1、南京大学（C9高校，不容置疑）
2、东南大学（985工程高校，双一流高校常年排名各大高校排行榜前20，建筑老八校）
3、4、南京航空航天大学/南京理工大学（南京航空航天大学，211工程高校，双一流学科建设高校，隶属于工信部；南京理工大学，211工程高校，双一流学科建设高校，国防七子高校）
5、苏州大学（211工程高校，双一流学科建设高校，前身为东吴大学，近几年进步显著）
6、南京农业大学（211工程高校，双一流学科建设高校，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，农学领域在全国名列前茅）
7、河海大学（211高校，双一流学科建设高校，前身为华东水利学院，水利相关专业首屈一指）
8、南京师范大学（211工程高校，双一流学科建设高校，江苏省内最优秀的师范类高校，是教育部与江苏省人民政府共建的国家“世界一流学科建设高校”）
9、中国矿业大学（位于江苏省徐州市，211工程高校，“985工程优势学科创新平台”建设高校，教育部直属的全国重点大学，国家“世界一流学科建设高校”）
10、南京医科大学（教育部、中华人民共和国国家卫生健康委员会、江苏省共建高校和江苏高水平大学建设高校，是教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校、国家建设高水平大学公派研究生项目实施高校，江苏省内最优秀医科大学）
11、江南大学
12、中国药科大学