berth已完成基因组测序的生物(植物部分)

水稻、玉米、大豆、甘蓝、白菜、高粱、

黄瓜

、 西瓜、马铃薯、

番茄

、拟南芥、

杨树、 麻风树、苹果、桃、葡萄、

花生

拟南芥

籼稻

粳稻

葡萄

番木瓜

高粱

黄瓜

玉米

栽培大豆

苹果

蓖麻

野草莓

马铃薯

白菜

野生番茄

番茄

梨

甜瓜

香蕉

亚麻

大麦

普通小麦

西瓜

甜橙

陆地棉

梅

毛竹

桃

芝麻

杨树

麻风树

卷柏

狗尾草属

花生

甘蓝

物种

基因组大小和开放阅读框

文献

Sesamum indicum L. Sesame

芝麻

（

2n = 26

）

293.7 Mb, 10,656 orfs 1

Oryza brachyantha

短药野生稻

261 Mb, 32,038 orfs 2

Chondrus crispus Red seaweed

爱尔兰海藻

105 Mb, 9,606 orfs 3

Pyropia yezoensis susabi-nori

海苔

43 Mb, 10,327 orfs 4

Prunus persica Peach

桃

226.6 of 265 Mb 27,852 orfs 5

Aegilops tauschii

山羊草（

DD

）

4.23 Gb (97% of the 4.36), 43,150 orfs 6

Triticum urartu

乌拉尔图小麦（

AA

）

4.66 Gb (94.3 % of 4.94 Gb, 34,879 orfs 7

moso bamboo (Phyllostachys heterocycla)

毛竹

2.05 Gb (95%) 31,987 orfs 8

Cicer arietinum Chickpea

鹰嘴豆

~738-Mb

，

28,269 orfs 9 520 Mb (70% of 740 Mb),

27,571 orfs 10

Prunus mume

梅

280 Mb, 31,390 orfs 11

Gossypium hirsutum L

.

陆地棉

2.425 Gb 12

Gossypium hirsutum L.

雷蒙德氏棉

761.8

?

Mb 13

Citrus sinensis

甜橙

87.3% of ~367 Mb, 29,445 orfs 14

甜橙

367 Mb 15

Citrullus lanatus watermelon

西瓜

353.5 of ~425 Mb (83.2%) 23,440 orfs 16

Betula nana dwarf birch

，矮桦

450 Mb 17

Nannochloropsis oceanica CCMP1779

微绿球藻

（产油藻类之一）

28.7 Mb

，

11,973

orfs 18

Triticum aestivum bread wheat

普通小麦

17 Gb, 94,000 and 96,000 orfs 19

Hordeum vulgare L. barley

大麦

1.13 Gb of 5.1 Gb

，

26,159 high confidence orfs

，

53,000 low confidence orfs 20

Gossypium raimondii cotton

雷蒙德氏棉

D subgenome,88% of 880 Mb 40,976 orfs

21

Linum usitatissimum flax

亚麻

302 mb (81%), 43,384 orfs 22

Musa acuminata banana

香蕉

472.2 of 523

?

