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如何看懂
NCBI
BLAST
输出结果
2010-11-13 10:38:11|
分类：
生物信息分析
|
标签：
blast
|
字号
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本文转自：
写在解读报告之前的，首先就使用
< br>Blast
最终的目的是什么达成一致，
Blast
是通过两两比对，找到数据库中与输入序列最相似的序列，或者说是最
相似的
序列片段。
那么我们看比对
结果就是看
Blast
从数据库中找到哪些相似的序列，
然后就是如何相似，这些相似又可以告诉我们哪些信息
等。
当然
Blast
可以衍
生出许多的用途，但都是建立在找到相似性序列（片段）的基础上的。
< br>
最新的
BLAST
结果报告解
读，
本文以
BLASTP
为例子，
说明如何来解读
BLAST
结果。
示例
BLAST
地址：
比对用的例子：
>gi|16758036|ref|NP_445782.1| ribosomal
protein L21 [Rattus norvegicus]
MTNTKGK
RRGTRYMFSRPFRKHGVVPLATYMRIYKKGDIVDIKGMGTVQKG
MPHKCYHGKTGRVYNVTQH
AVGIIVNKQVKGKI
LAKRINVRIEHIKHSKSRDSFLKRVKENDQKKKEAKEKG
TWVQLNGQPAPPREAHF
VRTNGKEPELLEPIPYEFMA
数据选择：
nr
比对时间：
2009
年
9
月
9
日
12:46:2
3
解读报告前需要掌握的概念：
alignments
代表比对上的两个序列
hits
表示两个序列比对上的片段
Score
比对得分，如果序列匹配上得分，不一样，减分，
分值越高，两个序列相
似性越高
E
Value
值越小，越可信，相对的一个统计值。
Length
输入序列的长度
Identities
一致性，就是两个序列有多少是一样的
Query
代表输入序列
Sbjct
代表数据库中的序列
结果详细说明
菜单与基本信息
1
/
4
NCBI Blast
结果
-
菜单与基本信息
1.
下一步操作的菜单，你可以调整参数，重新比对、保存你的搜索条件以便下次比对、调整
报告显示的参数，以更符合你的要求、下载你比对的结果；
2
.
此次比对的标题，优先是你填写的，如果没有填写可能是你输入
fasta
序列头（大于号后
面的），如果这个也没有找到，
NCBI
会自动生成一个；
3.
你输入序列的信息，包括标识号、描述信息、类型、长度；
4.
数据库的信息以及你选择的
Blast
程序；
5.<
/p>
查看其他报告，比如摘要、分类、距离树、结构、多重比对等。
Graphic Summary
Graphic Summary
1.
保守域，
Blastp
时，如果与
保守域数据库比对有结果时，方显示；
bution of
100 Blast Hits on the Query Sequence
，图的
说明，仔细研读，是
hits
在输入序列上的分布；
3.
这里是消息显示框，当鼠标放在坐标下的横
线上，会显示代表的
hit
的信息；
4.
颜色比例尺，代表
hit
的得分（
score
）区间，可以简单的理解为
红色的线表示
有较好的比对结果；
5.
输入序列的坐标；
6.
每一条线段代表一个
hit
，
在线段上点击，
会链接到该
hi
t
详细的比对信息部分。
深入理解：由于
blast
是区段比对，对于给
定的两个序列，
blast
会把具有相识性
的片段（
hit
）找出来，显示的是
hit
的信息，所以
要
判断两个序列的相似性，
不但要看比对上的片段（
hit
）的得分，还要看
hit
覆盖你
输入序列的范围，
正因
2
/
4
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