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用
Material Studio
构建复杂模型及转换成
poscar
的
2
种方法
这里我介绍
“
用
Mat
erial Studio
构建稍微复杂的表面模型
”
。这里介绍的
是构造一个根号
3x2
的
pt
（
111
）
表面。
用
MS Modeling
制作
slab
模型结构图
1
，
打开
MS modeling,
建立一
个项目，如
test
；
2
，
右击<
/p>
test
项目，在下拉菜单中选择
imp
ort,
在弹出的菜单中选择
Structures/meta
ls/pure-metals/Pt;
3,
在主菜单中的
Build
选择
surfaces/C
leave surface,
4,
在弹出的菜单中处理数据
（
i
）在
surface
box
界面下
a)
< br>你所要做的表面，
如
[111];
也就是将
cleave plane [h k
l]
修改成
[1 1
1]
；
b)
修改深度，即将
depth
修改成你所
需要的原子层数，
如
4
；
（
ii
）在
opt
ions
界面下
将
Orientation standard
选项改成
U
矢量沿
x
轴方向，
V
在
xy
平面
（
iii<
/p>
）在
surface
Mesh
的界面下
修改
U,V
矢量。
如保持
U
不变，将
V
矢量
修改成
0.5 0.5 -1
5,
点击
cleave,
产生一个
[1 1 1]
的表面模型，
6
，在主菜单中的
Build
选择
Crystals/Build Vaccum Slab
7,
在弹出的菜单中修改相应的参量，
比如将真空厚度修改成
14angstrom,
点击
build
产生一个
Slab
模型；
8
，在主菜单中的
Build
选择
Symmetry/supercell,
将单胞修改成你所需
要的大小，如将
A
修改成
2
，点击
Create supercell
这样产生了你所要的表面
在该表面，
你可以非常简单的看出
hcp
与
fcc
的差别，
以及
top
，
bridge
位置。
如果你需要产生
vasp
的
poscar
文件，那么你可以从
ms
模块导出这个
文件为
.car
文件（它是卡迪尔坐标），简单进行
处理下就变成
vasp
了。
比如我这里有个。
car
坐标：
Quote:
!BIOSYM
archive
3
PBC=2D
Materials
Studio
Generated
CAR
File
!DATE
Thu
Nov
16
09:42:17
2006
PBC
11.5352
4.9949
90.0000(p
1)
Au1
0.000000000
2.679917131
-2.354607603
XXXX
1
xx
Au
0.000
Au2
5.767587171
2.679917131
-2.354607603
XXXX
1
xx
Au 0.000
Au3
2.883793586
2.679917131
-2.354607603
XXXX
1
xx
Au
0.000
Au4
8.651380757
2.679917131
-2.354607603
XXXX
1
xx
Au 0.000
Au5
1.441896793
0.182478626
-2.354607603
XXXX
1
xx
Au
0.000
Au6
7.209483964
0.182478626
-2.354607603
XXXX
1
xx
Au 0.000
Au7
4.325690379
0.182478626
-2.354607603
XXXX
1
xx
Au
0.000
Au8
10.093277550
0.182478626
-2.354607603
XXXX
1
xx
Au 0.000
Au9
1.441896793
1.847437629
0.000000000
XXXX
1
xx
Au 0.000
Au10
7.209483964
1.847437629
0.000000000
XXXX
1
xx
Au 0.000
Au11
4.325690379
1.847437629
0.000000000
XXXX
1
xx
Au 0.000
Au12
10.093277550
1.847437629
0.000000000
XXXX
1
xx
Au 0.000
Au13
0.000000000
4.344876134
-0.000000000
XXXX
1
xx
Au 0.000
Au14
5.767587171
4.344876134
0.000000000
XXXX
1
xx
Au
0.000
Au15
2.883793586
4.344876134
0.000000000
XXXX
1
xx
Au 0.000
Au16
8.651380757
4.344876134
0.000000000
XXXX
1
xx
Au 0.000
end
end
要转换成
< br>vasp
，
下面贴出我的程序是：
CODE:
[Copy to clipboard]
parameter(nsum=16,nsun=0,n=16)
real x(n),y(n),z(n)
real
lx(3),ly(3),lz(3)
real lattice
character p
character*18
selective
character*6 direct
lx=0.0
ly=0.0
lz=0.0
lattice=4.64
lx(1)= 11.8800/lattice
ly(2)= 6.5761/lattice
lz(3)=
15.8554/lattice
open(1,file=
do
i=1,5
read(1,*)
enddo
do i=1,n
read(1,*)p,x(i),y(i),z(i)
enddo
do i=1,2
read(1,*)
enddo
close(1)
open(2,file=
write(2,*)
write(2,15)lattice
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