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核磁共振在生物学上的应用

作者:高考题库网
来源:https://www.bjmy2z.cn/gaokao
2021-02-08 16:15
tags:

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2021年2月8日发(作者:installs)


物理系



物理学专业



近代物理课程论文








1







8




核磁共振在生物学上的应用



摘要



简要叙述了核磁共振技术(< /p>


NMR


)在蛋白质、酶等领域的研究方法及


应用。介绍了核磁共振技术的基本原理,进一步阐述了生物核磁共振技


术的发展现状、 优点及在现代科学中的应用前景。




关键词


:核磁共振;蛋白质;酶



ABSTRCAT


Describes briefly the nuclear magnetic resonance (NMR) technology


in


proteins,


enzymes


in


the


fields


of


the


research


methods


and


the


application.


Introduces


the


basic


principle


of


magnetic


resonance


technology,


expounds


further


biological


nuclear


magnetic


resonance


(NMR)


technology


development


present


situation


and


the


application


prospect in modern science.


Keywords



NMR; Protein; Enzyme



第一章



绪论



本世纪四十年代


,


物理学上发现了物 质的核磁共振。它是物质原子核的磁矩在外加磁


场的作用下能级发生分裂


,


在一定条件下吸收外加射频场的能量而产生跃迁的现象。这一


重大发现为深入地探索物质微观世界的某些规律,增添了一项崭新的技术。核磁共振技术


与一般的物理化学方法不同,它能在不破坏样品的条件下,利用构成分子的原子核本身的



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磁矩特征,精确快速地给被测样品 定性、定量、定结构。它能提供其他理化方法所不能得


到的许多重要参数。基于核磁共振 原理而设计的核磁共振波谱仪能够研究物质的化学位


移,以探讨价电子对核的屏蔽作用来 分析各种化学基团的存在。能够研究物质的自旋一自


旋耦合,以探讨各种化学基团的相互 作用关系、作用力和空间构型。能够测试物质反应的


动力学。中和反应以及质子交换反应 等。还可以通过对谱线的面积、宽度等的分析以了解


被测物质在各种因素的影响下,其结 构的相应变化规律性等等。近来,生物学研究中还常


利用弛豫时间作指标,以测定生物活 性物质的能量转移过程和键合位置等。



核磁共振在物理学、化 学等领域的应用中首先显示了它的技术威力。有人认为,核磁


共振在有机化学中的应用和 发展,是近五十年来有机化学进展中一件最重要的事件


,


它对


过去很多的有机化学困难问题有了新的启发


< br>



[1]


1.1


核磁共振的发展



1.1.1


核磁共振的简述




核磁共振(


NMR


)是电磁波与物质相互作用的结果


,


带有核磁性的原子核有自旋运动产


生 核磁距,在外加高强磁场的作用下,吸收射频辐射,引起核自旋能级的跃迁产生的波谱


即 核磁共振波谱。自上世纪


40


年代开始,在过去的半个世纪里 ,核磁共振已经获得两次


诺贝尔物理学奖、两次诺贝尔化学奖,以及一次诺贝尔生理学医 学奖。


1938


年,



用分子束实验发现在外磁场下的核磁共振现象,


他获得了


1944


年的诺贝尔物理学奖。


1946

< br>年,美国哈佛大学的


Purcell


和史坦福大学的


Bloch


各自独立观察到固体和液体状态下的核

< br>磁共振信号,他们获得了


1952


年诺贝尔物理学奖。< /p>


1945


~


1951

年间,化学位移和自旋耦合


相继发现,


NMR


成为解决化学问题的有力工具。


1953


年,


Varian


公司研制成世界上第一台


商品化


NMR


谱仪,


1964


年超导磁场脉冲傅立叶变换核磁共振谱仪问世。为了解决生物大分


子谱峰严重堆 积的问题,


1976


年,瑞士人


< /p>


提出两维核磁共振波谱的理论与实


验方法。在此基础上,


80


年代初瑞士的


ch


开始将该方法成功应用于生物大分子结











先< /p>





1991




2002






尔< /p>






2003




Pau l


bur



Peter Mansf ield


由于核磁成像获得诺贝尔生理学医学奖。


X

< p>
射线晶体衍射、


核磁共振波谱、电镜三维重构是结构生物学的三种主要研究 方法。至今,核磁共振波谱技


术是能够在原子分辨率下测定溶液中生物大分子三维结构的 唯一方法


[2,3]


。目前在蛋白质



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三维结构数据库(


PDB


)中,用核磁共振方法解出结构的数目占


15%


左右。



1.1.2


核磁共振技术的原理



由于分子中不同 原子核的化学环境是不同的,则将会有不同的共振频率,产生不同的


共振波谱。记录下来 这种波谱即可判断该原子在分子中所处的位置及相对数目,对化合物


进行结构分析。



在化合物的结构鉴定及分析中最常用的核磁共振技术是一维核磁共 振氢谱(


H



NMR

< br>)


和碳谱(


C



NMR


),一维核磁共振氢谱主要提供化学位移、耦合常数、吸收峰的裂分和< /p>


积分曲线等。与质子相比,


C的化学位移比


H


大得多,谱峰重叠的现象小,碳谱能给出更


多的结构信息, 对化合物的结构解析很有帮助。二维核磁共振谱的应用使鉴定结构的结果


更可靠、客观。 二维核磁共振谱又分为同核二维核磁共振谱和异核核磁共振谱。常用的五


种二维同核实验 包括:


