DNAStar的安装与升级使用说明

2021年2月7日发(作者：小波变换)

目录

DNAStar

的安装与升级

……………………………………………….….6

EditSeq

的使用方法

…………… ………………………………………….7

打开已有序列

寻找开放读框

DNA

序列翻译

遗传密码选择使用

遗传密码修改

序列的反向互补及反向转换

BLAST

检索

序列信息查看

序列校读

序列的保存与输出

GeneQuest

的使用方法

……………………………………………………12

打开已有分析文件

GeneQuest

的

DNA

分析方法

用分析方法操作

方法参数改变

结果展示优化

Feature

注释

BLAST

检索

Entrez Database

检索

GeneQuest

的其他特点

保存分析文件

MapDraw

< br>的使用方法

………………………………………………………18

< br>

新酶切图制作

过泸器类型

应用频率过泸器

应用手动过泸器

使用过泸器一览表

使用

Must Cut Here/Don’t Cut Here

调色板工具

酶信息显示

环形展示

ORF

图

显示择选

保存，退出

MegAlign

的使用方法

……………… …………………………………….23

创建队列文件

序列设置

Pairwise Alignment

使用

Dot Plot Method

多序列比较

Phylogenetic Tree

查看

查看队列报告

Decorations/Consensi

MegAlign

文件保存

Pri merSelect

的使用方法

……………………….….…… …………….28

创建

Primer Select

文件

定义引物特点

查找引物对

浏览其他的引物信息

按特征对引物分类

引物长度改变

在引物中引入突变

设计新引物

使用寡核苷酸订购表格

保存

Pr imerSelect

文件

Protean

的使用方法

…………………………………………..…………34

创建蛋白质分析文件

Protean’s

蛋白质分析方法

应用分析方法

方法参数改变

优化结果显示

使用蛋白酶消化与

SDS PAGE

Feature

注释

BLAST

检索

二级结构模拟

展示滴定曲线

保存分析文件

Seq ManII

的使用方法

………………………………………….… ………39

输入序列片段

Pre-Assembly Options

操作

检查修整的数据

序列装配

查看范围和构建结果

去除矛盾碱基和缺口

手动修改序列末端

文件保存与序列输出

DNAStar

的安装与升级

如果您以前已经安装了

Lasergene

而且目前有升级和服务联系，您就可以通过英特网来升

级您现有的版本，各种模块（

module

） 都是以自解压形式存储的，你可以选择性的下载安

装。

必备条件

您的用户名和会员号是必需的，可以在安装盘上找到。

程序升级

备份您已有的

Lasergene

，找到您要升级的执行程序，并把它转移到备份的文件夹 中。

连接到

DNAstar

网站的主页

(

，从菜单 中的

Customers

中点击

Las e

rgene Updates

点，安提示输入密码和用户名 （与会员名相同），这样就会打开下载页面。

找到

windows

软件（

Windows 95/98/NT Software.

），就可以下载您想要的模块了。

模块下载完毕以后，双击文件将其解压缩完毕。

看到

“Application name” has been updated.

说明升级完毕。

软件安装

本节介绍若何从

< p>
CD

在

PC

机（

Windows

）上安装

Lasergene< /p>

。注意安装是尽量关闭所有其它

程

序以保证安装顺利进行。

必备条件

一张个人的

Lasergene

安装盘；

一张

Lasergene

软件光碟；

足够的硬盘空间和内存：至少

30Mb

的硬盘，

32Mb

的

RAM

< p>
。

从光盘安装

Lasergene

插入 安装盘和安装光盘，双击安装图标，则出现下面的窗口，点击继续则出现安装窗口。

随后一次出现下面窗口，请按照提示做出选择然后点击

Next

，直至完成安装。

EditSeq

的使用方法

EditSeq

是能够迅速、正确地 输入，并且修改

DNA

或蛋白质序列工具。每个

EditSeq

文件都

可

< /p>

以分为三个可编辑的部分，上边的一部分为序列文件，中间的一部分里是评论，底部是序< /p>

列的注释。

EditSeq

能读取大部分的序列格式

——

< br>包括

FASTA

，

GenBan k

，

ABI

、

GCG

和

ASCII

格式。

< p>
你可

以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外，

序列也许通过使用键盘输入，或者从其

他地方复制、粘贴得到。

经

Entrez

或

BLAST

检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部

互

联网服务器下载。

序列被打开后，< /p>

EditSeq

能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译，或者反 翻译，寻找开放

读框，

还可以进行阅 读校对。

另外，

EditSeq

能以

GenBank

，

FASTA

和

GCG

格式输出序列 。

如果在使用这软件中需要帮助， 可以和

DNASTAR

联络。电话：（

608

）

258-7420

，传真：< /p>

（

608

）< /p>

258-7439

，电子信件：

supp ort@

，或者经

.