Mb, 36,542 orfs 23

Cucumis melo L. melon

甜瓜

375 Mb

< br>（

83.3%

）

27,427 orfs 24

Pyrus bretschneideri Rehd. cv. Dangshansuli

梨

（砀山酥梨）

512.0 Mb (97.1%),

42,812 orfs 25,26

Solanum lycopersicum

番茄

760/900 Mb

，

34727 orfs 27

S. pimpinellifolium LA1589

野生番茄

739 Mb

Setaria

狗尾草属（谷子、青狗尾草）

400 Mb

，

25000-29000 orfs 28,29

Cajanus cajan pigeonpea

木豆

833 Mb

，

48,680 orfs 30

Nannochloropis gaditana

一种海藻

~29 Mb, 9,052 orfs 31

Medicago truncatula

蒺藜苜蓿

350.2 Mb, 62,388 orfs 32

Brassica rapa

白菜

485 Mb 33

Solanum tuberosum

马铃薯

0.73 Mb

,39031 orfs 34

Thellungiella parvula

条叶蓝芥

13.08 Mb 29,338 orfs 35

Arabidopsis lyrata lyrata

玉山筷子芥

? 183.7 Mb, 32670 orfs 36

Fragaria vesca

野草莓

240 Mb

，

34,809 orfs 37

Theobroma cacao

可可

76% of 430 Mb, 28,798 orfs 38

Aureococcus anophagefferens

褐潮藻

32 Mb, 11501 orfs 39

Selaginella moellendorfii

江南卷柏

208.5 Mb, 34782 orfs 40

Jatropha curcas Palawan

麻疯树

285.9 Mb, 40929 orfs 41

Oryza glaberrima

光稃稻（非洲栽培稻）

206.3 Mb (0.6x), 10 080 orfs (>70%

coverage) 42

Phoenix dactylifera

棕枣

380 Mb of 658 Mb, 25,059 orfs 43

Chlorella sp. NC64A

小球藻属

40000 Kb, 9791 orfs 44

Ricinus communis

蓖麻

325 Mb, 31,237 orfs 45

Malus domestica (Malus x domestica)

苹果

742.3 Mb 46

Volvox carteri f. nagariensis 69-1b

一种团藻

120 Mb, 14437 orfs 47

Brachypodium distachyon

短柄草

272

?

Mb

，

25,532 orfs 48

Glycine max cultivar Williams 82

栽培大豆

1.1 Gb, 46430 orfs 49

Zea mays ssp. Mays Zea mays ssp. Parviglumis Zea mays ssp. Mexicana Tripsacum

dactyloides var. meridionale

无法下载附表

50

Zea mays mays cv. B73

玉米

2.06 Gb, 106046 orfs 51

Cucumis sativus 9930

黄瓜

243.5 Mb, 63312 orfs 52

Micromonas pusilla

金藻

21.7 Mb, 10248 orfs 53

Sorghum bicolor

高粱

697.6 Mb, 32886 orfs 54

Phaeodactylum tricornutum

三角褐指藻

24.6 Mb, 9479 orfs 55

Carica papaya L. papaya

番木瓜

271 Mb (75%), 28,629 orfs 56

Physcomitrella patens patens

小立碗藓

454 Mb, 35805 orfs 57

Vitis vinifera L. Pinot Noir, clone ENTAV 115

葡萄

504.6 Mb, 29585 orfs 58

Vitis vinifera PN40024

葡萄

475 Mb 59

Ostreococcus lucimarinus

绿色鞭毛藻

13.2 Mb, 7640 orfs 60

Chlamydomonas reinhardtii

莱茵衣藻

100 Mb, 15256 orfs 61

Populus trichocarpa

黑三角叶杨

550 Mb, 45000 orfs 62

Ostreococcus tauri

绿藻

12.6 Mb, 7892 orfs 63

Oryza sativa ssp. japonica

粳稻

360.8 Mb, 37544 orfs 64

Thalassiosira pseudonana

硅藻

25 Mb, 11242 orfs 65

Cyanidioschyzon merolae 10D

红藻

16.5 Mb, 5331 orfs 66

Oryza sativa ssp. japonica

粳稻

420 Mb, 50000 orfs 67

Oryza sativa L. ssp. Indica

籼稻

420 Mb, 59855 orfs 68

Guillardia theta -

蓝隐藻，

551 Kb, 553 orfs 69

Arabidopsis thaliana Columbia

拟南芥

119.7 Mb, 31392 orfs 70

参考文献

1 Zhang, H. et al. Genome sequencing of the important oilseed crop Sesamum

indicum L. Genome Biology 14, 401 (2013).

2 Chen, J. et al. Whole-genome sequencing of Oryza brachyantha reveals mechanisms

underlying Oryza genome evolution. Nat Commun 4, 1595 (2013).

3 Collé

n, J. et al. Genome structure and metabolic features in the red seaweed

Chondrus crispus shed light on evolution of the Archaeplastida. Proceedings of the

National Academy of Sciences 110, 5247-5252 (2013).

4 Nakamura, Y. et al. The first symbiont-free genome sequence of marine red alga,

susabi-nori Pyropia yezoensis. PLoS ONE 8, e57122 (2013).

5 Verde, I. et al. The high-quality draft genome of peach (Prunus persica) identifies

unique patterns of genetic diversity, domestication and genome evolution. Nature

Genetics advance online publication (2013).

6 Jia, J. et al. Aegilops tauschii draft genome sequence reveals a gene repertoire for

wheat adaptation. Nature 496, 91-95 (2013).

7 Ling, H.-Q. et al. Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu.

Nature 496, 87-90 (2013).

8 Peng, Z. et al. The draft genome of the fast-growing non-timber forest species moso

bamboo (Phyllostachys heterocycla). Nature Genetics 45, 456-461 (2013).