COSY



DQF



COSY



TOESY< /p>



NOESY



EXSY


)和


ROSY


,异核二维核磁


共振谱主要有碳-氢相关谱



HSQC




异核多量子相关谱



HMQC




异核多键相关谱



HMBC




继二维谱之后,


20


世纪


90


年代脉冲梯度场(


PFG


)核磁共振技术的发展与应用,使获得谱


线狭窄、高分辨 谱图成为可能,为快速、准确得到物质结构信息奠定基础



4< /p>



13


1


13< /p>


1




第二章



核磁共振的应用



核磁共振技术是天然 产物尤其是复杂化合物结构鉴定与分析研究不可缺少的手段,利


用核磁共振波谱可以方便 地提供不同分子结构上的细小差别,包括同分异构与立体异构化


合物。近年来,核磁共振 技术被频繁用于蛋白质和酶等分析与结构鉴定。



2.1.1


蛋白质的核磁共振研究



Wuthri ch



Horwich


及其

< p>




使



H-


Ncross-correlated


relaxation


induced


polarization transfer



CRIPT


)谱,研究


900kDa


分子伴侣


GroES-GroEL


复合物中二者的


相互作用,看到由于结合


GroEL


而引起


GroES


的构象变化


。他们还研究了


GroEL


与底物二


氢叶酸还原酶的 相互作用,首次观察到分子伴侣结合的底物的中间态


。目前已用核磁共

< br>振波谱技术测定了


723


个残基(分子量


82KD


)的单链蛋白质苹果酸合成酶(


MSG


)的溶液结


构。采用的方法是用


N

< p>


C



H-


标记


MSG


,同时选择性质子标记含有甲基的氨基酸


Ile



Leu


以及


Val


,使得它们的甲基质子化,作四维


TROSY


类型的三共振实验





[7]


15

13


2


[6]


[5]


1


15


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蛋白质在稀溶液状态下,可通过核 磁共振技术得到反应微点的


NMR


参数来决定蛋白质

< p>
的三级结构。这些参数包括弛豫时间(


relaxation


)、化学位移(


chemical shift


)、自


旋耦合(


spin coupling


)、


NOE


效应(< /p>


nuclear overhauser effect


)、磁化 量转移



magnetization transfer


)、自旋标记(


spin labeling


)等



< p>
采用


NMR


法研究蛋白质存在着

< br>3


个主要问题:①待测蛋白质存有一定分子质量上限(随


着分子量的增加,信号急剧重叠);②测量灵敏度随着横向弛豫时间加快而降低;③蛋白


质的


NMR


结构分辨率能否达到与


X< /p>


射线晶体结构相似的水平



对于结构测定 的蛋白质而言,


分子量越低,干扰越少,结构特征也越容易判断。由于核磁共振技术本身 的制约,限制了


其研究对象——生物大分子的分子量。二十世纪末,测量得到

< p>
NMR


结构的绝大多数蛋白质


分子量都在


10x10


以下。近年来随着核磁共振技术的发展,溶液结构的测定已经 应用于分


子量为


25x10


以上的蛋白 质。




NMR


研究分析蛋白质结构以及动力学过程的首要步骤是获得包含互补决定区


IgG



段。


因为分子量在


1 5x10


左右的免疫球蛋白


IgG


中与 抗原发生反应的部位主要位于可变区的


互补决定区,而每个互补区仅由

< br>20


~


30


个氨基酸残基构成。 要得到蛋白质三级结构,主要


根据


NOE


效应——起始的增长率和两个质子距离的


6


次方成反比。


因此需要在


20


~


200ms


范围


内选择不同的混合时间做一系列的


NOESY


谱,得到


NOE


交叉峰强度随时间变化的曲线,以便


选择适当混合时间的


NOE SY


谱。混合时间应足够短,以避免由于自旋扩散而影响


NOE


交叉峰


的强度。根据


NOESY


谱中的交叉峰的强度及蛋白质结构中的标准距离,可得到一个蛋白质


中 几十对、甚至是几百对质子和质子之间的距离的上限,而质子和质子间的距离下限则为


两 原子的范德华半径之和。目前采用的从


NOE


得到的距离约束数 据决定蛋白质的三级结构


的方法有两种:①在已知二级结构单元的基础上,根据


NOESY


谱提供的远程


H-

< br>H


距离的信


息来确定二级结构单元之间的相对距离,然后 用计算机图像系统或球棒搭出模型;②是用


距离几何的方法,在欧几里德空间得到一个满 足所有距离约束的近似模型,获得每个原子


的笛卡尔坐标。计算蛋白质结构的方法有三种 :第一种是程序


DISGEO


中用的


M etricmatrix


方法,


是距离几何

EMBEO


算法的推广;


第二种是变目标函数法,


用于程序


DISMAN




DISMAN


中固定键长键角,以二面角为独立变量,随机 选取起始构象,然后通过使目标函数极小化


来使蛋白质的构象满足所有的距离约束条件; 第三种是结合能量极小化方法、升温退火的



1


1


3


3


3

[9]


[8]

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