打开已有序列

我们从用苹果计算机打开

“TETHIS21MA”

和用< /p>

Windows

打开

“”

开始。

假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用< /p>

EditSeq

打开序列的同时，用

Se t Ends

命令去除

5’

和

3’

污染序列。



从文件菜单（

FILE MENU

）， 选择

Open

。



打开文件夹

“Demo Sequences”

单击选定序列

“TETHIS21”

。



单击位于对话框右下角的

Set Ends

按钮。

Set Ends

被打开（如右）。



在

5’

< p>
框和

3’

框中键入

50< /p>

和

850

，点击

OK

。单击

Open

打开序列。

当

EditSeq

窗口打开时，序列长度显示在右上角。通过

“setting ends,”

现在你只有最初

序列中的

801 bp

的片段。

Set Ends

选择在 全部

Lasergene

应用程序中都可以使用。

寻找开放读框

在这入门的一部分中， 我们将确定序列中最大的

ORF

，并翻译它。

< br>



从

SEARCH MENU

找到

ORF

，点击打开会出现右边的对话框。



单击

Find N ext

寻找第一个

ORF

的位置。



继续点击

Find Next

直到你把

ORF

的位置选定在位置

183-45 5

。

ORF

的坐标会出

现在

EditSeq

窗口的顶端附近。

DNA

序列翻译

这一节中我们介绍如何翻译我们的

ORF

，不过任何序列中 的读框内部分都可以用下面的方

法

进 行翻译。如果你的选择是在三联码的读框内，三联码指示棒显示为实心黑线（如左图）

。如果你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一

个

bp

，以 使所选序列成为三的倍数。



选定

ORF

，从

GOODIES MENU

菜单中选择翻 译（

Translate

）。



翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗 口中（如右图）。它是使用标准的遗

传密码翻译的。

使用其它遗传密码

根据你的序列的来 源，你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。在这节中，我

们将标准的遗传密码转换成

Ciliate Macronuclear

密码

。



从

GOODIES MENU

菜单选择

Genetic Codes

打开，子菜单显示如下。



单击

“Ciliate Macronuclear”

就实现了遗传密码的转换，

EditSeq

现在 使用的

就是

Ciliate Macronuclear

的遗传密码。



同样可以将遗传密码转换为其它类型。

遗传密码的编辑

这一节中我们修改

Ciliate Macronuclear

的遗传密码。



从

GOODIES MENU

菜单选择

Edit Selected Code

。这将打开右面的窗口，窗口显

示

遗传密码是怎样翻译

DNA

和

RNA

序列的。



如以

DNA

形式展示密码，点击

DNA

按钮。

< p>



编辑时，单击任何要编辑的 密码，从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置则可

。



如使用不同的启始密码子，单击

Set Starts

按钮。第二的遗传密码窗就会被打开

，可以进行起始密码子选择。



单击任何氨基酸（或者

codon

位置），该密码子就会变成绿色，而且旁边出现一

个箭头，它就被设定为起始密码子了。如要去除，只需单击它即可。如不保存，则单 击取

消；如要保存，单击保存为。

序列的反向互补及反向转换

下面的步骤可以用于反向测定的序列的正确输入。



选定序列。



从

GOODIES MENU

菜单，选反向互补序列（

Reverse Compl ement

），或者把序

列颠

倒过来（

Reverse Sequence

< br>）命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。

BLAST

检索

下面我们将在

NCBI

的

BLAS T

服务器上对

TETHIS21

序列进 行相似性比较。注意为了进行

BLAST

查找必须保证因特网 的连接。如果你没有连接因特网，跳过这部分，继续下一部分。



选定序，或者从

E DIT

菜单中选择

Select All

。



从网络检索菜单（

NET SEARCH MENU

< p>
），选择

BLAST

查找。

BLAST

对话框就

会出现

。



程序默认为

blastn

，数据库默认是

< p>
nr

，参数转换请参照帮助。



单击

OK

开始查找。



寻找结果显示为两部分（如下）。上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序

列的名字，下面的部分显示上面部分选定序列与提交序列（上边序列）比较的具体结 果。

有关

“score”

< p>
和

“expectation”

的详细的信息在< /p>

NCBI’s

网点

——

< br>

./BLAST.

