-心墙
这个项目定义
定义测试结构工程
,
第一次使用
SHELXTL
。
1
．
通过双
击图标，开始
SHELXTL
。主窗口将显示如图
2-1
。
Figure 2-1.
Main window
2
．
点击
Project > New
。打
开一个新项目小组出现
(
如图
2-2)
。
Figure 2-2.
Open a New
Project panel
3
．
在
Look in:
目录中
,
找到你的
wkd5
文件
。
4
．
<
/p>
在大的窗口
,
点击
wkd5.p4p
设置项目的路径。
然后在项目名称
,
类型
,
如
:wkd5
如图所
2-3
Figure 2-3.
Panel showing
Files of type, Project name, and Project path
5
．
点
Open
的按钮。
XSHELL
回到主菜单。
从结构上删除错误的山峰
这个教程使用程序
,XSHELL
1
．
从
SHELXTL
菜单
,
左键
XSHELL(
图
2-1)<
/p>
。如图
2-17
结构是由
xs
。
Figure 2-17.
Structure
determined by XS
一般而言
,
最好的办法就是要明显地确定这些峰是正确的，并删除所有其他的峰。如果你不
确定给定的峰值是否在正确的位置
,
最好的方法是
,
删除它。如果有足够的正确的结构模型
,
包括在你的未来的精修结构会产生一种更好的结构模型
,
这样更容易解释。最好的结果是
:
如
果你先取得最高的原子和原子数的最大的散射功率。
你将会在最后加入氢气的结
尾处在进行
精修过程。
2
．
左键屏
幕的背景
,
拖拽鼠标、旋转模型
,
直到它看起来像在图
2-18
近似。
Figure 2-18.
Model with 6-membered ring of Q peaks
and attached false peaks
寻找组成六元环的峰
,Q25 Q51:Q26 Q7
、
Q41,
和
Q52,
。这些峰是组成单一磷化氢基团之一的
苯基环小组。
P6
临着
Q7
。
P6
可能是磷原子后的单一磷化氢。氢原子应该连接到苯环的另
一个碳原子上。在这个阶段
,
你不能把峰设置为
氢。这个最好是在解析结构方案的最后过程。
因此
,
你要删除所有的山峰
,
除
P6
和六元环的。
3
．
把光标
放到
Q40
上，带光标变成十字准线后，并显示信息：
Q40:Peak Height = 26.39
出现
在屏幕的左上角
(
如图
2-
18)
。
4
．
点
K
键，将
Q40
删
除，使其不再显示在屏幕上。
5
．
删掉六
元环之外的点（如图
2-19
）
Figure 2-19.
Model with 6-membered ring of Q peaks
(and false peaks removed)
6
．
左键屏
幕的背景
,
拖拽鼠标、旋转模型
,
直到它显示了另一个
6
元环
(
大约和图
2-20
相似<
/p>
)
。
Figure 2-20.
Second
6-membered ring of Q peaks with false peaks
你现在再在看原来的六元环、
六原子在一条直线上。
这六元环是清晰的平面。
另一个六元环现在
是可见的。自
Q2
是连接到
P6
的原子
,
这些六元环上的峰是第二个
组成单一磷化氢基团之一的苯
基环小组。
7
．
删除这
个六元环周围的假峰
(
如图
2-21).
Figure
2-21.
Second 6-membered ring of Q peaks
with false peaks removed
8
．
旋转模
型
,
直到你能看到环上三原子依附于
P
6
原子
(
图
2
-22)
。如果你再转动指到六元环侧立
,
你会看到峰的
Q7
和
Q45
。
Figure
2-22.
Third 6-membered ring of Q peaks
with false peaks
9
．删除这些峰（如图
2-23
）
Figure 2-23.
