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启动子分析
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转录因子结
合位点
启动子分析
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转录因子结合位点
启动子是
DNA
分子可以与
RNA
聚合酶特异结合的部位，
也就是使转录开始的部位。在基因表达的调控中，转录的起
始是个关键。常常某
个基因是否应当表达决定于在特定的启
动子起始过程。启动子一般可分为两类
:
(1)
一类是
RNA
聚合酶可
以直接识别的启动子。这类启动子
应当总是能被转录。但实际上也不都如此，外来蛋白质
可对
其有影响，即该蛋白质可直接阻断启动子，也可间接作用于
邻近的
DNA
结构，使聚合酶不能和启动子结合。
(2)
另一类启动子在和聚合酶结和时需要有蛋白
质辅助因子
的存在。这种蛋白质因子能够识别与该启动子顺序相邻或甚
< br>至重叠的
DNA
顺序。
因此，
RNA
聚合酶能否与启动子相互作用
是起始转录的关
键问题，
似乎是蛋白质分子如何能识别
DNA
链上特异序列。
例如，
< br>RNA
聚合酶分子上是否有一个活性中心能够识别出
DN
A
双螺旋上某特异序列的化学结构
?
不
同启动子对
RNA
聚合酶的亲和力各不同。这就可能对调控转录
起始的频率，
亦即对基因表达的程度有重要不同。
DNA
链上从启动子直到
终止子为止的长度称为一个转录单位。一个转录单位
可以包
括一个基因，也可以包括几个基因。启动子预测软件大体分
为三类，第一类是启发式的方法，它利用模型描述几种转录
因子结合部位定向及其侧翼
结构特点，它具有挺高的特异
性，但未提供通用的启动子预测方法；第二类是根据启动子
与转录因子结合的特性，从转录因子结合部位的密度推测出
启动
子区域，这方法存在较高的假阳性；另一类是根据启动
子区自身的特征来进行测定，这种
方法的准确性比较高。同
时，
还可以结合是否存在
CpG
岛，
而对启动子预测的准确性
做出辅助性的推测。
启动子预测软件有：
PromoterScan
Promoter 2.0
NNPP EMBOSS Cpgplot
CpG Prediction
启动子及转录因子结合位点数据库及预测工具
冷泉港启动子分析程序介绍
/links/ch_09_t_
在线预测和分析基因启动子（
promoter
）
一般在
公共数据库中，如
NCBI
、
UCSC
、
Ensembl
给
< br>出的人类基因序列都没有对基因进行详细的标注。不过，有
很多在线工具，可以预
测和分析基因序列上的启动子、内含
子、
UTR
区等。在这里就简单总结收集一些网站，备用。
1.
NCBI
上的
Finding Promoter
（
NCBI
推荐的）
（
/Cl
ass/NAWBIS/Modules/DNA/
）
Promoter Scan from the Bioinformatics
and Molecular
Analysis section of
NIH.
TFSearch from the Computational Biology
Research
Center of Japan.
DRAGON Gene Start Finder
from the DRAGON
Genome Explorer site.
2. Promoter 2.0
Prediction Server
（
/services/Promo
ter/
）
Promoter2.0 predicts
transcription start sites of
vertebrate
PolII
promoters in DNA sequences. It has been
developed as
an evolution of
simulated transcription factors that
interact with
sequences in promoter
regions. It builds on principles that
are common to neural
networks and
genetic algorithms.
3. TFSEARCH
（
/research/db/
）
Searching
Transcription Factor Binding Sites (ver 1.3)
4. Neural
Network Promoter Prediction
(
伯克利大学
)
（
:9005/seq_tools
/
）
5. The Markov Chain Promoter Prediction
Server(
杜克
大学
)
（
/gen ...
ter/
）
6. Neural Network Promoter
Prediction
(BIosino
：中国
生物信息
)
（
/
）
7. Core-
Promoter Prediction Program
（
by Michael
Zhang
）
（
/to
ols/genefinder/CPROMOTER/
m
）<
/p>
PROMOTER FINDING AND ANALYSIS PROGRAMS
ON
THE INTERNET
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