启动子生物信息学分析软件

2021年2月27日发(作者：pearl)

er Prediction

/seq_tools/

2. PlantCARE

（

plant

cis

-acting regulatory elements

）

, a database of plant

cis

-acting regulatory

elements

/webtoo

ls /plantcare/html/

3. promoter 2.0 prediction server

/services/Promoter/

4.

启动子分析网址

:

1 /seq_tools/

2 /recerca/menu_

3 /services/Promoter/

4 /~molb470/ ... s/solorz/

5 /molbio/proscan/

/toolbo ... #databases

/seq_tools/

/promoter/CGrich1_0/

/pub/#pmatch

/~b400559/arraysoft_#Promoter

/PLACE/

:8080/PlantCARE/

/services/Promoter/

/molbio/proscan/

/molbio/signal/

/

常用启动子分析网址：

< p>
/toolbox/seq_analysis/#databas

es

/seq_tools/

/promoter/CGrich1_0/

/pub/#pmatch

/~b400559/arraysoft_#Promoter

/PLACE/

:8080/PlantCARE/

/services/Promoter/

/molbio/proscan/

/molbio/signal/

首先就是想直接查找有没有人做过这条基因的启动子，在

pubmed

< br>中输入

genename+promoter

接着就想看看有没有数据库可以直接给出启动子序列的，很幸 运竟然发现一个

极好的启动子搜索讲义网站，如下，

/work shops/bgu/

第一步就 是要找到基因确定基因所在基因组区域，其中列出很多网站，不过偶

还是习惯

< p>
genbank

，在

gene

栏中

search

某个基因，不要搞错基因种

属！进

入后即可看到该基因的详细条目，别眼花， 就点击右侧

link

栏的

Map vi ewer

链接，

进入即可看到该基因在染色体上的形象定位，< /p>

鼠标悬停在基因的起始位点

时，即可在浏览器下方的状态栏中显示 该位点在染色体上的明确定位，

比如

110997788

，结合给出的基因跨度，比如

110778 899-117708899

，即可大概

确定该启动子在基因组 中的大概定位，即

110778899-110997788

；

第二步搞清楚基因组状态，我没搞太清楚，不过其中给的一个链接来查出启动

子所在克隆（查出克隆号可以购买）

/genome/guide/mouse /

该链接中的

clonefind er

工具可以做到，

只要提交你要查找的基因

< br>officialname

就可以返回一个

clonel ist

；

第三步搜索启动子，其中可以用启动子数据库和启动子预测软件，当然如果启

< p>
动子数据库中有最好，

但很失望给出的数据库均不能查到！

只好用启动子预测软

件，使用了几个在线预测工具后觉得下面这个速度贼快，推 荐

/services/Promoter/

我把该基因的

dna

序列

s ubmit

之后返回了很多个

PolII

识别位点，到底哪个是

呢？我个人理解启动子应该是翻译起始位点附近，

所以在这个

dna

序列

< /p>

中定位

翻译起始位点即可找到最近的

Hi ghly likely prediction

，那么怎么定位呢？利

用

blast2

这个利器，

只 要把

dna

和

mrna

序列粘贴进去提交就

ok

，

正 好在翻译

起始位点上游几百

bp

有个< /p>

识别位点，

ok

！启动子序列就是翻译起始位点上游

大概

1kb

长度的序列了！

直接用

e nsemble

数据库的话，可以直接知道基因外显子和起始位点的位置，

然后直接可以查到之前的序列，再选

3k-4k

的长 度预测就比较方便了。