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第二章
Chemdraw
的使用及技巧
第一节绪论
1.1
安装
ChemDraw
基本操作步骤同其它软件类似，但
是由于
ChemDraw
是一款商务软件，且价格在上千
美元，大多数使用者往往是使用下载的版本而不是购买正版的商务套装。双击
< br>ChemDraw
后，
会弹出一个对话框，
要求输入其注册用户名和密码进行软件的激活。
可以通过两种方法
进行处理。
示，最好把
line
width
放宽一点（画分子的时候也许
Tolerances
也要大点，并且所有的键、
原子都可以选成不同的颜色，这样贴到
powerpoint
里面比较
pp
一些。
图
2-3
Preference
对话框
?
Color Palette
（调色
板）可以添加，移动或变化默认的前景或背景的颜色。
1.5
ChemDraw
文件操作
ChemDraw
文件本身的格式是
*.cdx
。在
File /Apply Document Settings from…
中集
成了国
际很多通用的格式，经常用的会是
ACM
格式。
下面是
ACS
（美国化学会）所有杂志包括
JACS
对
ChemDraw
画分子结构的要求：
1) As drawing settings
select:
chain angle
120°
bond spacing
18%
of width
fixed length
14.4pt(0.508cm,0.2in.)
bold width
2.0pt(0.071,0.0278in.)
line width
0.6pt(0.021cm,0.0084in.)
margin width
1.6pt(0.056cm,0.0222in.)
hash spacing
2.5pt(0.088cm,0.0347in.)
2) As text sttings select:
Font
Helvetica
Size
10pt
3) Under the preferences
choose:
Units
Points
Tolerances
3Pixels
4) Set
the page setup to 100%
5)
Label the drawings:
每次打开一个文件就会出现一个新
的文件窗口，
如果打开多个文件，
文件窗口只显示最
后打开的文件，通过
Ctrl+Tab
可以进行窗
口的变换。
第二节化学结构的绘制
2.1
键工具
1.
固定键的长度，角度
软件对键的长度有一定的限制，在
Object
下拉菜单中，点击
Fix
ed lengths
，则画出的键长
度固定。同样的方法
Fixed angles
用于固定键的角度，默认值
15
度为一个单位。如果需要临
时改变键的长度或者
角度，按下
Alt
键，同时按动键到所需长度和角度即可。
2.
楔键
工具
点击楔键工具，从楔键窄面点按动
到宽面另一点。绘制完成后，将鼠标放在键上，单击
即可改变键的方向。
3.
多重键的绘制
在
Chemoffice2002
以后的版本
中直接包含了绘制各种多重键的工具，
直接点击即可。
也
可以用比较原始的方法。列在下面，尽管原始，但又是比较省事，免去切换功能键
1)
双键
选择
实键工具，点击绘制单键，在单键基础上再按动一次即可得到双键。通过
在双键中间（出
现光标块）的点击可以改变双键的位置，在上，在下或中间。
2)
双抉择键
在双键基础上，选择波浪键
，在双键上点击即可。
3)
叁键
双键基础上，再次按动。叁键再次点击后即成单键。
注意，
以上按动和点击的区别，
按动是按住鼠标
，
拉出一根键后松开，
点击是单击的意
思。两者并不同。
4.
碳氢长链的绘制
使用
无环
链工具，选择后单击，在弹出的对话框中输入键的个数即可。按住鼠标，上
下移动可以改
变长链的方向。
2.2
环工具
环己烷凳环可以用两个方位进行绘制，选择
shift
点击则
得到水平方向环。
除了环己烷凳环外，
其他环工具在按
住
Ctrl
键时点击均会得到不定域共轭结构，
如图
2-4
。
工具，点击即可得到水平方向环，按住
图
2-4
组合键对环工具的影响
对于苯
环，
双键可以绘制成任意两个方向之一，
可以通过按下
shift
键同时单击进行切换。
如图
2-5
。
图
2-5
shift
键对于苯环方向的影响
2.3
移动原子
将光标
指向化学物结构式的任意原子，出现光标块，
按下
shift<
/p>
键和鼠标左键即可移走目
标原字。此功能在将
6
元环变为
5
元环时很方便。
2.4
键的前后交叉
把一个被交叉在前面的建议到后面的办法。
选择任何键工具，
< br>用鼠标这项操作键的选择
块，双击后即可变到后面。也可以使用
< br>object
菜单中的
bring to
front
和
send to
back
实现。
第三节文本说明和文字标记
4.1
文本
建立文本的方法：
利用文本工具
，在所希望出单击即可。需要重新编辑的话，在原文本处单击。在工具
栏
Text
下拉菜单中，可以改变字体，字形，以及字号。
< br>
在字形子菜单中包括三种常见字的操作：
Superscript
、
Subscript
、
Form
ula
，
Superscript
是上
标，
Subscript
是下标，
Fo
rmula
字形，
数字自动缩小，
比如
输入
C6H6
时，
自动形成
C
6
H
6
。
文本文件默认的是左对齐，在
Tex
t
下拉菜单中有
Flush
Left
（左对齐）
,
Centered
（中间
对齐）
, Flush Right, Justified
（两端对齐）
Stacked Above
（上标记调整）
。如图
2-6
。
?