——

可以找到。一般来说，更主要的

score

和 更低的

expectation

提示较好

的相似性。

 BLAST

结果窗最上边的

3

钮被用来 打开，

或者保存检索到的序列，

或者让你了解

< br>更

多的有关信息。

下面我们从用

“Create Do cument”

钮来打开评分最高的

5

序列开始：



单击

Create Document

。一个小的对话框出现。



在左上角有一个下拉菜单显示默认（

default

）。单击下拉菜单，选顶端（

Top

）

。并在右面的文本框中写入

5

。



单击

OK

，

EditSeq

自动查对多余序列。如果

EditSeq

提示至少

2

序列是同一个，

请

点击

OK

。

EditSeq

将从因特网数据库下在单一的序列，并分别打开一个单独的

EditSeq

窗口

。

下面我们用

“Batch Save ”

钮将

3-10

序列保存为

< p>
EditSeq

文件：



选定从顶端起第

3

个序列。单击

Batch Save

。小的灰色的对话框出现。



单击下拉菜单，选

Next

。并在右面的文本框中写入

8

。



点击

Set Location

，显示文件夹对话框。



选定你要保存序列的位置。单击

< p>
OK

回到灰色的对话框。



单击

OK

保存序列，文件扩展为

“.seq”

。在下载过 程期间，

EditSeq

自动查对重

复的序列。如果

EditSeq

提示至 少

2

序列是同一个，请点击

OK

。



除非你收到错误信息，否则可以认为你的序列已经成功下载。

最后我们可以使用

“Launch Browser”

钮查看序列的详细信息



选定序列。



选择

Launch Browser

。



你的网络浏览器将打开右面的窗口。

序列信息查看

现在我们要使用

EditSeq

菜单指令查看有关打开的

TE THIS21

序列的信息。



选定序列的一部分。

如果你倒是希望全选序列，

从

EDIT MENU

菜单，

选择

Select

All

。



从

GOODIES MENU

菜单，选

DNA Statistics

。就会出现右面的窗口，显示序列信

息

。

序列校读

在我们学习保存和输出序列 之前，下熟悉一下

EditSeq

的校读功能

< br>

这功能能帮助你校正测序胶中的错读。



选定序列。



单击校对发音图标

（序列窗口底部张开的嘴）

，

或者从

S PEECH MENU

，

选

Proof-

Read Sequence

。



电子的音声就会开始朗读所选的序列。（注 ：如果你听不见任何声音，检查你的

计算机的喇叭是否已经打开。）



要改变音声

read- back

的速度，从

SPEECH MENU

菜单，选择

Faster or Slower

。



要停止校读，

点击 图标

（手）

，

或者从

< br>SPEECH MENU

菜单，

选择

Proof- Read Seq

uence

。

序列的保存与输出

首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单，选

New

中的

New DNA

，或者

New Protein

。



将序列写入出现的窗口。



如果你输入非法字符，计算机会发出警告。

< br>然后，我们将序列保存为

EditSeq

文件：



从文件菜单，选

Save

。



选定保存位置。



给序列命名。



单击保存则可。

以

GenBank

或

< br>GCG

格式保存序列：



从文件菜单，选

E xport

。



选定保存位置。



为

sequence(s)

选格式。< /p>



给

sequence(s)

命名。



单击保存则可。

以

FASTA

格式保存序列：



从文件菜单，选

Export

（

1

个序 列），或者

Export All As One

（多个序列）。当

使用

Export All As One

的时候，如果

DNA

和蛋白质文件同时存在，激活窗口的序 列类型与

你保存的类型是一致的。

E ditSeq

仅仅将写入的序列保存为

FASTA

格式。



选定保存位置。



选

FASTA

格式。

< br>



给

seq uence(s)

命名。



单击保存则可。

GeneQuest

的使用方法

GeneQuest

可以帮助你发现 和注释

DNA

序列中的基因，

并帮助您 操作生物学所关心的

DNA

的其

他

feature

：包括

< br>ORFS

、拼接点连接，转录因子结合为点、重复序列、限制性内且酶酶切位

点等。通过应用

“methods”

到序列，序列的

feature

可以以图形 的形式展示出来。你可以

在序列上注释任何你发现的

feature

。和其它的

Lasergene

应用程序一样，

GeneQuest

也 提供

整合的

BLAST

和

Entrez

寻找功能。

GeneQuest

能直接打开

DNA STAR

，

ABI

和

< br>GenBank

文件。

其他格式的序列文件也可以使用< /p>

Edit

Seq

改为

< br>DNASTAR

格式。如果你知道

Genbank

序列的登录号或名称，你可以直接打开序

列。另

外，你还可以在

Entrez

数据 库进行序列查找和输入。

如果在使用这软件中需要帮助，可以 和

DNASTAR

联络。电话：（

60 8

）

258-7420

，传真：

（

608

）

258-7439

，电子信件：

suppor t@

，或者经

.