Third
6-membered ring of Q peaks with false peaks
removed
指定各原子的正确位置
下一步是明确单一磷化氢集团的原子名称，并指定一定的逻辑顺序。
1
．
旋转模
型使其看起来像图
2-24
。
2
．
把光标
放到
Q2
上，并点击
S
键，再选择
Q22
，
Q46<
/p>
。继续按这个顺序选择环上的峰点。被选择
的峰点都变成了蓝色。
（
2-24
）
Figure 2-24.
Assigning labels to atoms
3
．
按顺序选择
Q7, Q41, Q26, Q52, Q51,
Q25, Q6, Q21, and Q19
（
2-24
），因为三苯基环缺少了一
个原子、选择在这儿停止。
4
．
左击
Labels > Group
Label.
如图所示
(Figure 2-25).
Figure 2-25.
Atom group
labeling panel
5
．在
Type:
点
El
选择
C
；在
Initial Number:,
输入
1.
和在
Order:
点击
Ascending
(
既升序
).
然后点击
OK.
标记从
C1
到
C15
按照选择的顺序。（
Figure
2-26
）
Figure 2-26.
New labels for
selected atoms
6
．依次选中
Q29
和
Q16
。注意：
Q31, Q1, P7, and P8
很明显是萃取的氯仿分子
，所以
Q31
是碳元素。
7
．选择
Q31(Figure
2-26).
8
．
左击
Labels > Group Label<
/p>
。
细节和第
5
步
一样，
把
Initial Number
订为
17
。
然后点
< br>OK(Figure 2-27
。
注意
< br>C16
是第三个六元环缺少的那一个。
Figure 2-27.
Atom group labeling
9
．
选择氯
的峰，依次选择
Q1
，
P8, and
P7(Figure 2-28).
Figure
2-28.
Selected chlorine peaks Q1, P8,
and P7
10
．
左
击
Labels > Group
Label
，设置
Type
为
Cl
和
Initial
Number
：
1(Figure 2-29)
，然后点
OK
。
Figure 2-29.
Atom group labeling
XSHELL
将
Cl1, Cl2,
Cl3
三个氯原子标记，这样显示符合化学的一些惯例。
(Fi
gure 2-30).
Figure
2-30
. Chlorine atoms are labeled Cl1,
Cl2, Cl3
删除其余的峰
你可能想搞懂剩余的峰，但因为峰的很大一部分已经被标记，这使峰的标记没必要了。<
/p>
删除剩余的
Q
峰，左击
Edit > Kill All
Q-Peaks
，结构模型如图
2-31
Figure 2-31.
Model with remaining Q peaks killed
标记剩余的氯原子
根据化学式，这个
铑原子连接三个硒原子和一个磷原子和一个氯原子。
1
．
右击这
个
Rh1
原子，点击
Bonds
and Angles (Figure 2-32).
Figure 2-32.
Bonds and
Angles for Rh1 panel
通常你将很难从键长来确定峰是何元素。
而且三个硒原子好像标记是对的
(bond distances
= 2.533, 2.500, and 2.577A)
，
和
P5
峰可能是氯原子。如果这个方案是不对的，你可以改变后
面的
结构方案。
2
．
3
．
点击
OK
。
右击
P5
峰和点击
Edit (Figure 2-33).
Figure 2-33.
Atom panel
4
．
设置原
子名称为
Cl4
。结构如图
2-34.
Figure 2-34.
CL4
atom labeled
重修原子参数
虽然并不是所有的氢原
子都被发现，
一个原子最小二乘法的精修的原子参数已经确认了原子会产
生一个列表的内容将包括原子现在的模型。所有原子在当前模型参数的各向同性原子位移参数。
如果任何
Q
峰在当前模型或者任何副本标签呈现
为原子在当前模型的基础上
,XSHELL
将显示一
个消息。
在重修原子参数之前，
先解决这个问题。
同样地
,
如果你已经产生额外的原子与
the Grow
or Pack
commands
命令
,
你必须将这些
原子用
Trim
的选择
（看
Grow, Pack, and Trim
的手册有更多的
细节）
当你准备好了精修，这样做如下：
1
．
左击<
/p>
Refine.
