蛋白质数据库

生物芯片北京国家工程研究中心

湖南中药现代化药物筛选分中心

暨湖南涵春生物有限公司

常用数据库名录

1

、蛋白质数据库

PPI - JCB

蛋白质与蛋白质相互作用网络

?

?

?

?

?

?

?

Swiss-Prot -

蛋白质序列注释数据库

Kabat -

免疫蛋白质序列数据库

PMD -

蛋白质突变数据库

InterPro -

蛋白质结构域和功能位点

PROSITE -

蛋白质位点和模型

BLOCKS -

生物序列分析数据库

Pfam

-

蛋白质家族数据库

[

镜像：

St.

Louis

(USA),

Sanger

Institute, UK, Karolinska Institutet (Sweden)]

?

?

?

?

?

?

PRINTS -

蛋白质

Motif

数据库

ProDom -

蛋白质结构域数据库

(

自动产生

)

PROTOMAP - Swiss-Prot

蛋白质自动分类系统

SBASE - SBASE

结构域预测数据库

SMART -

模式结构研究工具

STRING -

相互作用的蛋白质和基因的研究工具

1

?

?

?

?

?

?

?

?

TIGRFAMs - TIGR

蛋白质家族数据库

BIND -

生物分子相互作用数据库

DIP -

蛋白质相互作用数据库

MINT -

分子相互作用数据库

HPRD -

人类蛋白质查询数据库

IntAct - EBI

蛋白质相互作用数据库

GRID -

相互作用综合数据库

PPI - JCB

蛋白质与蛋白质相互作用网络

2

、蛋白质三级结构数据库

?

?

?

?

?

?

PDB -

蛋白质数据银行

BioMagResBank -

蛋白质、氨基酸和核苷酸的核磁共振数据库

SWISS-MODEL Repository -

自动产生蛋白质模型的数据库

ModBase -

蛋白质结构模型数据库

CATH -

蛋白质结构分类数据库

SCOP -

蛋白质结构分类

[

镜像

: USA | Israel | Singapore |

Australia]

?

?

?

?

?

Molecules To Go - PDB

数据库查询

BMM Domain Server -

生物分子模型数据库

ReLiBase -

受体

/

配体复合物数据库

[

镜像：

USA]

TOPS -

蛋白质拓扑图

CCDC -

剑桥晶体数据中心

(

剑桥结构数据库

(CSD))

2

?

?

?

?

HSSP -

蛋白质二级结构数据库

MutaProt - PDB

数据库中点突变的比较

SWISS-3DIMAGE -

蛋白质和其他生物分子的三维图像

BioImage -

生物图像数据库

(

包含生物大分子图像

)

3

、蛋白质组数据库和链接

?

?

2

－

D

胶数据库以 及与

2

－

D

胶 相关的数据库

蛋白质组链接

4

、与核酸相关的数据库

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

EMBL - EMBL

核酸序列数据库

(EBI)

Genbank - GenBank

核酸序列数据库

(NCBI)

DDBJ -

日本

DNA

dbEST - dbEST(

表达序列标签

)

数据库

(NCBI)

dbSTS - dbSTS(

序列标签 位点

)

数据库

(NCBI)

AsDb -

异常剪切数据库

ACUTS - DNA

非转录保守序列数据库

密码子数据库

EPD -

真核生物启动子数据库

HOVERGEN -

颈椎动物同源基因数据库

IMGT -

免疫遗传学数据库

[

镜像：

EBI]

ISIS -

内含子序列信息

3

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

RDP -

核糖体数据库

gRNAs db - gRNA

数据库

PLACE -

植物

DNA

顺势调控元件数据库< /p>

PlantCARE -

植物中< /p>

DNA

顺势调控组件数据库

ssu rRNA -

欧洲核糖体

R NA

数据库－小核糖体

lsu rRNA -

欧洲核糖体

RNA

数据 库－大核糖体

5S rRNA - 5S

< br>核糖体

RNA

数据库

tmRNA Website - tmRNA

站点

tmRDB - tmRNA

数据库

tRNA - tRNA

剪切（

Bayreuth

大学）

uRNA db

RNA editing - RNA

剪切位点

RNAmod db - RNA

修饰数据库

TelDB -

多介质端粒数据库

MPDB -

分子探针数据库

VectorDB -

载体序列数据库

5

、糖类

?

?

?

FCCA -

糖类论坛

GlycoSuiteDB -

多聚糖数据库

Monosacharide

browser

-

Space

filling

Fischer

projection

for monosaccharides

4

?

Thorkild's lectin page -

凝集素通道

6

、特殊物种数据库

:

人类：

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

OMIM -

孟德尔遗传在线－－人类

GENATLAS -

人类基因图集

GeneClinics -

医学基因学库

GDB -

基因组数据库

GeneCards -

人类基因整合信息数据库

UDB -

人类基因图谱数据库

Ensembl

人类基因组浏览器

UCSC

人类基因组工作草图

TIGR HGI - TIGR

人类基因组索引

Hs UniGene - GenBank

中的人类转录本

STACK -

序列标签比对

-

人类基因预测

GenLink -

人类基因组资源数据库

GeneLynx -

人类基因组

HUGE -

人类未知基因－大型蛋白质反转录得到的

cDNA

(KIAA...)

?

?

HUNT -

人类异常转录本

CGAP -

癌症基因组解剖学

5

?

?

?

?

MGC -

哺乳动物基因

SCDb -

干细胞数据库

Homophila -

人类疾病基因与果蝇基因对比数据库

Human Protein Atlas -

人类正常组织 蛋白质与癌细胞蛋白质

表达与位点的比较

?

?

?

Chr at Rutgers - Rutgers

的人类染色体信息

Chr at Sanger - Sanger Center

的人类染色体信息

Chr Swiss-Prot list - Swiss- Prot

的染色体信息

脊椎动物：

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

?

OMIA -

孟德尔遗传在线－－动物

MGI -

小鼠基因组学信息

[

镜像：

Australia]

Ensembl

小鼠基因组浏览器

TIGR MGI - TIGR

小鼠基因索引

Mm UniGene - GenBank

中的小鼠转录本

(EST clusters)

MGC -

哺乳动物基因

Mouse gene knockouts db -

小鼠基因敲除数据库

RGD -

大鼠基因组数据库

RatMAP -

大鼠基因组数据库

TIGR RGI - TIGR

大鼠基因组数据库

Rn Unigene - GenBank

中的大鼠转录本

(EST clusters)

BOVMAP -

牛基因数据库

(

法国

)

6

?

?

?

DGP -

狗基因数据库

MIS -

孟德尔遗传－－羊

Ark-Cat -

猫基因组数据库

?

Ark-Chicken -

鸡基因组数据库

?

Ark-Cow -

奶牛基因组数据库

?

Ark-Deer -

鹿基因组数据库

?

Ark-Horse -

马基因组数据库

?

Ark-Pig -

猪基因组数据库

?

Ark-Sheep -

绵羊基因组数据库

?

Ark-Turkey -

火鸡基因组数据库

?

FishBase -

鱼类综合信息系统

?

Fugu genome project -

河豚基因组

?

Fugu - HGMP

河豚数据

?

- Ensembl

河豚基因组浏览器

?

Medakafish - Mekada fish (Oryzias latipes) server

?

Ark-Tilapia -

罗飞鱼基因组数据库

?

Ark-Salmon -

大马哈鱼基因组数据库

?

The fish net -

斑马鱼基因组数据库

?

Ensembl

斑马鱼基因组浏览器

线粒体和叶绿体：

?

GOBASE -

细胞器基因组数据库

7