打开已有分析文件

在这一节中，我们 将对已有的

GeneQuest

文件（也叫做

< br>GeneQuest

分析）

“Ne

matode R01H1

0.”

进行操作。



从文件菜单，选择

Open

打开一个和右边相似的窗口。



在苹果计算机上，

从

Show

菜单中选择

GeneQue stDocument

文件。

在

Win dows

上，

从

文件类型菜单

(Files of Type)

的中选择

GeneQuest Documents

。



用文件管理系统打开名为

“Demo Sequences.”

的文件夹。双击

Nematode R01H1

0

，就可以打开下面的窗口。

GeneQuest

的

DNA

分析方法

打开

GeneQuest

文件后，

< p>
下一步是选择应用方法。

应用方法后，

结果的图形 显示可以帮助你

了解序列上感兴趣的

features

。打开序列后，你会发现只有几种方法应用后的结果展示在

< p>

窗口内。在下一部分中，我们将学习如何把其它方法用于我们序列的分析 。

 Title

——

给文件取名。

 Ruler

——

在文件中加入标尺。

 Sequence

——

显示文件中的序列。

 Patterns- Matrix

——

方法的运算参数。

 Patterns-Signal

——

转录因子结合位点数据库。

 Patterns-Type-In Patterns

< p>
——

使用键盘输入运算所需的

Pattern

参数。

 Repeats-Inverted Repeats

——

寻找 反向重复序列。

 Repeats- Dyad Repeats

——

寻找

D yad

重复和

palindromes

。

 Repeats-Direct Re peats

——

寻找正向重复序列。

 Gene Finding - DNA Finder

< p>
————

在打开的

DNA

序列中寻找指定

DNA

序列。

分

别显示正义连和反义连的寻找结果。

 Gene Finding - Protein Finder< /p>

——

在打开的蛋白质序列中寻找指定

DN A

序列的

翻译序列。显示结果为全部

6

个读框。

 Enzymes-Restriction Map

——

用

DNASTAR

酶目录 中的酶分析打开的序列，并以

图

形方式展示。

 Coding Prediction - Borodovsky

——

用

Borodovsky’s Markov

方法来识别潜在

的基因编码区，并以图形方式展示。

 Coding Prediction - Starts Stops ORFs

——

根据指定的

ORFs

的最小长度，寻

找可能的开 放读框，可以选择是否需要起始密码子。读框的启始和中止点分别展示。

 Coding Prediction

—

Local Compositional Complexity

——

根据

Shannon

信息学

原理寻找有基因编码提示信息的区域。

 Base Contents-Base Distributio n

——

序列上

4

种碱基、

A+T

和

G+C

< p>
的频率、分布

，以及

A T

和

gc

分布区域。

< br>

 Bent DNA - Bending Index

——

DNA

折叠预测。

用分析方法操作

调用新的

GeneQuest

方法的步骤是：从

Mo re Methods

中选择方法，加入方法帘（

method cu

rtain

），待方法运行完毕后，选择性的拖取结果放 入分析界面（

assay surface

）即可（

见右图）。在本节中，我们使用

Bent DNA - Bending Index

方法进行分析。



从

ANALYSIS MENU

选择

Show Available Methods

可以打开方法帘，也可以通过

拖

动分析界面左上角的小环的打开方法帘。方法帘中包括已经用于分析的全部方法。

< p>



你将注意到方法帘没有

Bent DNA - Bending Index method

。在方法帘的顶端，

点击

More Methods

打开一 个下拉菜单，其中尤可以用于分析的所有方法，点击

Bent DNA -

Bending Index method

，该方法就进入了方法帘。



若查看方法帘中的方法是否已经被应用，点 击其右边的三角形。如果图标前有数

字表明该方法已经使用， 数字表示应用的次数。因为我们还没有应用

Bent DNA - Bending

Index

，所以点击三角形，会发 现图标前没有数字。



点击白颜色的位置去除对图标的选择。



单击选定

“Bend Region,”