有如图
2-35
显示
Figure
2-35.
Refinement Control panel
2
．
设置最
小二乘法精精修
Cycles
：
4(<
/p>
默认
)
。
3
．
设置<
/p>
Plan
：
20
（可以增加
20
个新的峰点）。
4
．
设置
Fourier:
Difference Map
5
．
设置
List:
None (default
默认
).
Q
峰点是由不同的电子密度地图的第四次最小二乘法的周期后计算得到的。如果你在
Wei
ghts
部
分不输入任何的参数，
XS
HELL
将会按默认参数计算。
6
．
点击
OK
XSHELL
从屏幕上的原子信息生产一个
*.ins
的文件并
开始
XSHELL
最小二乘法运算。所有原子
< br>的参数是用来减小精修造成的偏差大小的结构因素（
Figure 2-36
）。
109
参数被精修。在第四次
最小二乘法循环后，
GOOF
值是：
2.751
和
R1
值是
：
0.1710 for all 7151
data
。
Figure 2-36.
Refine data
7
．
精修后
，你的结果都完整的输出到屏幕上，新的原子核
Q
峰点都如图<
/p>
2-37
显示
Figure 2-37.
Model of atoms
and Q peaks after refinement
寻找不是氢的原子
寻找这些剩余的原子如下：
1
．
旋转模
型
,
直到它看起来像图
2-37
。注意
:Q7
峰点是失踪的单一磷化氢第三个
六元环缺少的原
子。
2
．
右击
Q7
峰点并点击
Edit
。
3
．
把原子名称换为
C16 (Figure 2-38).
然后点击
OK
。
Figure 2-38.
Atom panel
4
。旋转模型
,
直到它
看起来像图
2-39
。其余的
non-
hydrogen
峰的硒配体是清晰可见。如你所知，从化学式看，其中的峰点
在每一个配体是一种氮原子，其他的是碳原子。
Figure 2-39.
Se
ligand atoms selected
5
．
6
．
按顺序
选择
8
个配位基
Q5, Q2,
Q8, Q9, Q4, Q1, Q3, and Q6.
左击
Labels > Group
Label
，标记为碳原子，设置
Intial
Number
：
20(Figure 2-40)
之后，你将
确定那个是碳原子那个是氮原子，然后点
OK
。
Figure 2-40.
Labeling carbon
atoms, starting with number 20
7
．
删除剩
余的
Q
峰点
Edit > Kill all Q Peaks
。
8
．
9
．
指到<
/p>
P6
原子后右击
Edit
。原子面板出现。
把
P6
的名字改为
P7
。点击<
/p>
OK
Initial Number
：
1
和
10
．
按顺序选择
Se2, Se3, and
Se4
原子，左击
Labels > Group
Labels
，设置
Type
：
Se
，然后点击
O
K
，现在模型看起来像
Figure 2-41
Figure 2-41.
All
non-hydrogen atoms labeled
整理原子标记
现在用比较方便的方法排序，按照元素的大小排序，由大到小。
1
．左击
Atoms >
Sort.
所有原子的名称都出现在
Atom
List
的列表里。
(Figure 2-42).
Figure 2-42.
Sort Atoms panel with all atom names in
the Atom List
2
．点击
Move All
Atoms to Sort Bin
按钮，然后点击
Sort
(Alpha-Numeric)
按钮。
3
．把
Sort
Bin
这个列表滚到最后，依次选择
Rh1, Se1,
Se2, and Se3
，使其突出。
4
．
点击
在
Atom
List
列表中
(Figure
2-43).
然后点击
Insert Selected Af
ter->,
这四个被
选的原子就被移动到了
< br>Atom List
列表中了。
Figure 2-43.
Highlight Rh1, Se1, Se2, and Se3 in the
Sort Bin
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