-
er Prediction
/seq_tools/
2.
PlantCARE
（
plant
cis
-acting regulatory
elements
）
, a database of
plant
cis
-acting regulatory
elements
/webtoo
ls
/plantcare/html/
3. promoter
2.0 prediction server
/services/Promoter/
4.
启动子分析网址
:
1
/seq_tools/
2 /recerca/menu_
3 /services/Promoter/
4
/~molb470/ ... s/solorz/
5
/molbio/proscan/
/toolbo ... #databases
/seq_tools/
/promoter/CGrich1_0/
/pub/#pmatch
/~b400559/arraysoft_#Promoter
/PLACE/
:8080/PlantCARE/
/services/Promoter/
/molbio/proscan/
/molbio/signal/
/
常用启动子分析网址：
/toolbox/seq_analysis/#databas
es
/seq_tools/
/promoter/CGrich1_0/
/pub/#pmatch
/~b400559/arraysoft_#Promoter
/PLACE/
:8080/PlantCARE/
/services/Promoter/
/molbio/proscan/
/molbio/signal/
首先就是想直接查找有没有人做过这条基因的启动子，在
pubmed
< br>中输入
genename+promoter
接着就想看看有没有数据库可以直接给出启动子序列的，很幸
运竟然发现一个
极好的启动子搜索讲义网站，如下，
/work
shops/bgu/
第一步就
是要找到基因确定基因所在基因组区域，其中列出很多网站，不过偶
还是习惯
genbank
，在
gene
栏中
search
某个基因，不要搞错基因种
属！进
入后即可看到该基因的详细条目，别眼花，
就点击右侧
link
栏的
Map vi
ewer
链接，
进入即可看到该基因在染色体上的形象定位，<
/p>
鼠标悬停在基因的起始位点
时，即可在浏览器下方的状态栏中显示
该位点在染色体上的明确定位，
比如
110997788
，结合给出的基因跨度，比如
110778
899-117708899
，即可大概
确定该启动子在基因组
中的大概定位，即
110778899-110997788
；
第二步搞清楚基因组状态，我没搞太清楚，不过其中给的一个链接来查出启动
子所在克隆（查出克隆号可以购买）
/genome/guide/mouse
/
该链接中的
clonefind
er
工具可以做到，
只要提交你要查找的基因
< br>officialname
就可以返回一个
clonel
ist
；
第三步搜索启动子，其中可以用启动子数据库和启动子预测软件，当然如果启
动子数据库中有最好，
但很失望给出的数据库均不能查到！
只好用启动子预测软
件，使用了几个在线预测工具后觉得下面这个速度贼快，推
荐
/services/Promoter/
我把该基因的
dna
序列
s
ubmit
之后返回了很多个
PolII
识别位点，到底哪个是
呢？我个人理解启动子应该是翻译起始位点附近，
所以在这个
dna
序列
<
/p>
中定位
翻译起始位点即可找到最近的
Hi
ghly likely prediction
，那么怎么定位呢？利
用
blast2
这个利器，
只
要把
dna
和
mrna
序列粘贴进去提交就
ok
，
正
好在翻译
起始位点上游几百
bp
有个<
/p>
识别位点，
ok
！启动子序列就是翻译起始位点上游
大概
1kb
长度的序列了！
直接用
e
nsemble
数据库的话，可以直接知道基因外显子和起始位点的位置，
然后直接可以查到之前的序列，再选
3k-4k
的长
度预测就比较方便了。
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