，将其拖到分析界面，释放鼠标。序列中可能会折叠

的区域就会以小盒子的形式显示出来。

方法参数改变

下面我们改变方法的参数，然后将分析结果与参数改变前的结果进行比较。



重复前面的操作，在方法帘中加入一个新的

Bent DNA - Bending Index

，并把它

< br>拖如分析界面。现在你应该有

2

个完全一样的折叠区分析 结果。



双击方法帘中任何一个结果，将打开一个参数对话框。



改变弧长度参数为

30

，单击

OK

。分析界面上就会出现 根据此参数计算得到的结

果

。

（注：如果你再次拖入新的方法时 ，参数的改变会自动应用到新的方法上）。

结果展示优化



组合或移动展示的结果：单击位于

GeneQuest

窗口左侧的调色板工具中的的选择

< br>

器（手图标），在分析界面中可以随意拖动任何展示的结果到任何位置。



改变方法格式：单击目 的选择器（手图标），可以选择分析界面上的任何方法。

从

OPTIONS MENU

菜单选择

Line Color

，打开彩色选择子菜单。选定颜色后，方法题目和

结

果显示都将变成那个颜色。另外，你可以用类似的指令进行操作：

Li ne Weight

、

Fill C

olor and Fill Pattern

。



去除方法：单击选择方法帘中显示的方法，用退位或删除键去除应用的方法即可

。

注意任何你除掉的方法都是能从

Methods menu

菜单再一次被使用。

注释

Features

< p>
当你用

Genbank

输入序列时，

序列中标注的

Features

会自动转换为图形命 令显示在方法帘中

。这些

Features

可以象任何别的方法那样拖到分析界面上显示。

GeneQuest

也允许你为你的

DNA

序列制作新

Features

：



单击位于

GeneQuest

窗口的左侧的调色板工具（箭图标）。



然后点击选定

26 41-4257

的

Informative Region

。



点击调色板工具

（铅笔图标）

，

或者从

SITES & FEATURES MENU

选择

New Featur

，打开一个

Feature Editor

对话框（如右图）



你打开

Feature Editor

时，首先进入

Location

设定。点击

“Info region”

进入

Title box

，点击

“Segment A”

进入

Segment Name box

，接着，在对话框的底部选择标题

和区段名字的位置。



点击

Descri ption

按钮进入新的

Feature Editor

窗口。如果你愿意，可以在

note

< p>
中对

Feature

做标注，在

< br>key

种选择

Feature

的 种类。



点击

Style

按钮进入最后的

Feature Editor

窗口，选择字型，大小和颜色，以及

< p>
你喜欢图型用于新建的

feature

。



点击

OK

关闭

Feature Editor

窗口。一个图形化展示的

“Info region”

就会出现

在分析窗口的底部。

下面我们把新建 的

feature

与另外一个

feat ure

整合起来。



单击调色板工具（箭图标）。选定你刚做好的

feature< /p>

，单击工具调色板工具上

的（链图标）。



然后点击名为

“R0

1H10.4

——CDS.”

的

feature

，再点击连接（链图标）。



这样你的

“Info region”featur

< p>
将继续作为没有联系的方法而存在，但是，它

的 拷贝将作为

R01H10.4featur

的一部分出现。

BLAST

检索

GeneQuest

为你的序列在因特网或企业内部互联网数据库上进行相似性检索 提供

2

不同的方

法。

BLAST Selection

指令允许你使用序列的任何一部分进行检索。

BLAST ORF

需要你首先

选择序列的

ORF

，然后他就可以自动翻译，在蛋白质数据库中进行检索。在这一 节中，我

们

用

BLAST

在

NCBI

上检索与

Nematode R01H10

相似的序列。

注意必须保证您的计算机与因特网相连。否则，跳过这一部分。



单击范围选择器调色板工具（箭图标）。



如同在右边被显示的那样，单击任何

“R01H10.5”

的

feature

。注意此时选定的

仅仅是外显子部分（< /p>

exons

），内含子部分被自动去除。



从网络检索菜单，选

BLAST Selection

。会出现左面的

BLAST

对话框。

< p>



不做参数改变，这样，程序 是

blastn

，数据库是

nr

。



单击同意开始查找。

寻找结果显示为 两部分（如下）。上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字

，下面的部分显示上面部分选定序列与提交序列（上边序列）比较的具体结果。有关

< br>

re

和

的详细的信息在

NCBI's

网点

--

/BLAST.

