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蛋白质结构预测在线软件
蛋白质预测分析网址集锦
物理性质预测
:
Compute PI/MW
Peptidemass TGREASE
SAPS
基于组成的蛋白质识别预测
AACompIdent
、、、
htmlAACompSim
PROPSEARCH
二级结构与折叠类预测
nnpredict
Predictprotein
、、、
protein/SOPMA
SSPRED
、、、
prd_info
、
html
特殊结构或结构预测
COILS
、、、
I
LS_form
、
html
MacStripe
、、、
acstripe
、
html
与核酸序
列一样
,
蛋白质序列的检索往往就是进行相关分析的第一步
,
由于数据库与网络技
校术的发展
,
蛋白序列的检索就是十分方便
,
将蛋白质序列数据库下载到本地检索与通过国
际互联网进行检索均就是可行的
。
由
NCBI
检索蛋白质序列
可联网到
:“
、、、
gi?db=protein
”
进行检索。
利用
SRS
系统从
EMBL
检索蛋白质序列
联网到
< br>:
”,
可利用
EMBL
的
SRS
系统进行蛋白质序列的检索。
通过
EMAIL
进
行序列检索
当网络不就是很畅通时或并不急于得到较多数量
的蛋白质序列时
,
可采用
EMAIL<
/p>
方式进行
序列检索。
蛋白质基本性质分析
蛋白质序列的
基本性质分析就是蛋白质序列分析的基本方面
,
一般包括蛋白质
的氨基酸组成
,
分子质量
,
等电点
,
亲水性
,
与疏水性、信号肽
,
跨膜区及结构功能域的分
析等到。蛋白质的很
多功能特征可直接由分析其序列而获得。例如
,
疏水性图谱可通知来预测跨膜螺旋。同时
,
也
有很多短片段被细胞用来将目的蛋白质向特定细胞器进行转移的靶标
(
其中最典型的例子就
是在羧基端含有
KDEL
序列特征的蛋白质将被引向内质网。
W
EB
中有很多此类资源用于帮
助预测蛋白质的功能。
疏水性分析
位于
ExPASy
的
ProtScale<
/p>
程序
( )
可被用来计算蛋白质的疏水性
图谱。
该网站充许用户计
算蛋白质的
5
0
余种不同属性
,
并为每一种氨基酸输
出相应的分值。输入的数据可为蛋白质
序列或
SWISSPRO
T
数据库的序列接受号。需要调整的只就是计算窗口的大小
(n
)
该参数
蛋白质结构预测在线软件
用于估计每种氨基酸残基的平均显示尺度。
进行蛋白质的亲
/
疏水性分析时
,
也可用一些
windows
下的软
件如
,
bioedit,dnamana
等。
跨膜区分析
有多种预测跨膜螺旋的
方法
,
最简单的就是直接
,
观察以
20
个氨基酸为单位的疏水性氨基酸
残基的分布区域
,
但同时还有多种更加复杂的
、精确的算法能够预测跨膜螺旋的具体位置与
它们的膜向性。
这
些技术主要就是基于对已知跨膜螺旋的研究而得到的。
自然存在的跨膜螺
旋
Tmbase
数据库
,<
/p>
可通过匿名
FTP
获得
< br>(
、、、
< br>erver/tmbase)
,
参见表一
资源名称
网址
说明
TMPRED
、、、
RED_form
、
html
基于对
tmp
red
数据库的统计分析
PHDhtm
、、、
tprotein
、
htmlMEMSAT
微机版本
,
蛋白质序列含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用
,
也可能
就是定位于膜的锚定蛋白或
者离子通道蛋白等
,
从而
,
含有跨膜区的蛋白质往往与细胞的功能状态密切
相关。
“
或
“
、、、
RED_form
、
html
”
前导肽与蛋白质定位
在生物内
,
蛋白质的合成场所与功能场所常被一层或多层细胞膜所隔开
,
这样就涉及到蛋白
质的转运。合成的蛋白质
只有准确地定向运行才能保证生命活动的正常进行。一般来说
,
蛋
白质的定位的信息存在于该蛋白质自身结构中
,