Flush
Left
，第一行首字母与键相连。全部左对齐
?
Centered
，中间字母与键相
连。
?
Flush
Right
，第一行首字母与键相连。全部右对齐。
?
Stacked
Above
，最后一行最左面的字母与键相连。
以上各点需注意，
根据所标记原子的位置来选择正确的操作。
否则会出现原子与结构的
重叠等错误。
图
2-6Examples of
the atom label justifications
输入希腊字母和一些化学符号时，有两种方法：
1)
通过模板中的
special
cha
racter
中的字符进行输入。这种操作优点是方便快捷，缺点
在于对字号无法改变，放置位置不好掌握。
2)
在
Text
菜
单<
/p>
中
的
Font
子
菜
单
选
择
Symbol
，
字
母
与
希
腊
字<
/p>
母
对
应
关
系
α
-a,
β
-b,
π
-p,
ω<
/p>
-w
等等，
基本根据形声进行对应。
8.0
以上版本中，
在
view
菜单中，
选择
Show
Character Map Window
即可看到对应。如图
2-7
4.2
原子符号的标记
选择文本工具，在一个原子上定位，单击即可输入。实键
工具双击进入标记。
图
2-7
Character Map
Window
在标记原子是可以采用快捷键，具体见后面第
8
节技巧的使用。
有一个方法可以重复标记相同的原
子，选择文本，标记一个原子，在其他位置，双击既
可重复。而选择实键工具等时，双击
标记原子，三击重复标记。
在
File/Preference
对话框中，有两个选项，
Require ALT+ENTER
to Create a New Line in
Atom
Labels
，
Require ALT+ENTER to
Create a New Line in Captions
，
分别表示在原子标记和
说明文本中对换行的控制，选中，则代表需要用
ALT+ENTER
进行换行，直接回车则退出。
第四节绘制轨道和符号
4.1
轨道工具
点击会
出现一系列子目录，使用方便，可以绘制各种轨道，没有过多要说的。
4.2
化学符号
即可进入，分别就一些并不常用的符号工具举例进行演示。
1)
和
分别表示沿
Z
轴向平面外伸和进入的
H
原子。如
图
2-8
图
2-8 H
点
H
划的应用
2)
和
阳离子阴离子符号，
在对应原子附近定位，当出现反色的小方块时，点击即可，符号会
自动集成到
原字上。表示带电的基团。
其他的仅举一例，如图
2-9
。
图
2-9
正电荷符号的应用
另外，所有化学符号，按住
shift
键同时拖动鼠标可以进行旋转。
第五节化学查询工具
query
tools
1)
，化学查询工具，用于绘制化学查询结构，已用于在数据库中
的查询。
，可以用来编辑可替代基团的索引，例子如图
2-10
2-10Alternative groups
2)
3)
，在任意原子处点击，出现
*
，表示查询时
*
处原子上的取代基可以为任意结构。
，可以标记化学反应中原子位置的变化，以原子序数说明。如图
2-11
。
图
2-11 Atom to Atom Tool
4)
连接点工具，用于连接点的编号，这些编号表示子结构和母结构的对应。
5)
立体化学标旗，用于给结构分配一个特殊的符号来确定一种解
释，如图
2-12
图
2-12
外消旋，绝对和相对符号
?