--

可以找到。一般来说，更主要的

score

和更低的< /p>

expectation

提示较好的相似性。

BLAST

结

果窗最上边的

4

钮被用来打开，或者保存检索到的序列，或者让你了解更多的有关 信息。

“

Put In Document”

按钮相当于

Gene Finding - DNA Finder

，在打开序列中寻找检索到的

序列。（如果我们使用

blastp

或

blastx

，则相当于

Gene Finding-Protein Finder

）



在

BLAST

结果窗口中选择一个检索结果。



单击

Put In Document

。保存对话窗将打开。



选定保存位置，并命名。单击保存。



你选的序列将象应用方法那样以短的垂直的 竖线自动出现在分析界面的底部。垂

直的竖线显示

< p>
BLAST

结果的位置。



可以选择

Zoom in/OUT

来放大或缩小视野。直到你能清楚地查看序列。



其他按钮与

Edi tSeq

中介绍的功能相同。

Entrez Database

检索

GeneQuest

允许你在因特网或企业内部互联网的

Entez

数据库上进行检索。检索到的结果可

以输入

GeneQuest

（或者

EditSeq

），或者保存为序列文件。在这一节中，我们将 检索与狨

视觉色素（

visual pigment in marmosets

）序列有关的序列，然后学习

GeneQuest

或

Edit

Seq

是如何打开其中的一个序列的。



从网络检索菜单（

NET SEARCH MENU)

，选择新正文查找（

New Text Search

）来

打开

Entrez Query

窗口（如右）。



在文本框中敲入

“visual pigment.”

。



从默认为

“All Fields”

的下拉菜单中选择

“Text Word.”

。



用鼠标从右面再拖入一个检索框（

New Term

）。

 < /p>

在文本框中敲入

“Callithrix”

，从

“New Fields”

菜单中选

“Organism”

。



单击查找。查找结果出现于

Entrez Results

窗口（如下）。



双击任何

Entrez Results

窗口里的序列，就可以查看其详细信息。

如果你想在

GeneQuest

或

EditSeq

里打开其中的一个序列：



从

Entrez Results

窗，单击你想打开的序列。



从网络检索菜单，选择用

< br>GeneQuest

或者

EditSeq

打开（

Open with GeneQuest/O

pen with EditSeq

）。



选定文件保存的位置，并给文件取名。单击 同意（视窗），或者保存（苹果计算

机）。

如果你选择以

GeneQuest

打开文件，

GeneQuest< /p>

将打开文件并且将其默认的方法自动应用到

序列上。如果你做选择以

EditSeq

打开文件，

Entrez

序列将在主窗口中显示。

GeneQuest

的其他特点

以

RNA

折叠形式查看序列的一部分：



选定目的序列，在

ANALYSIS MENURNA

菜单中选择

Fold as RNA

命令。

序列酶切，模仿

agarose

凝胶电泳判定大小：



打开方法帘（

method curtain

）。



从

More Methods

中选择

Enzymes - Restriction Map

加入方法帘。



单击图标左边的蓝色三角形，打开内切酶一 览表。注意方法帘仅仅显示那些最少

切割一次

DNA

序列的酶。刚打开酶一览表时，所有的酶都被选中了，在空白处单击一下 去

除

选定。



选定特定的酶，拖入分析界面，即可以看见 该酶的酶切位点在序列上的位置。



从

SITES & FEATURES MENU

菜单选泽

Agarose Gel Simulation

。



新窗口即显示酶切片段在

< br>electrophoretic

的分离情况（如图）。

保存分析文件



从文件菜单，选保存。



选定文件的保存位置。给文件命名。



单击保存。



你所应用和展示的所有信息都会被保存。

MapDraw

的使用方法

根据实验设计，分析和实验结果的展示需要的不同，

MapDraw

可以制作

6

种类的酶切图。

从

简单的线性图 到有注释的环形图，在展示限制性酶切位点的同时，还可以同时展示序列的

< p>
feature

，六个读框及其翻译结果。

Map Draw

也以自动展示从

GenBank

输入序列的

features

。

你可以按照位置、酶切频率等来排列你的酶切位点。另外，

你可以用手工选任何酶切位点

的结合 。酶切位点过泸器（

filters

）也可以使用

Boolean operators

联合使用。

MapDraw

工具能使你规划酶切位点和克隆实验，产生详细 ，充分地结果概括。和全部

Laser

gene

应用程序一样，

MapDraw

也提供整合的

BLAST

查找功能。

新酶切图制作

我们以组氨酸

DNA

序列

“TETHIS21MA”

（苹果计算机）和

“”

（视窗）为例。

首先我们寻找能够切割组氨酸

DNA

序列的酶切位点。



从文件菜单选择

New

打开右边的对话框。< /p>



打开

“Demo Sequences.”

