和窗体变框外，图像基本上在任何平台上

都是一样的。

当引用到用户界面当中 的特定元素时（例如下拉菜单或弹出式菜单，

按钮等

等）

本文将使用黑体字并且用冒号将需要进行的鼠标操作分

开。例如，

Style:Edit

Global

Style:Details:Tube

Radius

意思是选择

(

在结构窗体

中

),

，选 择

Global

Style

项。一个分页的面板将出现；选择

页，然

后设置

Radiu s

属性。

参考文献

为了增加手册的生动性和信 息性，我们使用当前文献中使用的有名的例子。

大多数的例子是关注人的

PTEN

蛋白

(Lee

et

al.,

1999)

，一个在多种癌症中发现

突变的肿瘤抑制因子

(

综述，见

Di

Cristofano

and

Pandolfi,

2000)

。

下面是手册中所引用的文献的详细列表

(

含有

Entrez

的连接

)

。

1. Di Cristofano A, Pandolfi PP. The multiple roles of PTEN in tumor

suppression.

Cell

2000

Feb

18;

100(4):387-90

。

(Ent

rez)

2. Lee

JO,

Yang

H,

Georgescu

MM,

Di

Cristofano

A,

Maehama

T,

Shi

Y,

Dixon

JE,

Pandolfi

P,

Pavletich

NP.

Crystal

struc

ture

of

the

PTEN

tumor

suppressor:

implications for its phosphoinositide phosphatase activity and membrane

association

。

Cell

1999

Oct

29;

99(3):323-34.

(Entrez)

3. Liaw

D,

Marsh

DJ,

Li

J,

Dahia

PL,

Wang

SI,

Zheng

Z,

Bose

S,

Call

KM,

Tsou

HC,

Peacocke

M,

Eng

C,

Parsons

R.

G

ermline

mutations

of

the

PTEN

gene

in

Cowden

disease,

an

inherited

breast

and

thyroid

cancer

syndrome.

Nat

Genet.

1997

May;

16(1):64-7.

(Entrez)

寻找特定的结构

(MMDB)

新用户的最大的问题之一是当他们开始使用

Cn3D

时怎样并且从哪里可以得

到程序可以识别的格式的数据呢？

Cn3D

有意的不去

直接读取

PDB

格式的文件，

取而代之使用

NCBI

的

MMDB

数据库。简单的说，

MMDB

从蛋白质数据库中获取

数据信息，然后分

析每一个

PDB

文件，进行深入的验证和纠错，最后以一种更加

适合计算机的格式存储信息。参见

MMDB

的主页

可以了解到更多的关于这项工

程的信息，并且可以从

MMDB

的结构摘要一页的选项和链接中得到更多的文件。

有很多种方法可以从

MMDB

中获取所要结构，

包括直接的或是通过

NCBI

的

Entrez

服务中的链接。本章中描述了分子生物学家可能 用到的通过不同的查询方

式查找蛋白质结构一

些典型方法。我们将以人的

PTEN

蛋白为例说明

(Lee

et

al.,

1999)

。

Entrez

文献研究

Entrez

当

中。最简单的使用

Entrez

的方法是用关键词、作者等来查找空间结构注释。例如，

到

Entrez

当中，

在

栏内选择

下拉菜单，

然后在输入框中键

< /p>

入

并且点击

来执行查找。

在这个例

子当中，结果很少，

1D5R

获得

的唯一的查询结果，结果中含有到

MMDB

摘要页的链接。

空间结构相关链接也会出现在文献搜索结果中。在

栏内选择

下拉菜单，然后使用

structure

进行查

询 。在结果列表的后部

有晶体结构文章：

Lee

et

al.

，

structure

of

the

PTEN

tumor

suppressor

(Lee

et

al.,

1999)

。注意