Racemic
-A racemic mixture.
?
Absolute
-A pure enantiomer
of known configuration.
?
Relative
-A pure
enantiomer of unknown configuration.
6)
元素列标记和非列标记
查询结构为指定元素之一或者除去所有指定元素，格式如下
结构绘制完成后，保存为
F1
查询文件，可以在数据库及
chemfinder
中进行调用。查询原
子和键的属性还可以在
Structu
re/Atom
Properties
和
Structure/Bond Pr
operties
中进行设置。
因
为使
用较少，
不在这里赘述，
如果需要可以在帮助菜单中查寻。
另外帮助菜单中还有各个属
性与不同数据库的匹配，均可进行参考。
第六节绘制箭头，弧及其他图形
6.1
箭头工具
所有箭头工具如图
2-13
，根据需要选择，按中
shift
并用鼠标指向箭头头部，按住鼠标
左键可进行箭头的拉伸，缩短和转向。
选中箭头，可以进行整体的旋转，具体方法见选中工具。
图
2-13
箭头工具
6.2
基元工具
内含一
些球形工具，用于绘制
3D
分子结构，线工具，用于绘制直线虚
线等，可以画立体
图形，如正八面体等。还有一些方框工具，可以把所绘结构放到方框中
，更为正规。
6.3
括号工具
内含大
小中括号和两个短键工具
6.4
弧形工具
可
以绘制固定角度的弧，同样用
shift
可以进行旋转和大小的
调整。
6.5
笔工具
就个人
使用而言，
笔工具是非常有用的工具也是最难掌握的工具，
图<
/p>
2-14
是一些用笔工具
绘制的图形。<
/p>
，
。特别用于绘制有配位结构的化学方
程式。
图
2-14
< br>笔工具的使用范例
1.
单击绘制
在曲线开始处单击，移动光
标，再次单击得到第二个点，两点以直线相连，依次类推，
图
2
-15
为用单击操作绘制的图形。
图
2-15
笔工具单击操作绘制的图形
2.
按动绘制曲线
在曲线开始处单击，移动光标，再
次单击得到第二个点并且按动，通过控制柄的移动，
得到不同弧度的曲线，继续单击并按
动，得到下一段曲线，依此类推。按
ESC
键或选择另
一个工具退出编辑。此功能主要用于绘制化学反应机理等。如图
2-16
。
需要说明的是，曲线弧度的控制难以用语言说明，需要进行大
量的实践来掌握，基本的
原则是曲线与控制柄相切。
图
2-16
反复单击和按动建立曲线
3.
编辑曲线
选择笔工具，
将光标移到曲线位置，
当光标仍然是指针而不是十字时点击即可进入编辑
状态。出现十字则是进行下一段曲线的绘制。
4.
删除一段曲线
和使用的一个快捷键，
使用橡皮会消除所有的曲线，
单独删
除一段曲线的方法是，
选择
笔工具，单击曲线进入编辑状态，按
住
alt+shift
键（
5.0
版本是
ctrl+shift
）
，并把鼠标放在要
删除的曲线端点，这时十字光标变成空心方块，剩下的事
情，
就是点击了。
这样端点后曲线
被消
除。
5.
绘制不同类型的曲线
选择笔工具，在
curve
菜单中进行选择，可以
绘制不同的曲线，具体如下。
?
plain
基本曲线，默认值。
?
dash
虚线
?
bold
黑体实线
?
double
双线
?
Arrow at
start/end
在头尾处加箭头
?
Half
arrow
半箭头
?
Closed/filled/shaded
闭合曲线并填充黑色或阴影，如图
2-14
的第一个图
形。
第七节选择应用
7.1
选择应用及旋转、缩放
和
选择框，一个是任意形状选中，一个是规则矩形选中，选中物体后，
同时具有
缩放和旋转物体功能。选中物体后，光标指向在所出现矩形框有上角的一个黑色
的直角弧，
出现一个具有双箭头的弧线，
按住鼠标左键即可旋转
所绘图形。
鼠标移向右下角时出现一个
双箭头拉伸符，按住既可
缩放图形。如图
2-17
。而在双击双箭头符号时会出现一个对
话框，
可以设置拉伸的百分比和旋转的具体角度。便于操作。如图
2-18
。
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