文件夹。



双击打开

TETH IS21

（见下）。

过滤器类型

过泸器（

filter

）是你定义的可以使用的酶切位点的集合。在你自定义过泸器之前 ，所有

酶切位点都会用于序列分析。你可以用和／或来组合过泸器。

MapDraw

内置的过泸器如下：

 Overhang

过泸器是根据一套你定义 的

Overhang

准则归类的酶切位点。

这些准则包

括

3’

和

5’

端突出，与别的酶切位点互补以及兼并的末端 突出。克隆试验中，可以使用这

个过滤器寻找互补末端。



频率（

Frequ ency

）过泸器是指根据出现于指定的范围序列上的频率归类的酶切

< br>

位点。我们将在本节的下一部分中使用这个过泸器型。



种类和复杂性过泸器（

Class & Complexity

）是根据酶切位点种类归类的酶切位

< /p>

点。这些种类包括：

I

型（随机）把

II

型（明确），或者

I

< br>型

+II

型。这过泸器也可以根据

位

点复杂性、价钱和来源进行归类。



手动选择过泸器（

Manual Pick

）允许你按需要选定酶切位点。在随后的一部分

中，我们学习使用手动选择过泸器的方法。



Must Cut Here/Don’t Cut Here

调色板工具也是一种过滤器，随后进行阐述。

频率过泸器应用

首先让我们用频率过 泸器来删除任何可以两次切割我们序列的酶。



从

ENZYME MENU

，选

New Filter

， 然后

Frequency

打开参数对话框。



在

Min< /p>

和

Max

对应的框中输入数字

< p>
1

和

2

，其他的参数不变 。这个设定将我们序

列中

切割多于两次的位点自动删除。



在过泸器名字框中，输入

< br>“Two

-cuts-

max.”

。



单击

Apply

将过泸器用于序列分析

——

然后

OK

退出参数对话框。你将注意到在

图

上酶切位点的数目现在大大地减少了。

应用手动过泸器

< br>虽然减少了大约

3

分之

2

的位点，

但是还有

100

以上的酶存在。

我们还可以设定一些更严紧

的

命令进行限制。看一看我们的酶是否能整齐地用来切割

TETHIS21

序列的编码区。



从

MAP MENU

选

Linear Minimapp

< br>。

打开的窗口显示每个限制酶切割位点的位置。



滚动窗口，直到 你看到大的向右的箭头，上写

“histone”

。

< p>
“Histone”

是在最

初的

Genbank

入口被注释的序列特点。当我们打开它 的时候，这个特点和序列一起输入。



单击选定它。



在屏幕的左上单击种类调色板工具（

Sort

），接着选择

Sort by Cuts Close to

Selection

。酶切位点即刻分类，这样，距特点最近而且超出选定范围的酶切位点将会排

在最上面。



滚动到窗口的最顶端。你将注意到，在

histone

基因的左和右有

2

酶切位点：

< br>Acs

I

和

Apo I

。两个酶切位点对我们来说都是理想的。

现在我们将制作仅仅包括

Apo I

酶切位点的

Manual Pick filter

。



从

ENZYME MENU

，

选

New Filter

——

然后

Manual Pick

。

打开酶切位点过泸器编

辑< /p>

器。



把

Apo I

从右边的窗口拖进左边的窗口。给过泸器取名。在这我们把过泸器叫做

“Apo I.”

。



点击

Apply< /p>

——

然后

OK

， 就保存并应用

“Apo I.”

过泸器了。



注意到现在线性的

minimap

仅仅 由

Apo I

酶切位点和

histon e

特点构成。

使用过泸器一览表

现在我们已经应用 了

2

个过泸器：一个叫做

“Two

-cuts-

max”

的频率过泸器和叫做

“Apo

I

.”