并通过与膜上特殊的受体相互作用而得以表
达。在起始密码子之后
,
有一段编码疏水性氨基酸序列的
RNA
片段
,
这个氨基酸序列就这个
< br>氨基酸序列就就是信号肽序列。含有信号肽的蛋白质一般都就是分泌到细胞外
,<
/p>
可能作为重
要的细胞因子起作用
,
从而具有潜在的应用价值。
卷曲螺旋分析
另一个能够直接从序
列中预测的功能
motif
就是
α
-
螺旋的卷曲排列方式。在这种结构中
,<
/p>
两种螺旋通过其疏水性界面相互缠在一起形成一个十分稳定的结构。
蛋白质卷曲的相关资源
资源
网址
coiled-coil
、、、
oil
、
htmlCOILS
、、、
mlEpitopeInfo
蛋白质功能预测
基于序列同源性分析的蛋白质功能预测
到少有
80
个氨基酸长度范围内具有
25%
以上序列一致性才提示可能的显著性意义。最快
的工具
如
BlastP
能很容易地发现显著性片段
,
而无需使用十分耗时的
BLITZ
软件。
基于
NCBI/BLAS
T
软件的蛋白序列同源性分析
类似
于核酸序列同源性分析
,
用户直接将待分析的蛋白质序列输入<
/p>
NCBI/BLAST(
)
,
选择程
序
BLASTP
就
可网上分析。
基于
WU/BLAS
T2
软件进行分析
蛋白质结构预测在线软件
华盛顿大学
的
BLAST
软件
(dove
、
embl-heidelberg
、
dl/blast2)
也可进行蛋白质序列的
同
源性分析。
基于
motif
、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测
蛋白质的磷酸化与糖基化对蛋白质的功能影响很大
,
所
以对其的分析也就是生物信息学的一
个部分。
同时
,
分子进化方面的研究表明
,
蛋白质的不同区域具有不同的进化速率
,
一些氨基酸必须在
进化过程中足够保守以实现蛋白质的功能。在序列模式的鉴定
方面有两类技术
,
第一类就是
依赖于与
一致性序列
(consensus sequence)
或基序
各残基的匹配模式
,
该技术可用于十分
容易并快速搜索
motif
数据库。
Motif
数据库
-PROSITE
最好的就是
PROSITE)
蛋白质序列的
(profile)
分析
、、、
<
/p>
CAN_form
、
html
InterProScan
综合分析网站
InterProScan
就是
EBI
开发的一个集成了蛋白质结构域与功能位点的数据库
,
其中把
SWISS-PROT,TrEMBL
、
PROTSITE
、
PRINTS
、
PFAM
、
Pr
oDom
等数据库提供的蛋白
质序列中的各种局域模式
,
如结构域
,motif
等信息统一起来
,
提供了一个较为全央的分析工
具。
蛋白质的结构功能域分析
简单模块构架搜索工具
(simple modular
architecture research tool,SMART)
一个较好
的蛋白质结构功能域的数据
,
可用于蛋白质
结构功能域的分析
,
所得到的结构域同时提供相
关的资源的链接
蛋白质结构预测
PDB
数据库
蛋白质基本立体结构数据库
(PDB,
)
其中有大量工具用于查瞧
PDB
数
据库中的结构
,
如
rasmol,
可用于显于出蛋白质的空间结构
,
下载地址
:)
PDBFinder
数据库
就是在
PDB
、
DSSP
、
HSSP
基础上建立的二级库
,
它包含
PDB
序列
,
作者
,R
因子
,
分辨率、
二级结构等
,
这
些些信息随着
PDB
库每次发布新版
,
PDBFinder
在
EBI
自动生成
,
网址为
“
、
NRL-3D
数据库
就是所有已知结构蛋白质的数据库
,
可用于查询蛋白
序列时行相似性分析以确定其结构
ISSD
数据库
< br>蛋白质序列数据库
,
其每个条目包含一个基因的编码序列
,
同相应的氨基酸序列对比
,
并给出
相应的多肽链结构数据。
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