< br>的手动过滤器，

MapDraw

会自动把两个过泸器的结 果用

“AND,”

联合起来应用，这样，

展示的结果需要满足两个标准：切割一或两次，用

Apo I

切割。我们手动过滤器包括频率过

泸器的单一切点的内容，所以他自动的覆盖了频率过泸器的结果。下述过泸器一览表允许

我们随意编辑、组合各个过泸器。



从

Map Doc ument

，单击过泸器调色板工具（在窗左上的漏斗图标）打开过泸器一

览表（如下）。当前应用的所有过泸器都出现于窗口的左边。



为了除掉

Apo I

过滤器，点击选中它，从左窗口拖到右边的窗口，单击应用即可

。现在由于只有

Two-cuts- max

过泸器被应用，所以序列上的酶切位点数目立即增加了。



把

Apo I

过滤器拖回，放在

And

旁，单击

Apply

< br>再次应用

Apo I

过滤器，序列上

的酶

切位点数目又立即减少了。（如果把

Apo I

过滤器拖回，放在

Or

旁，单击

Apply

再次应用

Ap

o I

过滤器，序列上的酶切位点数目不会改变，因为

Apo I

过滤器是

Two-cuts- max

过泸器的

一部分）。



按上面的方法把两个过滤器都去除。

使用

Must C

ut Here / Don’t Cut Here

调色板工具

Must Cut Here / Don’t Cut Here

工具是另一种酶切位点过滤限制方法。我们将用这个方

法再次重复上面的操作。



从

MAP MENU

，选

Site & Sequence

。



向下滚动，直到你看在大的向右指的箭头， 上写

“histone”

。

单击选中。点击

Don’t Cut Here

调色板工具（红色园圈起的剪刀样图标），去除所有切割

选定区的酶切位点。（点击

Must Cut Here

工具

——

剪刀样图标

——

序列上将展示所有切割

选定区的酶切位点。）

这样，仅仅剩下那些不切割选定区的位点。

显示酶信息

内切酶编辑器（

Enzyme Editor

< br>）使你能够查看内切酶的各种相关信息，包括其名字，识别

序列，

isoschisomers

，种类，价格，销售公 司和有效性等详细的信息。你对这些信息可以

进行添加或删除操作。



打开酶编辑窗（如左），双击任意一个酶的名字。



箭头显示酶识别序列和切割位点。



你可以按照

“Ge neQuest”

上的方法在序列上添加新

Feature

，并作注释。

环形展示

你可以以环形图展示环形或 线性序列，但是，如果序列是线性的，

MapDraw

会提示你 。如

果

你想在环形序列上进行酶切位 点限制，那末，我们前面提到的

Don’t Cut Here filter

完

全可以做到这一点。



通过点击过滤器调色板工具检查当前是否只有

Don’t Cut Here

过泸器应用。如

果已经应用，则

Don’t Cut Here

过泸器应该在过泸器一览表的左边的窗口里，而其他的过

滤器在右边。如果这不是这样，请进行调整。



从

MAP MENU

，选择

Circular Illustration

，打开左边的窗口。（如果此时有太

多的酶切位点，你可以加入其他的过泸器）。



通过

OPTIONS MENU

的

Drawing Size

调整图画的大小。

2

条红线相会的角是你可

以

做的最小图画的范围。在窗口内点击任何位置，图形大 小将显示为那末大。



单击同意。

ORF

图



从

MAP MENU

，选

ORF Map

打开右边 显示的六读框的开放读框窗口。默认的终

止和

开始

codons

可以使用指定的遗传密码。方法见< /p>

EditSeq

。



从

OPTIONS MENU

中选择

ORF Criteria

可以设定参数。你能调整最小的

ORF

长

< br>度，

定义上游启动子和距上游启动子的距离，选定后单击同意即可。



放大

ORF

以查看翻译的序列。方法是点击调色板工具中

Zoom In

（有＋的图标），接着，单击分析界面。重复这些

2

< br>步直到你能看翻译。

显示选择

MapDraw’s OPTIONS MENU

提供各种指令允许你做下面的事情：



选择

1

< p>
个或

3

个字母的编码。



显示不同的读框组合（

Reading Frames

或

Line Layout

）。



编辑用于翻译的遗传密码（

Genetic Codes and Edit Selected Code

）。酶显示

可以选择垂直或者水平展示。



线性化环形序列（

Linearize Sequence

）。



显示不确定位点。

保存退出



从编辑菜单（

EDIT MENU

），选保存地图（

Save Map

）。



选择保存位置，命名。



单击保存（苹果计算机）或同意（视窗）。



从文件菜单（

FILE MEN

），选择放弃（苹果计算机）或者退出（视窗），电脑提